从有丝分裂晚期到G1期APC/C:Cdh1确保有丝分裂蛋白的持续降解，在有丝分裂退出和G1期，其底物包括Cdc20、Plk1、Aurora A、Cdc6和Geminin(见Castro et al.， 2005)。Rape等人最近证明APC/C靶向蛋白降解的顺序是由这些底物的多泛素化过程决定的。加工底物在与APC/C结合一次后获得多聚泛素链并被降解。在获得足够长的泛素链以确保降解之前，分布底物与APC/C多次结合、解离和再结合。此外，从具有短泛素链的APC/C中分离的分布底物是去泛素化的目标(Rape et al.， 2006)。