路径浏览器是在Reactome中查看和与路径交互的主要手段。它包括分析数据集和探索路径的工具。这些工具允许几种类型的分析:

  • 路径超表示分析和路径拓扑分析
  • 一种途径的比较,其等同于另一种物种
  • 用户提供的表达数据覆盖到路径上
  • 将外部数据库或用户提供的蛋白-蛋白或蛋白-化合物相互作用数据叠加到通路上

有关分析工具的详细信息,请参见Reactome Tools章节。

路径浏览器可按网页上的“浏览路径”按钮启动:

通路浏览器按钮

当路径浏览器打开时,它会显示所有Reactome路径的概述。路径是分层组织的,通常有子路径。在最高层次上,所有路径都在概览中表示。在中级水平上,路径通常被表示为交互式插图,可选择的区域作为与较低水平的链接,后者被表示为详细的路径图。Reactome的Overview使用了一种独特的层次结构可视化图形,将最上层层次的路径表示为中心节点(圆圈),其周围的子路径以同心圆的方式排列。许多还有“子”通道的同心圆。路径节点通过边(线)连接到它们的子路径。此概述显示所有路径,并允许快速缩放到细节。当您放大时,子路径节点的标签将出现。该视图还用于显示数据分析结果。

概览中的节点链接到使用基于系统生物学图形符号的样式的详细路径图。它们有几个特性,旨在确保适当的信息细节水平,包括子路径遮光和标签淡入,通常发生小分子和结构。

要查看特定路径的详细信息,请选择并单击(或双击)表示路径的节点。或者,选择并单击左侧路径层次结构面板中的名称。

路径浏览器的功能如下图所示。

通路浏览器标签

Home - Reactome标志是一个链接到主页的按钮。

物种-反应是一个数据库策划的人类生物学途径。这些人类途径用于计算推断模式生物中的等效途径(详细描述)在这里).使用“物种”下拉菜单选择一个物种并查看预测的路径。请注意,显示病原体与人类蛋白质相互作用的传染病途径也包括在智人中。

布局——路径浏览器分为3个主要部分。这些是:层次面板,在左边,细节面板,右下角,路径面板,右上方。布局按钮允许您显示或隐藏这些面板。

分析数据 - 打开可以执行分析的面板。

钥匙-这打开了解释路径面板中存在的物体的钥匙。

缩放/移动工具栏-单击箭头移动图表。点击加号和减号按钮来放大和缩小。或者,单击并拖动图表,并使用鼠标滚轮进行缩放。

图中搜索 - 单击按钮以打开“搜索”面板。当显示概述或通路图时,可以搜索在显示的图表中表示的对象或所有图表。

适合页-调整路径概览或关系图的大小以适合可用空间。

打开关系图—当在路径概述中选择路径节点时,此按钮将打开相应的路径图

插图-一些Reactome路径有相应的高质量图形。选择此按钮查看。

导出 - 使用此按钮下载路径概述或图表的可见区域,包括任何分析叠加,作为PNG文件或将其上传到Genomespace。

缩略图-在放大时提供整个路径的概述,以便只显示路径的一个区域。

路径面板-路径图在路径层次结构或搜索结果中被选择时显示在这里。如果没有选择路径,这个面板将显示一个简短的Reactome帮助指南。

详细信息面板-包含在路径图中选择的对象的详细信息。内容取决于对象的类型,如途径、反应、复合物、集合、蛋白质或小分子(见详细信息部分)。

等级面板-包括反应式路径和路径事件或步骤的等级组织,称为反应。当路径浏览器打开时,只显示层次结构的顶层,即按字母顺序列出的Reactome的主要主题。大多数主题都太大,无法用一个图表来表示。相反,它们被分成子途径,子途径又可以进一步分成子途径。Reactome中的大多数主题都是以这种分层方式组织的。子路径可以通过点击路径名称左边的+图标显示,通过点击-图标隐藏。

设置侧栏 - 用于上下文敏感帮助,配置颜色方案和默认互动源。

路径名称前面有图标.当子路径被揭示时,在某个点上,反应将变得可见。反应名称前面有图标.您也可以看到图标代表“黑盒子”反应,为了清晰起见,分子的全部细节被省略,或者细节没有被完全确定。

在等级面板中,从上到下的反应顺序通常遵循路径中的步骤顺序,所以前一个反应在上面,后一个反应在下面,但情况并非总是如此。途径可能不是线性的;它们可以是圆形的,也可以是分枝的。因此,反应通常有多个前反应或后反应。这些连接的事件通常在路径图中可见,但也可能是不同路径图的一部分。要查看一个反应之前或之后的事件的完整列表,请参阅详细信息面板中的“前面和后面的事件”部分,如下面的详细信息面板章节所述。

通路图

路径图表示一系列相连的分子事件的路径,在Reactome中称为“反应”,可以看作是路径中的步骤。

细胞隔间用粉红色/橙色的双边界盒子表示。典型的图示用一个方框表示细胞质,用一条双线表示质膜。方框外的白色区域代表细胞外空间。其他细胞器用细胞质内附加的标记盒表示。

分子,在图表中表示为蓝/绿框,被放置在生理上正确的细胞腔室中,或位于腔室的边界上,以表明它们在相应的膜中,例如,质膜蛋白将被放置在细胞质的边界上。

反应通常包括:

  • 输入和输出分子,以及相关催化剂时(见下图A)
  • 输入、输出和催化剂用方框或椭圆形表示
  • 圆角的绿色盒子是蛋白质
  • 方形的绿色盒子是没有UniProt加入的蛋白质(或在反应产生时没有加入)。
  • 绿色的椭圆形是小分子或一组小分子
  • 有双重边界的蓝框是集合,也就是说,蛋白质或小分子在功能上是等价的。
  • 具有剪切角落的蓝色框是复合物,即蛋白质和/或在多分子实体中结合的其他分子。
  • 绿色的盒子和白色的内盒子是子通道。
  • 反应输入和输出分子通过线连接到一个中心“反应节点”(由下图a中的绿色框包围)。单击此节点将选择反应。
  • 反应的输出与反应节点的连线上有一个箭头。
  • 反应输入/输出分子通常用箭头连接到前面或后面的反应(即路径中的前面/后面的步骤)。
  • 催化剂通过一条以圆圈结尾的线与反应节点相连。
  • 在输入/输出和反应节点之间的线上有编号的方框表示反应中这类分子的数量(当n> 1时)。
  • 调节反应的分子通过一条线连接到反应节点上,这条线的末端是一个开放的三角形,用于正向调节,而末端是一个“T”形的头,用于负向调节(见下文B)。
  • 物体边界上标有P的白盒表示磷酸化事件。
  • 蛋白质或小分子,也是显示集的一部分,可以通过短破折号线连接到设置对象。
  • 具有重叠内容的集合可以通过长划线线连接。
  • 表示疾病过程的反应使用红色连接线。与疾病有关的物体用红色边框标出。

增强的高级图和细分图标

层次结构中较高层次的许多路径太大,无法用一个单独的、详细的路径图来表示。相反,它们通常被表示为一个插图,称为增强的高层图,它以图形化的方式将子路径表示为插图的可选择区域。当鼠标指针移动到某个区域时,该区域会被一个蓝色高亮的“光晕”包围。当您单击某个区域时,该区域将被选中并以深蓝色显示,相应的子路径将在Hierarchy面板中被选中,而Details面板将更新以显示子路径的详细信息。双击区域将打开相应的详细路径图。

在Hierarchy面板中,具有增强的高级关系图的路径在其名称的左边有一个蓝色图标。

EHLD

一些较高级的路径使用较老的大型主题可视化,其中子路径由一个带有绿色边界的框表示,即子路径图标(参见下面的示例)。如前所述,选择子路径图标与选择增强级路径图的区域具有相同的结果。

绿色盒子

在某些通路中,Reactome通过绿框连接到其他相关通路。为了区分相关的子路径在与不同父途径的儿童的相同父途径(Subpathways)和相关的平视图中(交互路径),路径浏览器使用稍微不同的符号,如下图所示。

subpathways互动

Subpathway阴影

当路径图包含SubpPathways时,包含每个细分的区域都以彩色框重叠,标有SubPathway名称,以帮助在较大的图表中定位它。以下是Erbb4信令的图表。四个平道表示为4个盒装和阴影区域。

路径图放大细节级别

途径图表示不同的细节级别,具体取决于缩放级别。当完全缩小时,对应于Suppathways的区域是阴影。代表分子或分子组的盒没有文本标记和俗分子,例如水和ATP。在下一级的变焦水平,细胞直线阴影消失,而琐碎的分子和圆形红色图标表明蛋白质已知的交互器淡入视图。在放大的节点出现在反应接近水平,因为这样做含在连接分子与反应节点的线数箱如果化学计量是大于一。在此级别的缩放,如果显示其名称的互动器。在最高级别的变焦,如果可用的,蛋白质,小分子和互动者,从PDBE或CHEBI显示有关细节的结构图。

导航途径图

通路图,层次结构和细节面板是相互作用的。在图中选择实体(分子对象)或事件将显示详细信息面板中的相关信息。单击层次结构中的路径名称将打开“路径图”面板中的相应路径图,并在“详细信息”面板中显示了路径的详细信息。如果在显示的图表中包含过分链路,请单击层次结构中的名称将导致通路中的所有反应以蓝色突出显示。在下图中,血小板稳态的图表显示在途径面板中,并且在层次结构中选择了通过前列环素受体的亚途前列腺信号传导,导致该子通路中的所有反应被突出显示(蓝色)途径图。

subpathway选择

类似地,选择层次结构中的反应导致在途径图中突出显示的反应并更新细节面板以显示反应的细节。如果反应不在图的可见区域中,则视图将重新中心并缩放以显示。如果不是点击事件,您将鼠标指针移到它的名字,它会以黄色突出显示。在上图中,亚途径血小板钙稳态在黄色中突出显示。

开始

层次结构面板练习

这个练习是检查你是否理解层次结构小组的组织。您不需要查看图表面板。

从主页,搜索PDGF信令。

在结果页面中,单击+按钮,在路径浏览器中的Locations部分中打开可扩展的层次结构。在展开层次结构之前点击位置!这将在路径浏览器中打开路径图。

看看左边的层次面板。

  1. 这个通路有多少个子通路?
  2. 在第一子通路中有多少反应?
  3. “PDGF从ER转位到高尔基体”后的反应是什么?提示:查看细节面板,右下角。如果它是隐藏的,使用图表上方右上角的布局按钮来显示它。

Subpathway练习

这个练习是检查您是否理解子路径图标以及路径层次结构和路径图之间的关系。

在路径浏览器中打开路径止血。

选择“血小板止血”亚途径。

  1. 如果你将鼠标指针悬停在“血小板钙止血”子路径的层级上,会发生什么?
  2. 如果点击子路径的血小板钙止血的层次结构,会发生什么?
  3. 如果你点击“ATP与P2X受体结合”反应的层次会发生什么?

更多的信息

有5个反应节点亚型,表明反应亚类。

  • 开放方块表示“过渡”,即状态的变化不是定义的子类之一。
  • 实心圈代表“协会”,即绑定
  • 双界圆圈代表“解离”
  • 一个带有两个斜杠的正方形表示一个“省略的过程”。当反应的全部细节被故意省略时使用。这是最常用于包括一个大家庭的代表性成员的事件,以说明群体的一般行为。它可以用于没有固定顺序或化学计量的反应,或用于输出是随机片段集的降解事件。
  • 包含问号的方块代表一个“不确定的过程”,其中众所周知,反应的一些细节,但是该过程被认为比代表更复杂。说明细节通常包括在描述中。

反应节点练习

这个练习是检查您是否理解了反应节点子类型。

从主页,搜索路径“PIP2水解的影响”,并在路径浏览器中打开它(在几个位置中的任何一个)

  1. 什么符号代表“IP3与IP3受体结合”的反应?
  2. 什么符号代表反应' IP3R四聚体:I(1,4,5)P3:4xCa2+运输Ca2+从血小板密集管系到胞质?这是什么亚型反应?
  3. 从DAG打开Subpathway'arachidonate生产。Magl'2-Ag水解催化剂的名称是什么?你能说出这一反应的三个产出吗?
  4. 你能找到催化剂的UniProt ID吗?提示:有几种方法可以找到它,其中两种需要你选择一些东西!
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