算盘

ABACUS是一种基于BivAriate CUmulative Statistic的算法，用于在预定义的SNPs集合(如途径或基因组区域)中识别与疾病显著相关的单核苷酸多态性(SNPs)

AbsIDconvert

absidconversion是在不同粒度上转换遗传标识符的绝对方法

ADaCGH

ADaCGH是用于分析aCGH数据的基于web的并行应用程序和R包

AgBase

AgBase是一种农业功能基因组学资源

藻类功能注释工具

藻类功能注释工具是一个基于网络的分析套件，利用集成的注释和表达数据对大型基因列表进行功能解释

阿尔塔分析

AltAnalyze是一个分析和可视化外显子表达数据的平台

弹药保护

AMMO-Prot是一个胺系统项目3d模型发现者

对它进行注释

注释这是一种瑞士刀方法，用于注释、分析和解释人类疾病中的单核苷酸变异

拟南芥Reactome

Arabidopsis Reactome是一个植物生物途径知识库，包含了许多由John Innes中心团队策划的植物途径，以及从AraCyc和KEGG进口的植物途径

阿拉克内

ARACne是一种在哺乳动物细胞环境中重建基因调控网络的算法

海盘车

罗氏包括基因组和蛋白质组数据的分析应用程序，覆盖从数据标准化到预测模型的开发者资料

atBioNet

atBioNet是基因组学和生物标志物发现的集成网络分析工具

肿瘤学和血液学遗传学和细胞遗传学图谱

肿瘤学和血液学遗传学和细胞遗传学图集是一个同行评议的在线杂志和数据库，在互联网上免费访问，致力于基因，细胞遗传学，癌症和癌症易感疾病的临床实体

AutismKB

自闭症遗传学循证知识库

Babelomics

Babelomics是一套完整的网络工具，用于分析、整合和解释不同类型的基因组数据

贝叶斯通路分析

一种通过测试和控制类的样本从微阵列数据中识别重要路径的计算方法

BcCluster

BcCluster是一个分子水平的膀胱癌数据库

BCML

生物连接标记语言是一种符合sbgn的格式，用于可视化、过滤和分析生物路径

BIANA

生物相互作用和网络分析（比安卡）是用于编译生物相互作用和分析网络软件框架

BindingDB

一个可在网上访问的可测量的结合亲和力的公共数据库，主要关注被认为是药物靶点的蛋白质与小的类药物分子的相互作用

BiNoM

Biological Network Manager是一个Cytoscape插件，用于促进以标准系统生物学格式（SBML、SBGN、BioPAX）表示的生物网络的操作

生物记录仪

从文献中自动提取生物关系，形成一组（组分1、反应、组分2）三元组，组成一个图形结构，与手动构建的拓扑结构相比，可以可视化，并由专家检查

生物垃圾箱

BioBin是一种生物信息学工具，用于使用公开的生物学知识自动对罕见变异进行分类

BioDB

BioDB是一个面向异构生物信息的本体增强信息系统

BioDWH

BioDWH是数据仓库工具包的生命科学数据集成

生物过滤器

生物滤池是全基因组关联分析的多点分析知识集成系统

2.0生物过滤器

一个单一的接口，用于访问多个公开可用的人类遗传数据源，这些数据源已汇编在知识集成图书馆(LOKI)的支持数据库中。

传记

BioGPS是一个免费的可扩展和定制的基因注释门户，是学习基因和蛋白质功能的完整资源

BioGRID

生物交互作用数据集通用存储库(BioGRID)数据库的开发是为了储存和分布主要模式生物物种的蛋白质和遗传相互作用的集合

生物健康基地

BioHealthBase生物信息学资源中心（BRC）是一个公共生物信息学数据库和分析资源，用于研究特定的生物防御和公共卫生病原体流感病毒、土拉弗朗西斯菌、结核分枝杆菌、微孢子虫和蓖麻毒素

BioJS

BioJS是生物可视化的开源标准

生物网络

数据集成和基于网络的研究环境，用于基因调控模块的推断和分析工具

BioMart

BioMart使科学家能够通过一个单一的web界面执行生物数据源的高级查询

生物群落

biomobby是一个开源研究项目，旨在通过web服务生成生物数据发现和分发的架构

生物模型

生物模型数据库是一种数据资源，允许生物学家存储、搜索和检索已发表的生物感兴趣的数学模型

BioMyn

BioMyn是一个完整的人类基因和蛋白质知识库

生物斧

生物途径交换(BioPAX)是一种基于RDF/ owl的生物途径交换标准

BioPAX Cytoscape插件

BioPAX Cytoscape插件使Cytoscape用户能够从web或本地文件系统加载和可视化呈现BioPAX文件；与Reactome示例文件一起分发

BioPP

BioPP是一种生物网络的网络发布工具

BioProfiling.de

生物生产de为最近开发的基因组学、蛋白质组学和代谢组学数据分析工具的集合提供了一个通用接口

生物咒语

BioSemantic是一个旨在加速关系生物数据库集成的框架

比奥维斯塔

系统的药物重新定位能力为决策者提供了管道优化、资产保护和生命周期管理的可靠工具

BioWisdom SRS

生物智慧序列检索系统（SRS）是一个经验证且可扩展的数据集成平台，为数千用户提供基因组数据

BirdsEyeView

可视化实验转录组数据使用不同的视图，用户可以切换和比较

BirdsEyeView

BirdsEyeView（BEV）是对实验数据的图形概述

BisoGenet

BisoGenet是一个Cytsocape应用程序，用于基因网络构建、可视化和分析

法国巴黎

贝叶斯网络先验描述了促成事件基因相互作用的各种证据类型之间的关系，并用于计算结构学习过程中候选图(G)的概率

BowTieBuilder

BowTieBuilder正在对信号转导途径进行建模

C2Cards——人类

共识和冲突卡（C2Cards）提供了路径数据库同意或不同意的简明概述

卡比格

癌症生物医学信息网格（caBIG）是一个信息网络，使癌症社区的所有参与者——研究人员、医生和患者——能够共享数据和知识

CAERUS

CAERUS利用蛋白质结构信息、蛋白质网络、基因表达数据和突变数据之间的关系预测癌症预后

CancerResource

CancerResource是实验知识的支持与癌症相关的蛋白质和化合物相互作用的综合数据库

沧

cchanges提供了一种方法来快速识别任何一组基因的网络，并产生新的假设

canSAR

canSAR是一个整合的癌症公共转化研究和药物发现资源

心脏网

适合心肌细胞代谢研究的人体代谢网络

心脏网

CardioNet是一个适合研究心肌细胞代谢的人体代谢网络

CardioVINEdb

CardioVINEdb是一种数据仓库方法，用于集成心血管疾病中的生命科学数据

CCDB

细胞周期数据库是一个涉及人类和酵母细胞周期的基因和蛋白质的集合

CEGP

癌症基因百科全书将使科学家能够识别新的癌症靶点

细胞周期本体

细胞周期本体是用于表示应用程序本体和细胞周期进程的集成分析

细胞插画家

Cell Illustrator是模拟和表示生物系统的环境

牢房

CellBase是RESTful web服务的综合集合，用于从异构源检索相关生物信息

CellCircuits

CellCircuits是一个蛋白质网络模型数据库

CellDesigner

CellDesigner是一个用于绘制基因调控和生化网络的结构图编辑器

牢房

CellFrame是一种用于细胞生物学实验抽象和微扰网络构建的数据结构

表征工具

所述参数工具是一种新型的基于知识的数据库和网络应用程序，它允许存储和与细胞，细胞系和组织表征在不同的物种相关联的各种数据的分析

ChEBI

生物利益化学实体（ChEBI）是一本免费提供的分子实体词典，重点介绍“小”化合物

Chem2Bio2RDF

Chem2Bio2RDF是一个用于连接和数据挖掘化学基因组和系统化学生物学数据的语义框架

ChemProt

ChemPort是一个疾病化学生物学数据库，它基于多种化学蛋白质注释资源以及疾病相关蛋白质相互作用的汇编

奇贝

Chisio BioPAX Editor (ChiBE)是一个免费的路径模型编辑和可视化工具，由BioPAX格式表示

薯片机

Chipster是一款用户友好的微阵列和其他高通量数据分析软件

苹果汁

苹果酒是人类疾病的多因素相互作用网络

CIDMS

心脏综合数据库管理系统（CIDMS）集成了在不同生物学水平上生成的异构组学数据（可从多种来源获得，并以各种格式，如出版物和相关补充文件、数据库和网页）

俱乐部媒体

ClueMedia通过整合实验和电子信息提供对路径的洞察

CMS.

基于Web的人类癌症全基因组甲基化数据可视化和分析系统

COFECO

COFECO是一个基于网络的蛋白质复合物复合注释工具

ConsensusPathDB

ConsensespathDB是一个用于集成人体功能交互的数据库系统

科帕西

COPASI是一款用于生化网络及其动力学仿真和分析的软件

cPath

cPath是一个为系统生物学研究而设计的开源路径数据库和软件套件

CPNM

Context-specific Protein Network Miner基于一组用户输入的关键字和增强的PubMed查询系统，从PubMed数据库中实时获得Context-specific PPI网络

CSAX

描述表达数据中的系统异常（CSAX）有助于识别异常和解释表达数据集中的基础生物学

CTD

比较毒理基因组学数据库（CTD）是一个精心策划的数据库，旨在促进对环境化学品对人类健康影响的了解

CTSA药业资产产生门户网站

制药资产门户网站旨在通过消除获取此类化合物的障碍，促进行业学术合作，以发现制药公司不再开发的化合物的新适应症

CyTargetLinker

在网络分析中集成调控交互的Cytoscape应用程序

Cytoscape

Cytoscape的是一个免费的软件包，用于可视化，建模和分析分子和遗传相互作用网络

DAPD

DAPD是糖尿病相关蛋白的知识库

衣冠楚楚的

DAPPER是一个用于蛋白质相互作用的数据挖掘资源

斑点

根据文献中报道的蛋白质-蛋白质相互作用，疾病关联蛋白质链评估器（DAPPLE）在与疾病相关的基因座中寻找由基因编码的蛋白质之间的显著物理连接性

大卫

注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)为研究人员提供了一套全面的功能注释工具，以理解大量基因列表背后的生物学意义

DawnRank

DawnRank是一个发现个性化癌症驱动基因的工具

dbOGAP

dbOGAP是O-GlcNAcylated蛋白质和网站的数据库

DC-ATLAS

DC-ATLAS是一个系统生物学资源，用于分析树突状细胞中的受体特异性信号转导

DDEC

龙食管癌基因数据库(Dragon Database of genes linked in Esophageal Cancer, DDEC)是一个集成的知识库，旨在代表食管癌相关数据的门户

DDESC

DDESC是龙探索人类钠通道的数据库，

DDPC

Dragon Database of Genes with Prostate Cancer (DDPC): Dragon Database of Genes associated with Prostate Cancer (DDPC): Dragon Database of Genes associated with Prostate Cancer (DDPC): Dragon Database of Genes associated with Prostate Cancer (DDPC): Dragon Database of Prostate Cancer

解码

DECODE是集成差动共表达和基因表达数据的差异表达分析

巧妙的

DeDaL是Cytoscape 3的一个应用程序，用于生成和变形数据驱动和结构驱动的网络布局

深

DEEP是用于差异表达效应器预测的工具

DESHCV

Dragon Exploratory System on Hepatitis C Virus (DESHCV)是一个生物医学文本挖掘和关系挖掘知识库，是第一个报道的综合性丙型肝炎病毒(HCV)

DESSCD

Dragon Exploration System for镰状细胞病允许探索关于SCD的文本挖掘和数据挖掘信息

DESTAF

有毒物质与生育龙探索系统(DESTAF)是专门针对研究生殖毒性的研究人员的公共资源

迪拜国际资本

DICS数据库是人类蛋白质-蛋白质相互作用网络计算预测功能模块的动态网络存储库

迪诺

Dintor是一个数据集成框架，提供了一套超过30个工具，以帮助研究人员探索基因组学和蛋白质组学数据集

Discovery-2

为疟疾药物靶蛋白的合理选择和比较提供了一个交互式资源

DisGeneNet

DisGeNET是一个发现平台，整合了来自多个公共数据源和文献的基因-疾病关联(GDAs)信息

DNA办公室

DNAtraffic数据库致力于成为一个独特的、全面的、有丰富注释的细胞生命过程中基因组动态数据库

DR-GAS

DR-GAS是人类DNA修复系统中功能遗传变异及其磷酸化状态的数据库

驱动程序数据库：

DriverDB是一个用于癌症驱动基因鉴定的外显子组测序数据库

司机网

驱动网络正在研究体细胞驱动突变对癌症转录网络的影响

机器人

果蝇相互作用数据库是注释基因和蛋白质相互作用的综合资源

DrugViz

DrugViz是一个细胞景观插件，旨在可视化和分析相互作用组框架内的小分子

DRYGIN

酵母遗传相互作用数据仓库(DRYGIN)是一个网络数据库系统，为酵母遗传网络分析和可视化提供了一个中心平台

ECMDB

ECMDB是大肠杆菌代谢组数据库

EDdb

Eddb是一个关于饮食障碍的网络资源，它的应用是识别与饮食障碍相关的脂肪细胞因子信号通路

内网

EndoNet是关于细胞间信号网络的信息资源

最后

ENFIN是一个网络，提升综合系统生物学

浓缩图

富集图是一种基于网络的基因富集可视化和解释方法

恩里克

Enrichr是一个交互式和协作的HTML5基因列表丰富分析工具

酶门户

通过单一搜索，挖掘和显示公共仓库中酶活性蛋白的数据，包括生化反应、生物途径、小分子化学、疾病信息、三维蛋白质结构和相关科学文献

欧盟。基因分析仪

Eu的基因分析仪是用于与通路数据库整合基因表达数据的工具

扩展器

表达分析仪（EXPression ANalyzer and DisplayER）是一个用于分析基因表达数据的集成软件平台，可免费用于学术用途

ExPASy蛋白质组服务器

瑞士生物信息学研究所(SIB)的Expert Protein Analysis System (ExPASy)蛋白质组学服务器，专门用于蛋白质序列和结构的分析，以及二维PAGE分析

事实

事实上，对于高通量实验的功能性解释的框架

航班

FLIGHT是一个在线资源，收集来自100多个果蝇体内和体外RNAi屏幕的数据

FluMap

综合路径图，可以作为一个图形化的知识库，并作为一个平台来分析IAV和宿主因素之间的功能交互

FluxMap

生物网络中通量分布的视觉探索的一个vted附加组件

FlyMine

FlyMine是果蝇和按蚊基因组学的综合数据库

FlyReactome

FlyReactome是果蝇途径的策展的知识库

日产风雅

功能基因组学助理是一个可扩展和便携式的MATLAB工具箱，用于推断生物学关系，图拓扑分析，随机网络模拟，网络聚类，和功能丰富的统计

FunGenES

FunGenES数据库是小鼠胚胎干细胞分化的基因组学资源

g:剖面仪

g:Profiler是一个基于网络的工具集，用于从大规模实验中对基因列表进行功能分析

G2SBC

基因到系统乳腺癌（G2SBC）数据库是一个生物信息学资源，它收集和整合有关基因、转录本和蛋白质的数据，这些数据在文献中已报告在乳腺癌细胞中发生改变

群

Gaggle是一个框架，用于在独立开发的软件工具和数据库之间交换数据，以实现系统生物学数据的交互式探索

五倍子基因组

Gallus Genome GBrowse提供关于这种鸡的基因组和其他信息的在线访问

五倍子反应体

GallusReactome是一个养鸡途径的知识库

甘帕

一种新的基因权重途径分析方法，在R包中实现，称为ñGene基于关联网络的途径分析”

缺口

基因功能协会预测是用于预测和表征基因功能关联的综合方法

门

时间序列表达式网格分析（GATE）是一个用于分析和可视化高维生物分子时间序列的集成计算软件平台

GBMBase

GBMBase专注于多形性胶质母细胞瘤(GBM)研究中的数据

GCMAP

GCMAP是一种用户友好的连接映射，带有R

基底

遗传疾病基因发现（GEDI）提供集成的生物信息学平台，支持人类多基因疾病的系统分析

基因本体论

基因本体工程与标准化基因和基因产物的代表，目的是主要的生物信息学的倡议跨物种和数据库属性

Gene3D

Gene3D是一个基于领域的资源，用于比较基因组学、功能注释和蛋白质网络分析

基因应答

使用Bioconductor基因答案包来解释基因列表

GeneBrowser 2

GeneBrowser 2是一个应用程序，用于探索和识别一组基因中的常见生物学特性

GeneCards

提取物和集成基因相关的数据，包括基因组的，转录，蛋白质，遗传，临床和功能信息

基因狂热

帮助你预测你最喜欢的基因和基因集的功能

基因SIGDB

GeneSigDB是一个用于基因表达特征分析的人工管理数据库和资源

的GeneSpring

genspring GX提供了强大的、可访问的统计工具，用于快速可视化和分析表达和基因组结构变异数据

GeneSrF

GeneSrF是一个基于网络的随机森林基因选择和分类工具

GeneTrail 2

GeneTrail 2是一个web界面，提供了对分子特征的统计分析的不同工具

基因芯片通路分析

基因图谱注释器和路径剖析器（GenMAPP）是一个免费的开源生物信息学软件工具，旨在可视化和分析路径（代谢、信号）背景下的基因组数据，将基因级数据集与生物过程和疾病联系起来

基因组空间

基于云的互操作性框架，通过易于使用的Web界面支持集成基因组学分析

建屋Biotech公司

GenWay Biotech, Inc是一家蛋白质、抗体和ELISA解决方案提供商

格斯珀

gespeR是一种用于反卷积离靶混杂RNA干扰筛选的统计模型

盖希尔

基因组探索者免疫反应调查(GEYSIR)是一个网络应用程序，旨在将病例对照数据与人类基因组的遗传和物理图谱(包括与宿主免疫反应相关的关键人类基因)相关联

GingerSNP

GingerSNP工具帮助您通过相互作用、途径和功能探索标准的人类SNP阵列

漂亮的

GLAMM是代谢图一个基因组的联网应用

目标

GOAL是一个用于评估基因组生物学意义的软件工具

GOMiner

GoMiner»是一种生物学解释“组学”数据的工具，包括来自基因表达微阵列的数据

GPEC

GPEC是用于基于随机游走的基因优先排序和生物医学证据收集的Cytoscape插件

石墨

将通路拓扑转换为基因网络的生物导体包

图形网

GraphWeb是一个用于生物网络图分析的公共web服务器

GSEA

基因集富集分析（GSEA）是确定是否先验组已定义的基因显示了两个生物状态之间统计学显著，一致的差异的计算方法

GuavaH

GuavaH是HIV生物学和疾病中宿主基因组数据的简编

单倍型图

国际HapMap项目是加拿大、中国、日本、尼日利亚、英国和美国的科学家和资助机构的合作项目，目的是开发一种公共资源，帮助研究人员发现与人类疾病和药物反应有关的基因

HCVpro

HCVpro是一个丙型肝炎病毒蛋白质相互作用数据库

HDAPD

HDAPD是一个搜索疾病相关蛋白质结构的网络工具

HEFalMp

HEFalMp (Human Experimental/FunctionAL MaPper)是一种工具，允许交互探索功能地图(或功能关系网络)，从整合许多基因组规模的实验结果预测

HepatoNet1

HepatoNet1是一个全面的人类肝细胞代谢重建，用于肝脏生理分析

HGNC

2008年的HGNC数据库是人类基因组的资源

hiPathDB

hiPathDB是一个易于可视化的人体综合路径数据库

hLGDB

hLGDB是人类溶酶体基因及其调控的数据库

HMDB

人体代谢组数据库（HMDB）是一个免费提供的电子数据库，包含人体小分子代谢物的详细信息

HMPAS

人类膜蛋白分析系统提供有关人类膜蛋白的全面信息，包括某些膜蛋白组的特定特征

HMPAS

HMPAS是一种人膜蛋白分析系统

HMTD

人膜转运蛋白数据库

HOCCLUS2

在实验验证和/或预测相互作用的基础上，研究了双簇miRNAs和靶信使rna (mRNAs)

HomoMINT

HomoMINT是一种基于在模式生物中发现的蛋白质相互作用的orthology mapping的推断的人类网络

HPD

人途径数据库(Human Pathway Database, HPD)是一个完整的人途径数据库，提供全面和综合的视角，连接人的蛋白质、基因、rna、酶、信号、代谢反应和基因调控事件

HPIDB

HPIDB是宿主-病原体相互作用的统一资源

哈巴

Hubba是一个对象分析器——一个网络生物学的交互中心识别框架

HuPho

HuPho是一个人类磷酸酶门户

IBDsite

一个以疾病为导向的平台，收集与炎症性肠病发病相关的生物分子机制的数据

IDClight

IDClight通过URL转换单个id

Idconverter

idconverter将id映射到其他已知的公共db

ImmPort

免疫学数据库和分析门户(进口)，是为免疫学家访问参考和实验数据的一站式商店

流感研究数据库

流感研究数据库是流感病毒研究社区的一个资源，它将有助于了解流感病毒及其如何与宿主生物相互作用

InnateDB

innate edb是一个公开可用的基因，蛋白质，实验验证的相互作用和信号通路，涉及人类和小鼠对微生物感染的先天免疫反应

INOH

集成网络对象与层次结构（INOH）是一个模型生物的路径数据库，包括人类、小鼠、大鼠和其他生物

富裕

NRICH是一种基于区间的富集分析工具，用于全基因组关联研究

完整的

完好无损是分子相互作用数据的开源资源

IntegromeDB

IntegromeDB是一个综合系统和生物搜索引擎

InteractioMe3D

蛋白质-蛋白质相互作用的结构注释和建模资源

间歇

一个专门为集成和分析复杂生物数据而构建的开源数据仓库

IPAD

集成途径分析数据库对系统化富集分析定义途径，疾病，药物和器官特异性之间的相互关联

帕斯

iPAS是一系列综合步骤，它扩展了现有的路径分析技术。它包括四个部分：数据处理、基因水平统计、个体化路径变异评分（iPAS）和显著性检验

IPAV

IPAVS是一个综合路径资源、分析和可视化系统

以撒

使用容器的物种间分析应用程序是一个基于web的工具，它在不同的生物学观点下分析基因、转录本和蛋白质集，并在分析的任何点以交互方式修改这些集

歌舞伎

KaBOB是一种基于本体的生物医学数据库语义集成

KDBI

KDBI更新是一个生物分子相互作用动力学数据数据库

KeyPathwayMiner

KeyPathwayMiner是一种结合多种组学研究和Cytoscape网络的条件特异性通路分析

科巴斯2.0

KOBAS是KOBAS（基于KEGG矫形学的注释系统）的更新，其目的是利用多个常用数据库中的路径和疾病知识，识别一组基因或蛋白质的统计丰富的相关路径和疾病

LDGIdb

LDGIdb是一个从SNP对之间的长程强连锁不平衡推断的基因相互作用数据库

有关生活的数据

关联生命数据是一个用于生物医学领域的语义集成平台

利皮德霍姆酒店

高通量质谱脂质组学理论脂质数据库的优化

列表2网络

Lists2Networks提供基因/蛋白质列表的综合分析

LiverAtlas

LiverAtlas是肝和肝疾病的系统级研究的一个独特的综合知识数据库

洛基

知识集成库(LOKI)，它包含来自多个生物数据集合的不同先验知识

马格克

MAGeCK能够从基因组规模的CRISPR/Cas9敲除筛选中可靠地识别关键基因

Manteia

Manteia是一种脊椎动物基因预测数据挖掘系统及其在人类遗传疾病中的应用

mAPKL

mAPKL是一种用于检测基因样本并揭示其特征的aR/Bioconductor包

MassVis

mass vis是一款使用质谱技术对蛋白质复合物进行可视化分析的软件

网格

MeSH ORA框架是支持MeSH超表示分析的aR/Bioconductor包

元全部

Meta All是一个管理代谢途径信息的系统

MetaboLights

该MetaboLights仓库是在代谢组学一个策展的挑战

MetaCrop

Metacrop20是一个管理和探索作物代谢信息的系统

元细胞

MetaCyc是一个非冗余的、实验阐明的代谢途径的数据库

元映射

通过整合来自生化途径和化学和质谱相似性的信息，绘制和可视化代谢组学数据

METANNOGEN

METANNOGEN是一种灵活的代谢网络设计信息管理工具

梅塔雷格

MetaReg是一个利用大规模实验数据对生物系统进行建模、分析和可视化的平台

变形金刚

metaTIGER是一个关于真核生物分类多样性的代谢概况和系统基因组学信息的集合

MetNet在线

MetNet Online是一种新型的植物系统生物学综合资源

MetNetAPI

MetNetAPI是一种从MetNet访问和操作生物网络数据的灵活方法

MetRxn

MetRxn是一个跨越代谢模型和数据库的代谢物和反应知识库

MGV

MGV是比较组学数据的通用图形查看器

咪咪

密歇根分子相互作用(MiMI)提供知识和数据合并和集成从众多的蛋白质相互作用数据库

多输入多输出

MIMO是一种有效的分子相互作用图重叠工具

Mimoza

Mimoza是代谢网络中基于web的语义缩放和导航

造币厂

MINT是一个公共的分子相互作用数据库

mirDIP

microRNA数据集成门户(mirDIP)集成了来自6个microRNA预测数据库的12个microRNA预测数据集，允许用户自定义他们的microRNA目标搜索

米里亚姆

MIRIAM致力于标准化模型注释中所需的最小信息，以便不同的小组能够在生物计算模型的注释和管理方面进行合作

镜子套房

miRror-Suite平台为在如此复杂的环境中调控mirna提供了一个简明、可信的解释

miRSystem

miR系统是一个完整的系统，用于表征MicroRNA靶的富集功能和途径

MK4MDD

MK4MDD是一个多层次的抑郁症知识库和分析平台

MMMDB

MMMDB是一个小鼠多组织代谢组数据库

modMine

modMine是对modENCODE数据的灵活访问

MODOMICS

MODOMICS是一个RNA修饰途径数据库-2013年更新

Mokca刊登

MoKCa (Cancer Mutations of Kinases)数据库已被开发用于从结构和功能上注释，并在可能的情况下预测与癌症有关的蛋白激酶突变的表型后果

MoonDB

MoonDB是一个数据库，包含分析中确定的所有候选基因的信息，以及一组人工策划的人类兼职蛋白质

机动脚踏两用车

模型生物蛋白质表达数据库通过一致处理的蛋白质组学数据实现发现

MSigDB

分子特征数据库(MSigDB)是用于GSEA软件的注释基因集的集合

音乐

MuSiC在癌症基因组中是一种识别突变意义的方法

MyBiosource

MyBiosource是一家提供抗体、蛋白、多肽和ELISA试剂的公司

NaviCell

NaviCell是一个基于网络的环境，用于导航、管理和维护大分子相互作用图

领航员

对于生物网络的二维和三维可视化甲强大的绘图应用

NCBI生物系统

NCBI生物系统数据库集中和交叉连接现有的生物系统数据库

NCBI基因

Entrez Gene是一个可搜索的基因数据库，来自RefSeq基因组，并由序列定义和/或位于NCBI地图查看器中

NCBO Bioportal

BioPortal是一个基于Web的应用程序，用于访问和共享生物医学本体

海军罪案调查处

NCIS是一种网络辅助的癌症亚型识别共聚类

ncRNA

ncRNA是一个专门用于功能rna的生物信息学工具和数据库的门户网站

尼莫

NeMo是Cytoscape中的一个网络模块标识

上网本

NetBox是一种基于Java的软件工具，用于在人机交互网络上执行网络分析

网游

一种简单的基于知识的挖掘方法，用于挖掘隐藏在人体生物分子网络中的关键分子

网络路径

NetPath是一个收集信号转导通路的公共资源

NetSlim

NetSlim是一个高可信度的策划信号地图

NetWalker

NetWalker是功能基因组学的背景网络分析工具

网络

网络筛选是一种从已知网络中识别活动网络的新方法

网络2 Canvas

Network2Canvas是一个在Canvas上使用浓缩分析实现的网络可视化

网络

网络在用于体内激酶底物关系预测的方法，该填充块共有基序与上下文激酶和磷酸化

NetworkLego

NetworkLego是一个通用的计算框架，用于检测在特定细胞状态或响应扰动时激活的细胞网络，并用于确定在响应多个扰动时激活的核心细胞网络

NetworkPrioritizer

基于网络的候选疾病基因或其他分子优先排序的多功能工具

神经网络

用于构建和分析神经退行性疾病网络的开源平台

neXtProt

neXtProt是一个以人为中心的发现平台，为用户提供蛋白质相关数据的无缝集成和导航

NGP

网络化基因优先排序器集成了基因表达和蛋白质-蛋白质相互作用网络，以优先排序癌症相关基因

OncoRep

OnCrep是一个n-of-1报告工具，支持使用RNA测序对乳腺癌患者进行基因组指导治疗

在工具

Onto Tools是2006年的新添加和改进

OntoSlug

OntoSlug是本体动态视觉前端程序

OPHID

I2D数据库中五种模式生物和人类的综合已知、实验和预测PPI

ORCID

ORCID提供了一个持久的数字标识符，将您与其他研究人员区分开来

OREMPdb

分子通路本体推理引擎是计算通路模型的语义词典

p53知识库

p53知识库是一个完整的p53研究信息资源

分页

pagage是一个能够发现分子表型的途径和基因集富集数据库

寻呼机

PAGER是一个新的数据库框架，用于执行完整的ñgene-set、网络和路径analysisî (GNPA)

朋友

PaLS是一种工具，用于从一个或一组基因/克隆/蛋白质标识符列表中筛选那些符合特定标准的标识符，这些标识符与PubMed中的文章、基因本体术语、KEGG和反应途径相关

胰腺表达数据库

胰腺表达数据库是胰腺衍生组学数据的主要存储库

潘多拉

Pandora是一种利用网络拓扑结构预测生物路径的新型综合方法

思考模式的转移

范式转换使用路径影响分析预测多种癌症中突变的功能

Path2Models

Path2Models是从生化途径图中大规模生成的计算模型

路径代理

路径agent是用于更新路径信息集成的多智能体系统

可怜的某人

PathCase-SB是整合数据源，并为系统生物学研究工具

PathJam

PathJam是一个公共工具，它为人类基因列表的生物路径分析提供了一个直观和友好的框架

PATHLOGIC-S

蜂窝信号建模的可扩展布尔框架

PathNER

路径命名实体识别是系统识别文献中提到的生物路径的工具

Pathprinting

路径打印是理解疾病功能基础的综合方法

PathRings

PathRings是一个基于网络的工具，用于探索生物通路中的同源和表达数据

PathScan

PathScan是识别推定癌症基因组突变意义的工具

帕斯瓦尔

PathVar是使用微阵列数据分析细胞途径中的基因和蛋白质表达差异

Pathview

Pathview是一个基于路径的数据集成和可视化的R/Bioconductor包

PathVisioRPC

使用任何编程环境中的PathVisioRPC自动可视化和分析路径上的数据

路径投影仪

Pathway projector是一款基于Web的可缩放路径浏览器，使用KEGG Atlas和Google Maps API

途径共用

路径共用为研究人员提供了方便的途径，从多种生物途径的全面收集

通路相互作用数据库

通路相互作用数据库(PID)是由人类分子信号、调控事件和关键细胞过程组成的经过策划和同行评审的通路的免费收集

通路的知识库

路径知识库是一个用于搜索生物路径的公共知识库

Pathway-GPS

Pathway GPS和SIGORA基于其基因对特征的过度表达识别相关路径

PathwayCaseMAW

PathwayCaseMAW是一个在线的代谢网络分析系统

PathwayLinker

一种整合多种来源的蛋白质相互作用和信号通路数据的系统，具有统计学显著性检验和清晰的可视化

帕提卡玛德

PATIKAmad将微阵列数据放入路径上下文中

帕提卡韦布

集成与知识获取路径分析工具

PaxTools

一个开源的Java库，包含用于常见但难以实现的任务（如读取、写入、搜索、合并、比较和转换路径信息）的设施和算法

巴尧

Payao是SBML路径模型筛选的社区平台

PBSK浏览器

PBSK浏览器允许用户浏览PSI-MI、BioPAX、SBML和KGML格式的生物路径

PDB

生物大分子结构的信息门户

PDBE.

欧洲蛋白质数据库(PDBe)将结构引入生物学

PDDB

朊病毒疾病数据库（PDDB）专注于朊病毒疾病（PD）研究中使用的数据。该网站提供了一些工具，允许科学家分析、存储和与其他科学家共享这些PD数据

花生

途径富集分析工具提供的上行前面的方法来确定通过计算在焦点网络富集途径生物学原理底层

潘塔康

个性化非甾体抗炎药物治疗联盟(PENTACON)是一群来自多个机构的科学家，他们拥有广泛的专业知识，共同的目标是开发个性化药物治疗的范例

PharmGKB

关于人类遗传学变异如何导致对药物反应的变异的综合数据资源

PhosphoELM

PhosphoELM是一个磷酸化位点数据库-更新2008

猪

病原体交互门户是一个宿主-病原体PPI (HP-PPI)数据数据库，来自多个公共资源

PIR

蛋白质信息资源（PIR）是一个集成的公共生物信息资源，用于支持基因组学、蛋白质组学和系统生物学研究和科学研究

植物反应体

一个可自由访问的植物途径数据库，托管植物代谢和调节途径

广场

研究植物基因和基因组进化的比较基因组学资源

多瘤

polydom是一个完整的基因组数据库，用于识别具有潜在影响疾病的非同义编码snp

柚子二世

Pomelo II是一款开源、基于网络、免费提供的工具，用于分析基因（和蛋白质）表达和组织阵列数据

装腔作势

定位MEDLINE (PosMed)优先选择候选基因进行定位克隆

PpiTrim

PpiTrim用于构建非冗余和最新的交互集

预测拟南芥相互作用资源

潜在植物相互作用数据库、详细注释和更具体的每种相互作用置信度测量

PRGdb

PRGdb是基于社区的植物r基因分析数据库模型

自豪

在EBI蛋白质组学鉴定中数据库是质谱衍生蛋白质组学数据储存库

优先排序器

一种定位候选基因的优先排序方法，假设大多数致病基因在功能上密切相关

箴

蛋白质本体(PRO)是蛋白质对象的一种形式化表示，提供了对这些对象的描述以及它们之间的关系

PROGgeneV2

PROGgeneV2是一个泛癌预后数据库

ProKinO

ProKinO是蛋白激酶本体的框架

蛋白质组学

人类嗅球的蛋白质组图谱

PSI-MI

HUPO蛋白质组学标准倡议分子相互作用(PSI-MI)工作组定义了蛋白质组学数据表示的社区标准，以促进数据比较、交换和验证

PSIQUIC

PSIQUIC是一个访问PSI-MI交互数据的web服务

pSTIING

pSTIING是朝着在炎症和癌症积分信号传导途径，相互作用和转录调控网络一个“系统”的方法

PUPPI

PUPPI是一种利用蛋白质相互作用网络进行病例对照数据的途径分析方法

PyBioS

PyBioS是一个用于建模和模拟细胞进程的系统

石英序列

Quartz-Seq是一种高重复性和敏感性的单细胞RNA测序方法，揭示了非遗传基因表达的异质性

RDF2Graph

RDF2Graph是一个用于恢复、理解和验证RDF资源本体的工具

RDFScape

RDFScape是一个插件，用于在Cytoscape中查询、可视化和推理OWL或RDF中表示的本体

Reactome.db

使用来自reactome的数据组装的一组用于reactome的注释映射

ReactomePA

ReactomePA是一个用于Reactome途径分析的R包

RECONN

ReConn是一个Java插件，它将Cytoscape连接到Reactome数据库

RefNetBuilder

RefNetBuilder是一个从表达序列标签构建综合参考基因调控网络的平台

调控基因组学

常见呼吸系统疾病和相关疾病相关基因的注释启动子数据库

复赛

ReMatch是一个基于网络的工具，用于构建、存储和共享化学计量代谢模型，以及用于代谢通量分析的碳图

修理厂

REPAIRtoire是一个DNA修复途径数据库

RGD

大鼠基因组数据库（RGD）是大鼠遗传和基因组信息的集合

土卫五

Rhea是一种人工管理的生化反应资源

RhesusBase

RhesusBase是一个猴子研究社区的知识库

RMOD

信令网络中调控基序检测工具

RNApathwaysDB

RNApathwaysDB是一个RNA成熟和衰变途径的数据库

岩石

ROCK是一个乳腺癌功能基因组学资源

麻雀

[R蜘蛛是使用核心途径和人类生物学反应在REACTOME和KEGG数据库积累的系统知识的基因列表进行分析的基于Web的工具

RxnFinder

RxnFinder是一个利用分子结构、分子片段和反应相似性的生化反应搜索引擎

萨比奥-RK

生化过程分析系统-反应动力学是一个基于SABIO关系数据库的基于web的应用程序，它包含有关生化反应的信息，它们的动力学方程及其参数，以及测量这些参数的实验条件

传奇

SAGA是一种用于生物图的子图匹配工具

SASD

合成选择性剪接数据库从蛋白质组学鉴定新的异构体

SASD

SASD是用于从蛋白质组学中识别新异构体的合成选择性剪接数据库

SB-KOM

SB-KOM使用BioPax提供路径信息集成

SBGN

系统生物学图形符号（SBGN）项目是规范的生物过程的地图中使用的图形符号的努力

SBKD

结构生物学知识库是蛋白质结构、序列、功能和方法的门户网站

SBML

系统生物学标记语言(SBML)是一种用于表示生物过程模型的计算机可读格式

SBML电桥

SBML桥接器是一种XML路径转换工具

SciMiner

SciMiner是一个基于词典和规则的生物医学文献挖掘和功能丰富分析工具

伙伴

SIDEKICK是一个基因组数据驱动的分析和决策框架

SigCS

一个完整的人类脑卒中遗传信息资源

SignaLink

SignaLink允许使用细胞内主要信号通路的网络进行系统级分析

信号机

Signalogs是一种基于正畸学的三种后生动物新信号通路成分的鉴定方法

迹象

sign是一种网络工具，用于基因选择和在因变量是患者生存或更普遍的，右截变量的问题中发现签名

SimBiology 3.1

SimBiology -为计算系统生物学和药物动力学提供图形化和程序化工具

啜饮者

SIPPER是一种将异构数据集成到代谢网络中的灵活方法

聪明的

SMART显示了基因组和网络背景下的域

SMPDB

小分子途径数据库（SMPDB）是一个交互式的可视化数据库，包含350多条在人类中发现的小分子途径

恶作剧

SNPranker是一种以基因为中心的数据挖掘工具，用于GWAS中疾病相关SNP的优先排序

来源

SOURCE是一个统一的工具，它从许多科学数据库中动态收集和编译数据，从而试图将智人、小家鼠、褐家鼠基因组中的基因的遗传学和分子生物学封装到易于导航的通用报告中

SPARQLGraph

SPARQLGraph是一个基于web的平台，用于以图形方式查询生物语义web数据库

斯派克

Signaling Pathway Integrated Knowledge Engine是一种交互式软件环境，以图形方式显示生物信号网络，允许通过这些网络进行动态布局和导航，并允许在交互图上叠加DNA微阵列和其他功能基因组学数据

尖顶

SPIRE是一个系统的蛋白质研究性研究环境

星基

StarBase将从大规模CLIP-Seq数据中解码miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA和蛋白质-RNA相互作用网络

针

缝是用于小分子和蛋白质的相互作用网络数据库

字符串

STRING是630种生物体中蛋白质及其功能相互作用的全球观点

超目标

SuperTarget是一个关于药物-靶标相互作用的资源

西比尔

系统生物学链接器设计用于以BioPAX格式可视化路径数据文件，例如从Reactome导入并将BioPAX文件转换为SBML文件

SZGR

SZGR是一种综合性的精神分裂症基因资源

T1DBase

T1DBase专注于1型糖尿病（T1D）和T1D易感性遗传学和β细胞生物学的两个研究领域

T2D分贝

T2D-Db是一个数据库，它包含了所有被报道参与人、小鼠和大鼠2型糖尿病发病机制的分子因子

T2D @ ZJU

T2D@ZJU是一个整合与2型糖尿病相关的异质联系的知识库

T2DM-GeneMiner

T2DM-GeneMiner是一个分析2型糖尿病相关基因的网络资源

餐馆

Taverna Workbench是一个用于设计和执行由myGrid项目创建的工作流的开源工具

TcoF-DB

TcoF-DB为研究转录调控提供了一个全面的起点，包括转录因子、转录辅助因子和其他蛋白质之间的PPIs

柚木

柚木是一个拓扑富集分析框架，用于检测激活的生物子路径

细胞集体

Cell Collective是一种开放和协作的系统生物学方法

细胞周期本体

细胞周期本体是一个能够自动捕获和集成细胞周期过程的详细知识的应用本体

蒂姆

TIM (Tools to Input Models)是一种集成生物对象和生物过程建模信息的工具

顶基因

Toppgene Suite是一个一站式的门户网站，用于基于功能注释和蛋白质相互作用网络的基因列表富集分析和候选基因优先排序

转录组浏览器

转录组浏览器正在介绍一种新的分子相互作用概要和一种新的可视化工具，用于研究基因调控网络

TransDomain

TransDomain是一种基于传递域的蛋白质相互作用预测方法

TRANSPATH

TRANSPATH是一种信息资源，用于存储和可视化信号通路及其病理畸变

tYNA平台

tYNA比较交互平台是一个用于管理、比较和挖掘多个网络的web工具

UCD 2 d-page数据库

UCD 2D-PAGE Datavase是一个二维聚丙烯酰胺凝胶电泳数据库

UCSC基因组浏览器

UCSC Genome Browser是一个最新的基因组序列数据来源，来自各种脊椎动物和无脊椎动物物种和主要模式生物，并集成了大量对齐的注释

自然信令网关

UCSD Nature信令网关是一个全面且最新的资源，适用于任何对信号转导感兴趣的人

UniHI

Unified Human Interactome数据库为研究人员提供了一个全面的平台来查询和访问人类蛋白质相互作用(PPI)数据

的UniProtKB

UniProt知识库是收集蛋白质功能信息的中心枢纽，具有准确、一致和丰富的注释

有利的

包含实验数据的网络可视化和分析使加载和编辑图形成为可能，这些图形可能代表生物路径或功能层次

varSelRF

varSelRF是一个使用随机森林进行基因选择和分类的R包

维里根

VeryGene作为一个组织特异性基因知识库和发现工具，为基础和临床研究生成可测试的假设

毒蛇

Virtual pathway explorer是一款cytoscape应用程序，它集成了组学数据和interactome数据

病毒宿主网

VirHostNet（病毒宿主网络）是一个知识库系统，致力于病毒宿主分子（主要是蛋白质-蛋白质）相互作用网络及其功能注释（分子功能、细胞途径、蛋白质域）的管理、整合、管理和分析

visANT

visANT是biologucal networjs和pathways的集成可视化分析工具

内脏的

VisHiC是一个用于聚类和解释基因表达数据的公共网络服务器

沃隆

Voronto是用于表达数据到本体一个映射器

波

WAVe是对variome的web分析

Web阿波罗

Web Apollo是一个基于Web的基因组注释编辑平台

哪些基因

WhichGenes是一个基于网络的互动基因组构建工具提供了一个非常简单的接口来提取多个数据库和非结构化的生物数据来源始终更新的基因列表

维基圆周率

用于帮助发现蛋白质功能的带注释的人类蛋白质相互作用的Web服务器

WikiCell

WikiCell是人类转录组学研究的统一资源平台

WikiPathways

WikiPathways是一个开放的公共平台，致力于科学界对生物途径的管理

埃姆

WIM（用于建模的Web接口）是一种集成生物对象和生物过程建模信息的工具

沃姆贝斯

WormBase是线虫生物学的中心数据仓库

YMDB

YMDB是一个酵母代谢组数据库

号叫

yOWL表示使用OWL（Web本体语言）在酵母菌基因组数据库中发现的知识。