2021年6月2日，Johannes博士怜悯“多组学途径分析指南“作为572名参与者的记录观众作为其中的一部分Embl-Ebi网络研讨会系列．这研讨会录音和培训教材，提供了使用ReactomeGSA平台进行比较多组学路径分析的见解。我们想借此机会感谢所有参加本次网络研讨会的朋友们。如果您有兴趣了解更多关于Reactome的信息，或者如果您有任何其他问题，请此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。．
新的和更新的主题和途径。V77中具有新的或修订途径的主题包括疾病（由于Palb2功能损失，通过同源重组（HRR）缺陷HDR那脂肪凋亡有缺陷那TP53在癌症中的功能缺失那成熟的核蛋白质， 和通过癌症的信号传导)、DNA修复(同源DNA配对和斯特兰交换)、程序性细胞死亡(糊状症)及信号转导(Fc epsilon受体(FCERI)信号那RHOD-GTPase循环那RHOF GTPase周期那RHOU GTPase周期那RHOV GTPase周期， 和ALK信号传导）.
新的和更新的插图。已添加或修改具有嵌入式导航功能的插图细胞对化学压力的反应那饥饿的细胞反应那对压力的细胞反应那糖基化的疾病那生长因子受体和第二信使信号转导的疾病那艾滋病毒感染那蛋白质的代谢那致癌MAPK信号那监管坏死那ALK在癌症中的信号传递那FGFR在疾病中的信号转导那疾病中的试剂盒信号那受体酪氨酸激酶的信号传导， 和rho gtpases的信号传导．
感谢我们的贡献者。我们的外部审稿人是Marcio luis Acencio.那马里亚诺·Bisbal那Giorgio Inghirami.那Anna Niarakis.那赫尔穆特•Pospiech那Kazuyasu坂口那米哈伊尔·V舍甫列夫那冯邵， 和Robert Winqvist.．
注释统计。Reactome由13827个人类反应组成，包括2536个途径，涉及11374个蛋白质和修饰的蛋白质，由11084个不同的人类基因编码，13662个复合物，1857个小分子和432个药物。这些注释有33,752篇文献参考。我们将这些反应投射到78,539个同源蛋白上，在15个非人类物种中创造了18,659个同源途径。77版对4464种蛋白质变体(突变蛋白)及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来自347种蛋白质，已被用于注释疾病特异性反应和途径。
工具和数据。我们的服务和软件工具是为生物学家、生物信息学家和软件开发人员设计的。路径数据可在我们的途径浏览器,分析您自己的数据集，以下载，并通过我们的方式访问我们的内容和分析服务。这ReactomeGSA软件包提供多组数据分析工具。这idg.www.joaskin.comWeb Portal提供了一组基于网络的工具，帮助研究人员将未被研究的蛋白质置于通路环境中。
文档和培训。访问我们的网上用户指南获取支持实验数据路径分析的文件。这开发人员的区域提供有关我们的软件，工具和Web服务的详细文档。可以找到培训和学习材料在这里．
关于Reactome项目。Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome注释文件和来自Reactome的交互数据是在创作共用公共域(CC0 1.0通用)许可下发布的。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。在反应上有全新和更新内容的描述网站．
在Twitter上关注我们:@reactome.有关新和更新的途径，功能更新等频繁更新！
想要查询更多的信息：如果您有问题要问或想给我们您的反馈，请联系我们的帮助台。
作为其中的一部分尖端信息工具（CIET）为了照亮可用的可用性（IDG）程序，反应组已建成一个新工具，Reactome IDG门户，它利用了反应是知识库系统地阐明暗蛋白与其他蛋白质和生物实体的相互作用，通过定位和潜在的相互作用来评估这些未被研究的蛋白质，并有助于设计实验来测试它们的功能。门户允许用户:
Reactome是安大略癌症研究所、纽约大学朗格尼医学中心、俄勒冈健康与科学大学和欧洲生物信息学研究所的小组之间的合作。Reactome的数据和软件在知识共享署名4.0许可的条款下发布。有关新内容和更新内容的完整描述可在Reactome网站上获得。在Twitter上关注我们:@reactome.频繁更新关于新的和更新的途径，功能更新等。
这阐明可药物基因组(IDG)计划，由国家卫生研究院（NIH）共同基金是一个多学科项目，旨在提高对三个关键蛋白家族成员的科学认识:非嗅觉g蛋白偶联受体(GPCRs)、离子通道和蛋白激酶。IDG计划的总体目标是促进目前尚待研究但对人类健康有很大影响的生物学领域的研究。在Twitter上关注我们:@druggably genome.接收有关该程序的更新。
氖w和更新的主题和途径。V76中涉及新途径或修订途径的主题包括细胞对外部刺激的反应(hmox1的细胞保护和血红素的信号)、疾病(脂肪凋亡有缺陷)、基因表达(trna衍生的小RNA (tsRNA)生物发生）， 免疫系统 （DDX58/ ifih1介导的干扰素/ β的诱导和CSF3（G-CSF）的信令），编程的细胞死亡（糊状症)、感官知觉(声音的感觉处理)及信号转导(miro gtpase周期那Rho GTP酶周期， 和Rhoh GTP酶周期）.
新的和更新的插图。已添加或修改具有嵌入式导航功能的插图对压力的细胞反应那免疫系统中的细胞因子信号转导那代谢疾病那生物氧化酶的代谢障碍那感官知觉， 和声音的感觉处理．
感谢我们的贡献者。我们的外部审稿人是katia basso.那伊内斯卡斯特罗那彼得Dallos那Anindya Dutta那菲利普堡那大卫·N·弗内斯那Thirumala-Devi Kanneganti那Carlos Henrique Inacio Ramos那迈克尔-施那Hans-Uwe西蒙那朱莉娅Somers.那苏张丽那Ivo p Touw那对此威尔逊， 和中科院张志斌教授领衔．
注释统计。Reactome由13732个人类反应组成，包括2516个途径，涉及11362个蛋白质和修饰的蛋白质，由11073个不同的人类基因编码，13409个复合物，1856个小分子和415种药物。这些注释有33,453篇文献参考。我们将这些反应投射到74384个同源蛋白上，在15个非人类物种中创建了18051条同源途径。76版对2949种蛋白质变体(突变蛋白)及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来自337种蛋白质，已用于注释疾病特异性的1550个反应和653个途径。
工具和数据。我们的服务和软件工具是为生物学家、生物信息学家和软件开发人员设计的。路径数据可在我们的途径浏览器,分析您自己的数据集，以下载，并通过我们的方式访问我们的内容和分析服务。这ReactomeFiviz应用程序对于cytoscape和ReactomeGSA软件包提供多组数据分析工具。
文档和培训。访问我们的网上用户指南获取支持实验数据路径分析的文件。这开发人员的区域提供有关我们的软件，工具和Web服务的详细文档。可以找到培训和学习材料在这里．
关于Reactome项目。Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome注释文件和来自Reactome的交互数据是在创作共用公共域(CC0 1.0通用)许可下发布的。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。在反应上有全新和更新内容的描述网站．
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新的和更新的途径.第75版中有新的或修订的途径的主题包括发育生物学(睾丸分化的转录调节)、疾病(端粒的选择性延长那BARD1功能丧失导致DNA双链断裂反应缺陷那由于BRCA1功能损失，DNA双链断裂响应有缺陷性DNA双链响应那由FLT3在疾病中的信号传导），DNA修复（招募和atm介导的DNA双链断裂修复和信号蛋白磷酸化）， 免疫系统 （FLT3信令)及信号转导(rhobtb gtpase周期）.
新的和更新的插图。已添加或修改具有嵌入式导航功能的插图发展生物学那与视觉转导相关的疾病那DNA修复疾病那疾病的止血那免疫系统疾病那有丝分裂细胞周期的疾病那由生长因子受体和第二信使信号转导的疾病那FLT3信号在疾病中的作用那HH突变体废除配体分泌那PI3PK/AKT信号通路在癌症中的作用那选择性自噬那通过erbb2在癌症中的信号传导那通过PDGFR在疾病中的信号传导那WNT在癌症中的信号传导， 和细菌毒素的摄取和动作．
感谢我们的贡献者。我们的外部作者是理查德J贝尔和旧金山Rivero克雷斯波．我们的外部审稿人是理查德J贝尔那肯尼亚·伊米松那Yoshiakira Kanai.那Julhash Kazi.那艾伦•米克那罗杰Reddel， 和旧金山Rivero克雷斯波．
注释统计。Reactome由13534个人类反应组成，包括2477个通路，涉及11118个蛋白质和修饰形式的蛋白质，由10929个不同的人类基因编码，13210个复合物，1854个小分子和414种药物。这些注释有32,493篇文献参考。我们将这些反应投射到79333个同源蛋白上，在15个非人类物种中创造了18510个同源途径。75版注释了2620个蛋白质变体(突变蛋白)及其翻译后修饰形式，这些变体来自327个蛋白质，已用于注释疾病特异性的1297个反应和605个途径。
工具和数据。我们的服务和软件工具是为生物学家、生物信息学家和软件开发人员设计的。路径数据可在我们的途径浏览器,分析您自己的数据集，以下载，并通过我们的方式访问我们的内容和分析服务。这ReactomeFiviz应用程序为细胞景观提供工具，以发现与癌症和其他类型疾病相关的途径和网络模式。
文档和培训。访问我们的网上用户指南获取支持实验数据路径分析的文件。这开发人员的区域提供有关我们的软件，工具和Web服务的详细文档。可以找到培训和学习材料在这里．
关于Reactome项目。Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome注释文件和来自Reactome的交互数据是在创作共用公共域(CC0 1.0通用)许可下发布的。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。在反应上有全新和更新内容的描述网站．
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一个新的研究文章“Reactomegsa - 高效多OMICS比较途径分析已发表在分子与细胞蛋白质组学日报》。文中讨论了使用我们的现有的网络接口和一个新颖řBioconductor的封装具有用于scRNA-SEQ数据的显式支持多组学数据集的比较分析途径的新颖ReactomeGSA资源。描述了Reactomegsa工具在这里．来自的更多出版物Reactome团队可以被找寻到在这里．
新功能。为了应对Covid-19大流行，反应是快速跟踪与Covid-19疾病地图组合作的人冠状病毒感染途径的注释。反应释放74特征SARS-COV-2（Covid-19）感染途径．为了生成这个路径，我们从一个通过计算生成的粗略草案开始我们的orthoinference过程从先前手动策划的同行评审型反应SARS-COV-1（人SARS CORONAVIRUS）感染途径。然后，通过反应策柱审查了SARS-COV-2（Covid-19）感染途径事件和实体的草案，并使用已发表的SARS-COV-2实验数据进行策划。在最后确定之前，由外部专家进行同行评审所产生的策疗SARS-COV-2感染途径。目前的途径由涉及489个分子实体的101个反应（279个蛋白，12次RNA和198别的），并由引文支持227个出版物。在未来的反应释放中，我们将延长我们的途径注释，表明药物和其他调节感染步骤的化合物，并添加链接传染性途径步骤以宿主的分子事件和人体生物学的其他方面确定对病毒的反应感染。该加速的注释项目由国家人类基因组研究所的最近收到的补充授予U41 HG003751-13S1提供支持。
新的和更新的路径。74版中具有新的或修改的途径的其他主题包括疾病（缺陷ripk1介导的调节坏死）和编程的细胞死亡（RIPK1介导的调节坏死）.
新的和更新的插图。已添加或修改具有嵌入式导航功能的插图新陈代谢的疾病那冠状病毒感染那ABC Transporter疾病那与表面活性剂新陈代谢相关的疾病那细胞反应对压力的疾病那DNA修复疾病那有丝分裂细胞周期的疾病那神经系统疾病那由生长因子受体和第二信使信号转导的疾病那发育生物学障碍那跨膜转运蛋白的病症那通过TGF-β受体复合物在癌症中的信号传导， 和SLC运输障碍．现在可以使用新的静态插图补充级联那Rho GTP酶周期那SARS-COV-2感染， 和Toll样受体瀑布．
感谢我们的贡献者。外部作者是安德烈塞内夫 - 里贝罗以及你的外部审查员Marcio Luis AcencioNajoua Lalaoui那詹姆斯M墨菲．
注释统计。反应包括13,416人体反应组织成2,441涉及11的途径，110.蛋白质和修饰形式的蛋白质编码10922年不同的人类基因、12976个复合物、1854个小分子和428种药物。这些注释受到32297的支持文献引用。我们将这些反应预测到79,190矫形蛋白质，创造18,462在15种非人类物种中的直言不讳。版本74有注释2,624蛋白质变异(突变蛋白)及其翻译后修饰形式，从328个蛋白中提取，已用于注释疾病特异性反应和途径。
工具和数据。我们的服务和软件工具是为生物学家、生物信息学家和软件开发人员设计的。路径数据可在我们的途径浏览器,分析您自己的数据集，以下载，并通过我们的方式访问我们的内容和分析服务。这ReactomeFiviz应用程序为细胞景观提供工具，以发现与癌症和其他类型疾病相关的途径和网络模式。
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关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome注释文件和来自Reactome的交互数据是在创作共用公共域(CC0 1.0通用)许可下发布的。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。在反应上有全新和更新内容的描述网站．
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新功能。为应对2019冠状病毒病大流行，Reactome正与世界卫生组织合作，快速跟踪人类冠状病毒感染途径的注释COVID-19疾病地图组。V73包括对SARS-CoV-1感染途径也SARS的潜在治疗方法在接下来的几个月里，我们将以这些描述为出发点，对SARS-CoV-2感染途径以及与宿主蛋白的相互作用进行注释，这些蛋白质会影响COVID-19疾病的严重程度。
新的和更新的路径。V73中涉及新途径或修订途径的其他主题包括细胞周期(抑制DNA重组在端粒那端粒维护)、疾病(因RB1缺陷导致的有丝分裂细胞周期的异常调节那接触激活系统(CAS)和激肽酶/激肽系统(KKS)缺陷那致癌MAPK信号，在疾病中的KIT信号和信号转导（RAF / MAP激酶级联那RAS处理）.
新的和更新的插图。插图与嵌入式导航功能已添加神经系统开发那维生素和辅助因子代谢缺陷那碳水化合物代谢疾病那代谢疾病， 和冠状病毒感染．现在可以使用新的静态插图CD28家族的共鸣那CD28 co-stimulation那下游细胞信号那G2 / M DNA损伤检查点那G2/M DNA复制检查点那第二信使分子的产生那p53独立的DNA损伤反应那CD3和TCR zeta链的磷酸化那SARS-CoV-1感染， 和ZAP-70向免疫突触的易位．
感谢我们的贡献者。Marcio luis Acencio.那弗雷德里克一个迪克那阿方索Garcia-Valverde那Evripidis Gavathiotis.那Makoto T Hayashi.那亚历山大Mazein那Daniel Pilco-Janeta那Cesar Serrano.那布莱恩Shoichet， 和斌张是我们的外部审稿人。
注释统计。反应包括13248年人体反应组织成2,423涉及11的途径，111.蛋白质和修饰形式的蛋白质编码10923年不同的人类基因，12,728个络合物，1,869个小分子和369种药物。这些注释得到支持32150年文献引用。我们已经将这些反应预测到81835年同源蛋白质，创造18,654在15种非人类物种中的直言不讳。版本73有注释2,620衍生自327个蛋白质的蛋白质变体（突变蛋白）及其翻译后修饰的形式，其已用于注释疾病特异性1,297反应和605.途径。
工具和数据。我们的服务和软件工具是为生物学家、生物信息学家和软件开发人员设计的。路径数据可在我们的途径浏览器,分析您自己的数据集，以下载，并通过我们的方式访问我们的内容和分析服务。这ReactomeFiviz应用程序为细胞景观提供工具，以发现与癌症和其他类型疾病相关的途径和网络模式。
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关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome注释文件和来自Reactome的交互数据是在创作共用公共域(CC0 1.0通用)许可下发布的。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。在反应上有全新和更新内容的描述网站．
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一个新的研究文章“使用反射构建自噬机制知识库已发表在自噬日报》。本文讨论了自噬的分子机制的策策和注释。可以查看自噬途径在这里．来自的更多出版物Reactome团队可以被找寻到在这里．
数据科学代表了一种新的、不断发展的科学研究方式，其关键要素包括再现性,对数据，方法和源代码的开放访问，以及网络上可重复使用和模块化服务。
鉴于数据科学家之间的Python编程语言的普及，我们创造了reactome2py包，促进了使用Python的工具和Web服务之间的通信。ReactOme2py Package由一个辅助函数库组成，该辅助函数将呼叫呼叫对反应restful API和简化对我们的开放数据的访问的实用程序模块。
这通路分析服务途径过度表征和表达分析以及物种比较工具。关于AnalysisService API调用的更多细节是可用的在这里．这内容服务提供访问我们的数据通过一个简单的API.基于代表状态转移（REST）协议。最后，实用程序(跑龙套）提供用于从人类网络获取途径，药物和药物目标数据，其他注释，映射信息和覆盖数据的功能。关于的更多细节数据模型主要类可用在这里．浏览我们的工具和web服务，了解如何在我们的开发人员的区域．
一个新的研究文章“科学论坛：Wikidata作为生命科学的知识图表已发表在eLife日报》。本文介绍了维基百科作为生物知识整合平台的应用。来自Reactome的2200多条路径被集成到Wikidata存储库中。来自的更多出版物Reactome团队可以被找寻到在这里．
新的和更新的路径。在第72版中，新的或修订的途径包括自噬(Pexophagy）， 细胞周期 （核膜重新组装)、发育生物学(EGR2和SOX10介导的Schwann细胞髓鞘介导的启动)、疾病(ERBB2在癌症中的信号传导那通过erbb2 ECD突变体的信号传导那ERBB2 TMD/JMD突变体的信号传导那通过PDGFR在疾病中的信号传导， 和利什曼原虫感染)及信号转导(NGF刺激的转录和药物介导的ERBB2信号抑制）.
新的和更新的插图。已添加或修改具有嵌入式导航功能的插图疾病那传染病， 和利什曼原虫感染和发育生物学．现在可以使用新的静态插图通过狭缝和Robo调节吊舱轴突那通过Robo受体的信号传导， 和TCR信令．
感谢我们的贡献者。约翰阿莱塔那罗恩玻色那拉里Gerace那大卫格雷戈里那卡尔曼IP.那拉玛克里希纳·坎南那T.赫里斯·王子，安格哈克里希纳，刘先生刘那安妮马丁那Emmanouil Metzakopian.那亚当米勒那Eamon Mulvaney那Kirk Staschke.， 和避开么是我们的外部审稿人。
注释统计。反应组织成12,986个组织成2,362个途径，涉及11,096种蛋白质和由10,908种不同人类基因，12,728个络合物，1,865个小分子和237种药物编码的蛋白质的改良形式。这些注释由31,237个文献引用支持。我们将这些反应投影到83,698件蛋白质上，在15种非人类物种中产生18,996个局部途径。版本72具有1,890个蛋白质变体（突变蛋白）的注释及其翻译后修饰的形式，其衍生自315种蛋白质，这些形式已被用于注释疾病特异性的反应和途径。
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一个标题的新透视/意见文章“Reactome和orcid—社区管理的精细信用归属“已在数据库（牛津）杂志中发表。本文介绍了我们如何使用orcid标识符，为提交人，策展人和审核者提供明确的信用归因，以支持社区参与。来自的更多出版物Reactome团队可以被找寻到在这里．
新的和更新的路径。在版本71中，具有新的或修改的途径的主题包括自噬（evighephagy）， 细胞周期 （EML4和NUDC在有丝分裂主轴形成），对外部刺激的细胞反应（Eik2ak4（GCN2）改变基因表达以响应氨基酸缺乏和EIF2AK1 (HRI)对血红素缺乏的反应)、疾病(与OGG1相关的基底切除修复缺陷那感染血巨细胞病毒那结核分枝杆菌感染， 和ERBB2在癌症中的信号传导)，基因转录途径(Ventx转录调节)、代谢(卟啉代谢)及信号转导(药物介导的ERBB2信号抑制）.
新的和更新的插图．专业检测介质的生物合成（SPMS）那脂肪酸代谢那新陈代谢那脂质代谢那维生素和辅助因子的代谢， 和磷脂代谢具有嵌入式导航功能的新插图。对压力的细胞反应那消化和吸收， 和自噬修订了具有嵌入式导航功能的插图。
感谢我们的贡献者。拉尔夫·斯蒂芬是我们的外部作者。Susanne Bechstedt那伊斯特万·博尔多格那阿兰布鲁哈特那Patrizia Caposio那陈珍那ARMIN DEFFUR.那安德鲁弗莉那拉玛克里希纳·坎南那凯莉Lucken那Emmanouil Metzakopian.那劳拉·奥雷根那丹尼尔Streblow那奈杜姆维吉那斯皮罗Vlahopoulos， 和罗伯特威尔金森是我们的外部审稿人。
注释统计。反应组织成12,608个人的反应，组织成2,282个途径，涉及11,053种蛋白质和修饰的蛋白质，编码10,870种不同的人类基因，12,489个络合物，1,863个小分子和225种药物。这些注释由30,721个文献引用支持。我们将这些反应投射到83,392蛋白蛋白上，在15种非人类物种中产生18,697个局部途径。版本71具有1,816种蛋白质变体（突变蛋白质）的注释及其翻译后修饰的形式，其衍生自310个蛋白质，这些形式已被用于注释疾病特异性的反应和途径。
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一篇新的研究文章，题为反应途径知识库已在即将出版的2020年NAR数据库期刊上发表。本文描述了注释药物作用的分子机制，促进社区参与注释，以及改进反应和途径可视化。来自的更多出版物Reactome团队可以被找寻到在这里．
新的和更新的路径。在第70版中，新的或修改过的途径包括细胞对压力的反应(氨基酸调节MTORC1)、疾病(癌基因逃逸导致p16-INK4A缺陷导致衰老那由于P16-INK4A缺陷，氧化应激诱导衰老的避免那p14ARF功能丧失导致凋亡内在途径缺陷那由于P14ARF缺陷，癌基因诱导衰老那p14ARF缺陷导致的氧化应激诱导衰老的逃避)、免疫系统(α蛋白激酶1信号通路和FLT3信令)及信号转导(NR1H2和NR1H3介导的信号传导）.
新的和更新的插图。具有新的或修改的插图的主题包括氨基酸和衍生物的代谢和天生免疫系统．
感谢我们的贡献者。多萝西贝内特那肯德尔坦丁那Carolyn Cummins.那尼古拉斯海沃德那Sunil Joshi.那Vaishnavi内森那乔伊斯·雷帕那Helen rizos.那David Sabatini.， 和冯邵是我们的外部审稿人。
注释统计。Reactome由12,608个人类反应组成2,282个通路，涉及10,860个不同人类基因编码的11040个蛋白质和修饰形式的蛋白质、12,335个复合物、1,856个小分子和222种药物。这些注释有30.398篇文献参考。我们将这些反应投射到83,183个同源蛋白上，在15个非人类物种中创造了18,679个同源途径。第70版对1762种蛋白质变体(突变蛋白质)及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来自308种蛋白质。这些已经被用来注释536个复合物和970个疾病特异性反应，这些反应被组织成484个通路和子通路，并用387个疾病本体论术语进行标记。
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作为我们持续努力的一部分，为我们的生物通道提供视觉吸引力和更友好的访问，我们很高兴地宣布基于Voronoi镶嵌的新的高水平通道概述可视化。
Reactome是一个策展数据库，它严重依赖于策展人和领域专家作为志愿路径作者和评审员的专业知识。在700科学家到目前为止对Reactome的内容做出了贡献。如果您是其中之一，我们有好消息告诉您:您的Reactome贡献可以直接包含在您的ORCID简介：ORCID提供了一个持久的数字标识符，使您区别于其他所有研究人员，并通过集成关键研究工作流程（如手稿和赠款提交），支持您与您的专业活动之间的自动链接，确保您的工作得到认可。
因为我们感谢您的工作贡献，无论是创作或审查一个途径或反应，我们现在很容易宣布您的贡献在ORCID。使用这个已经集成到我们网站的新功能，提供了ORCID ID的贡献者可以通过简单的点击一个按钮，在他们的个人资料中引用他们的工作。
跟随这一点链接要了解有关如何申请工作的更多信息。
新的和更新的路径。在V66版中，自噬，包括伴侣介导的自噬和Microautophagy是新的。具有新的或修订的途径的主题包括开发（颗粒形成的转录调控)、疾病(由于P16-INK4A缺陷，癌基因诱导衰老和由于P16-INK4A缺陷，氧化应激诱导衰老的避免）， 免疫系统 （FLT3信令)及信号转导(超核雌激素信号和信号由ERBB4）.
新插图。现在可以使用嵌入式导航功能的插图自噬。
感谢我们的贡献者。大卫斯特恩是我们的外部作者。Filippo Acconcia.那多萝西贝内特那玛丽亚·马里诺那Emmanouil Metzakopian.那朱莉娅斯科科瓦， 和埃利交易是我们的外部审稿人。
注释统计。Reactome由12505个人类反应组织成2272个通路，涉及11009个蛋白质和修饰形式的蛋白质，由10833个不同的人类基因、1857个小分子和196种药物编码。这些注释得到了30.027篇文献的支持。我们已经将这些反应投射到81631个同源蛋白上，在15个非人类物种中创造了18610个同源途径。第69版对1612种蛋白质变体(突变蛋白质)及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来自305种蛋白质。这些已经被用于注释532个复合物和968个疾病特异性反应，这些反应被组织成478个通路和子通路，并被374个疾病本体论术语标记。
工具和数据。我们的服务和软件工具是为生物学家、生物信息学家和软件开发人员设计的。路径数据可在我们的途径浏览器,分析您自己的数据集，以下载，并通过我们的方式访问我们的内容和分析服务。这ReactomeFiviz应用程序为细胞景观提供工具，以发现与癌症和其他类型疾病相关的途径和网络模式。
文档和培训．访问我们的网上用户指南获取支持实验数据路径分析的文件。这开发人员的区域提供有关我们的软件，工具和Web服务的详细文档。可以找到培训和学习材料在这里．
关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome注释文件和来自Reactome的交互数据是在创作共用公共域(CC0 1.0通用)许可下发布的。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。在反应上有全新和更新内容的描述网站．
在Twitter上关注我们:@reactome.有关新和更新的途径，功能更新等频繁更新！
想要查询更多的信息：如果您有问题要问或想向我们提供您的反馈，请联系我们此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。．
“促进与技术作者的开源合作”——文档季
建立在声誉上的开源社区程序如谷歌夏季的代码和谷歌码内，谷歌推出了一项名为文档季节．Reactome项目已经申请参加今年的doc季。
Docs季节旨在提供开源项目，其中有机会与技术写作界和技术作家进行互动，以获得促进开源项目的经验。
我们将在一起，提高社区对开放文件的认识，技术写作以及我们如何共同努力，以改善开源项目。反弹期待着该季节的机会，并有机会将整个社区更接近在一起。
项目信息
项目名称:Reactome
项目描述:反应是一个免费的，开源，策划和对等审查的通路数据库。我们的目标是为途径知识的可视化，解释和分析提供直观的生物信息学工具，以支持基础研究，基因组分析，建模，系统生物学和教育。
项目理念#1名称：修改反应用户指南
描述：反应组用户指南提供反应组，用户界面和数据库内容的介绍。还提供练习来帮助用户练习他们所学到的内容。核心网站和软件的新功能和改进不断添加到用户指南中。该项目的结果是修订现有用户指南，更新和新教程，一组如何支持导航和使用路径可视化和分析工具
DOCS链接：//www.joaskin.com/userguide
联系人:罗宾山楂:此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。＆Marc Gillepsie：此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。
项目理念#2名称：更新Reactome策展人指南
描述：反应滤波器引导件包含施用过程的概述以及用于注释反应途径的步骤指南。策展程序指南通过项目设计，进入，审查和释放的过程采用新策展人。这些步骤中的每一个都要求策展程序熟悉反应组数据模型，软件进入工具，过程管道和项目管理。从这个意义上讲，策展仪指南用作学习课程，策展师哲学和逐步的过程蓝图的汇编。该项目的结果是完全修订当前指南以反映新的数据输入工具，更新当前术语表的术语表，以适应数据模型的更改，并创建可用于加强每个学习步骤的短文目速度。
联系人:Marc Gillepsie此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。和丽莎马修斯此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。
更多的信息
有关反垃圾和文档季节的更多信息，请参阅以下页面：
反应文档-了解有关Reactome文档的更多信息。
文档季节- 什么是文档的季节？
导游-这一切是如何结合在一起的。
时间线- 请注意附表！
规则-永远重要的规则手册。
反应项目为用户提供了一套工具，以通过其执行路径和基于网络的数据分析网站和reactomefiviz，功能性交互（FI）基于网络Cytoscape应用程序。
Reactome FI网络是建立在Reactome中经过筛选的途径之上的，补充了来自其他途径数据库的筛选途径，例如Kegg路线和豹路径．然后，利用机器学习将这些经过筛选的路径相互作用与来自筛选和高通量来源的基因-基因相互作用进行集成，生成一组可靠的高概率功能相互作用。
最近，我们发布了2018年版的反垃圾网。为了构建本网站，我们改进了天真贝叶斯分类器的培训，这导致了召回率的增加。因此，Swissprot覆盖率从12,441增加到13,469蛋白（增加8.3％），并且基因之间的功能相互作用总数从241,338增加到262,321（增加）。由于提高的召回率，我们将其归因于预测FIS的数量增加。
此外，ReactomeFiviz应用程序（7.2.0版）现在支持2018年版本的FI网络，并包含更新的反垃圾路径数据集（版本67）。新的ReactomeFiviz应用程序可用于在Cytoscape软件中下载，或直接从中下载Cytoscape应用商店．这用户指南提供有关使用反垃圾合网络和ReactomeFiviz应用程序的说明。
我们托管一个旨在为我们的数据和工具以及现有的反应用户了解最新的反应更新的反应机器用户的网络轨道。反应是一种可自由的人体生物途径和反应策划数据库，其定期更新。版本68具有新的和更新的途径和16种的反应注释，以及一套数据分析和可视化的工具。
活动日期:2019年4月5日
活动时间:美国东部时间上午11时至下午12时。
活动联系人：Robin Haw At此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。．
必要条件：此网络研讨会将使用思科WebEx.．您将需要计算机，互联网连接和电话/ Skype连接/麦克风来加入在线会话。
请注册https://forms.gle/QzeG85hcfrX34ivUA
当您注册时，请务必提供您的姓名和有效的电子邮件地址，以便我们将研讨会的详细信息和说明发送给您。
请将此邀请传递给可能从了解这一宝贵资源中获益的同事。
生物过程在大型进化距离上显着保守。在实际水平，这一事实使得能够将机械洞察力从物种到物种外推。反应项目旨在根据人类系统的实验数据注释广泛的人类生物过程的分子细节。为了将这些人体注释在模型生物体系统中与其保守的对应物联系在模型生物体系统中，我们使用蛋白质序列正非的关系来询问，每个人类反应和每个模型生物，是否参与反应中的人类蛋白质在模型生物体中具有直晶。如果存在正端，我们计算地推断出模型生物体的相应反应，并以这种方式积累了有机体的预测途径知识库。如果人类蛋白质作为复合物的一部分，我们将搜索复杂的所有组分的直肠，并且如果发现至少75％的人类蛋白质的模型生物体对应物，则计算模型生物体中复合物的存在。
通过我们2019年3月（第68版）发布，我们已经改变了改变这些推断途径的质量和可用性。
首先，随着Plant Reactome的发展，从植物实验证据注释的大量水稻(Oryza sativa)途径现在可以在网上找到。该材料改进了基于人类数据的基于正交的推断，并为对其他植物物种进行此类推断提供了一个更好的起点，因此，所有植物物种的推断现在将被生成、维护和提供植物反应．
其次，我们现在正在使用豹resource (Protein Analysis Through Evolutionary Relationships)用于识别Reactome中注释的人类蛋白的模式生物同源性。这一变化将使我们能够利用PANTHER的特征，如识别模式生物蛋白家族中最小分歧的直系基因，以提高我们推论的特异性。这一变化也是一个更大项目的一部分，该项目旨在更好地使Reactome与基因本体论、PANTHER、基因组资源联盟和相关资源保持一致，以生成交互式、专家策划、积极维护和紧密整合的社区基因组资源。
新的和更新的路径。在V68版本中，新的或修订路径的主题包括疾病(与nthl1相关的基本切除修复有缺陷的基本切除修复那与Neil1相关的基本切除修复有缺陷的基本切除修复， 和与Neil3相关的基本切除修复有缺陷的基本切除修复)、代谢(血型系统生物合成），神经元系统（NMDA受体的组装和细胞表面呈现），蛋白质定位（I类过氧化物酶体膜蛋白进口和将尾部锚定蛋白插入内质网膜)及信号转导(Non-genomic雌激素信号）.
新插图。现在可以使用嵌入式导航功能的插图非受体酪氨酸激酶的信号传导那核受体的信号传递， 和Sumo E3 Ligase sumoylate靶蛋白．
感谢我们的贡献者。Subhrajit巴塔查里亚那乍得R营那Richarda de Voer.那埃维莉娜DeLaurentis那保罗Woetsch.那ÁkosFarkas.那Marc Fransen.那罗兰·劳埃尔那埃利斯R莱文那Taei Matsui.那淮宇MI.那芭芭拉河那Harina Sampath.那Blanche Schwappach.那拉尔夫·斯蒂芬那斯蒂芬F Traynelis.， 和贾周是我们的外部审稿人。
注释统计。反应组织成12,416个人的反应，组织成2,255个途径，涉及11,000种蛋白质和由10,825种不同人类基因，1,854个小分子和202种药物编码的蛋白质的修饰形式。这些注释由29,885个文献引用支持。我们将这些反应投影到81,875个替代蛋白质上，在15种非人类物种中产生18,505次局部途径。版本68具有1,416种蛋白质变体（突变蛋白）的注释及其翻译后修饰的形式，来自304蛋白。这些已被用于注释532个络合物和组织成472个途径和细菌道的966个疾病特异性反应，并用349个疾病本体论标记。
工具和数据。我们的服务和软件工具是为生物学家、生物信息学家和软件开发人员设计的。路径数据可在我们的途径浏览器,分析您自己的数据集，以下载，并通过我们的方式访问我们的内容和分析服务。这ReactomeFiviz应用程序为细胞景观提供工具，以发现与癌症和其他类型疾病相关的途径和网络模式。
文档和培训．访问我们的网上用户指南获取支持实验数据路径分析的文件。这开发人员的区域提供有关我们的软件，工具和Web服务的详细文档。可以找到培训和学习材料在这里．
关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome注释文件和来自Reactome的交互数据是在创作共用公共域(CC0 1.0通用)许可下发布的。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。在反应上有全新和更新内容的描述网站．
在Twitter上关注我们:@reactome.有关新和更新的途径，功能更新等频繁更新！
想要查询更多的信息：如果您有问题要问或想向我们提供您的反馈，请联系我们此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。．
从第68版(2019年3月)开始，RESTful API已被弃用，并将被我们的ContentService取代。该内容服务目前可通过我们的网站//www.joaskin.com/ContentService/并专为生物信息管理员，计算机科学家和软件开发人员设计，以访问我们的途径数据。查看有关此API的更多详细信息https://reacontome.org/dev/content-service。
如果您对此公告有任何疑问或疑虑，请发电子邮件此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。．
旨在使我们的生物途径知识更容易获得，我们一直在提供将知识库的完整内容作为PDF书籍的选择。在用户反馈和请求之后，本书现已更新为新重新设计的外观和感觉中包含更多内容。在27卷中组织，每个顶级路径一个，新版本书包括我们的教科书，如常规途径和单反反应图。
在某些情况下，首选选项可能是下载部分Reactome的内容。为此，我们在详细页面、PathwayBrowser和DiagramViewer中包含了这个选项。当从PathwayBrowser下载时，生成的PDF将包括用户预定义的颜色配置文件(图表和分析覆盖)，并将包括可用的分析结果。在所有情况下，生成的文档都是完全可导航的，包括指向以下和之前事件或层次结构中的任何父路径的链接。文献参考包括到PubMed的链接，每个事件在Reactome的网站上都有链接到它的详细页面。
全书可以从我们的下载下载部分。有关按需下载的示例，请访问止血详细信息页面或者它在路径布声的视图．以上可以使用以上方式使用这种方法来自我们的内容服务．
在Reactome的途径是在一个属细胞中策划的，是不可知的组织类型。然而，不同类型的细胞有不同的功能需求，因此其潜在的通路活性也不同。以特定组织的方式研究路径将有助于理解背景下的生物学。
反应现在拥有一个工具这可以基于蛋白质表达对途径分类为不同的组织类型。我们从中覆盖组织特异性蛋白表达数据ExpressionAtlasReactome中经经验验证的路径信息数据库。这有助于从一般细胞到不同组织类型的通路的分类。这项新功能允许用户选择一项实验并分析不同组织中的反应途径。
要尝试，请选择“组织分布”选项卡，选择您兴趣的组织，然后单击“Go”按钮。结果覆盖在途径概述和与其他分析类型类似的路径图中。用户可以通过视口底部显示的小型控制面板循环通过所选组织。
到目前为止，我们已经放置了现有的常规通路图和教科书式的插图在我们的途径详细页面（例如止血那血小板与暴露胶原的粘附），将单一反应作为唯一没有自包含图像的事件类型。为了填充间隙，已经开发了一种自动算法来确定局限性反应。它直接使用我们的数据图表数据库在没有任何人为干预的情况下生成图像。
长话短说，该算法的策略将输入放在左侧，输出放在右侧，催化剂放在顶部，调节器放在底部。每个元素都放置在其相应的隔室中，这些隔室嵌套在基因本体论层次结构．该算法支持正常和疾病*反应，最大限度地减少空间，并避免线交叉显示中不必要的元素。
最后，反应可视化符合系统生物学图形符号（SBGN）．
一些例子：
*疾病的反应可以分为传染性，功能增强或功能丧失。在后一类中，有些参与者必须被划掉。
新的和更新的路径。在V67版本中，具有新的或修改的途径的主题包括基因表达（FOXO介导的转录）， 免疫反应 （ROS，RNS生产在吞噬细胞），神经元系统（激活NMDA受体和突触后事件)、程序性细胞死亡(凋亡factor-mediated响应)及信号转导(GPCR下游信令和rho gtpase激活NADPH氧化酶）.
新插图。现在可以使用嵌入式导航功能的插图内质网到高尔基体顺行运输那神经营养素的表达和处理， 和NTRKs信令．
感谢我们的贡献者。Enrico Bertaggia.那蒂莫西唐纳那Kasper汉森那OliverNüsse.， 和冯毅是我们的外部审稿人。
注释统计。反应组织成12,788个人的反应，组织成2,256个途径，涉及11,066种蛋白质和修饰的蛋白质，编码10,792种不同的人类基因，1,827个小分子和155种药物。这些注释由29,454个文献引用支持。我们将这些反应投影到139,298局的蛋白质上，在18种非人类物种中产生21,374个直际途径。版本67具有1,564个蛋白质变体（突变蛋白质）的注释及其翻译后修饰的形式，衍生自299蛋白。这些已被用于注释506个复合物和组织成467个途径和细菌道的962个疾病特异性反应，并用342个疾病本体论标记。
关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome注释文件和来自Reactome的交互数据是在创作共用公共域(CC0 1.0通用)许可下发布的。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。完整描述新的和更新的内容反应网站．
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想要查询更多的信息。请联系我们此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。．
ReactomeFIViz是一个基于Reactome路径的Cytoscape应用程序，帮助用户执行基于路径和网络的数据分析和可视化。基因集富集分析(Gene Set enrichment analysis, GSEA)是目前最流行的途径分析方法之一，它是传统基于基因列表的途径富集的替代方法。GSEA基于加权kolmogorov - smirnov -样检验对所有基因进行评估，是第二代途径分析的代表性方法。ReactomeFIViz实现了使用Reactome路径对基因评分文件进行GSEA分析的功能。
有关GSEA功能和ReactOmeFiviz应用的更多详细信息，可以找到在这里
自版本57以来我们提供了我们的数据neo4j.图表数据库有助于降低所表示知识库的复杂性，并允许更直接地访问我们的内容。Neo4j的查询语言Cypher允许以更直观的方式编写查询，并将每个查询的平均响应时间减少93%(法布雷加斯等人，2018年）.
图形数据库在其他方面也有好处，如（i）创建复杂的数据质量评估（QA）查询或（ii）需要数据模式分析的支持软件，例如。反应分类．在每个季度释放期间执行QA查询，以确定需要通过反应策展程序校验和校正的实例，确保高质量的内容被传递到最终用户。例如，反应分类器项目使用Cypeher正式化所呈现的概念jupe等。（2014）生成一系列报告，帮助策展人对Reactome中的反应进行分类。
这内容服务组成了一个简单的API，基于Representational State Transfer (REST)协议，提供对Reactome知识库的访问。它包括一组根据功能分组的方法。例如，展开路径组将显示一组方法，这些方法提供关于路径的特定信息，如所包含的Events或参与的PhysicalEntities。
教科书式的插图旨在改进Reactome事件层次结构中更高级别路径的图形表示，例如:信号转导”, “凋亡”或“蛋白质代谢“其路径图由标有子事件名称的绿色方框组成，可选地位于细胞隔室中，并通过箭头连接。这些绿色方框图具有有限的导航功能：单击绿色方框将用户带到该子事件。
有一项综合协议，绿盒图并非如此吸引力，并推迟用户习惯于尖锐的生物过程的教科书质量插图，直观清晰的图标。该项目包括生成可伸缩的矢量图形（SVG）版本的插图，并且通过使这些图像实现诸如诸如物品上的鼠标悬停或选择它们在详细信息面板中的相关内容来交互式的图表模块。
开发这个项目也推动了图标库;一致的图标纲要，从简单的蛋白标签到细胞器，受体和细胞类型的表示。该图书馆现已集成在主要搜索中以及其相关实体的页面中，如蛋白质或化学物质。可以通过他们的姓名，描述，设计者和/或贡献者找到图标。
图标库可自由访问（在a下CC-BY 4.0许可证)，它适用于广泛的用途，从科学报告和出版物中的原理图路径草图到拨款方案插图。由于图书馆是作为一个社区资源而创建的，邀请第三方贡献仍然是开放的。为了达到技术和艺术的一致性，详细的指导方针在//www.joaskin.com/icon-info。要确认社区参与，每个图标都会通过链接到投资组合和/或orcid ID的元数据文件归因于作者。截至2018年9月，图书馆大大发展到1,150个组成部分。
作为国际的一部分开放周，我们想谈谈我们的另一个开放存取网络可视化和分析工具-反应组fiviz应用程序．
为了提高我们对疾病机制的理解，并为患者开发更好的个性化精准治疗，许多生物学和临床研究采用高通量技术生成大规模数据集。通常，这些数据集是基于基因或蛋白质的，为了更好地理解感兴趣的基因或蛋白质之间的关系，研究人员通常需要将它们投射到生物网络环境中，提供整体可视化和分析平台，利用网络模块降低数据的维数。
为了帮助我们想要进行基于网络的分析的用户，我们构建了反应功能相互作用（FI）网络，其占总人蛋白编码基因的60％，并通过从手动策划途径中提取相互作用而产生基于机器学习技术的预测相互作用。我们已经开发了Cytoscape应用程序（或应用），称为“ReactomeFiviz”，它使用该高度可靠的FI网络来支持基于网络的数据可视化和分析。我们应用的用户可以为基因列表构建一个FI子网，执行网络聚类以查找网络模块，注释子网和模块，并对网络模块进行生存分析。此外，该应用还可以使用基因分数文件和基于概率图形模型和布尔网络的途径数学建模进行途径浓缩分析。关于ReactomeFiviz应用程序的更多文档可通过我们提供用户指南和Cytoscape App Store.．
跟进国际开放周，我们想提醒我们的用户，我们所有的工具，包括分析，是开放式访问权限。
通路分析方法在生理和生物医学研究中有着广泛的应用。我们的分析套件目前实现了过度表示分析、表达数据分析和物种比较工具。使用此服务，用户可以提交他们的示例(标识符列表)以获得最重要的路径。结果叠加在我们路径浏览器的不同模块中，可以导出到不同的格式，包括PDF报告．
轻量级客户端集成在我们的途径浏览器．工具套件可通过a提供RESTFUR Web服务因此，所有可用的分析工具都可以轻松集成到第三方软件中。更多的文档可以在我们的开发人员的区域．
这系统生物学图形符号（SBGN）项目是一种规范生物过程地图中使用的图形符号的努力。它旨在更有效地在生命科学的不同研究社区之间更有效地沟通生物学知识。
根据这一承诺，我们最近修改了SBGN出口方法和工具，以提供更准确的路径图表示。用户可以选择通过SBGN导出路径图PathwayBrowser,或者让全人类路径图来自我们的下载部分．
我们的PathwayBrowser现在，具有由Solr提供支持的高级搜索功能，以允许在整个知识库中查找内容。用户界面已得到改进调整到我们最后一个UX测试的结果。图中的搜索查看器窗口小部件使用户能够将其搜索的范围定义为显示的图表的内容或扩展它以覆盖所有允许用户对所有内容进行搜索而无需进行主搜索的路径。
我们的新功能也已启用图表和途径概述因此第三方网络应用程序已经可以利用它，允许用户搜索Reactome内容而不放弃他们所在的页面。
新的搜索功能:
要了解更多信息，请检查搜索Reactome在我们的节用户指南．
新的和更新的路径。在第66版中，具有新的或修订的途径的主题包括疾病(MECP2在Rett综合征中的功能丧失和与Mutyh相关的缺陷基本切除修复)、基因表达(MECP2的转录调节）， 免疫反应 （OAS抗病毒反应)、蛋白质代谢(DNA甲基化蛋白的sumo化那免疫反应蛋白的平等那细胞内受体的平均值那sumo化蛋白的sumo化那转录辅因子的平等， 和泛素蛋白蛋白的平等)及信号转导(促红细胞生成素信号转导）.
感谢我们的贡献者。约翰Christodoulou那Rahul Krishnaraj.那Kathy L McGraw.那马尔科·梅拉斯·里奥斯那Yusaku Nakabeppu.那伊纳里·尼斯卡宁那罗伯特·H西尔弗曼， 和尤尔根·维南德斯是我们的外部审稿人。
新的预展。现在可以使用嵌入式导航功能的插图DNA复制和蛋白质的定位．
注释统计。Reactome由12047个人类反应组织成2244个通路，涉及11049个蛋白质，由10870个不同的人类基因编码，1948个小分子和11823个复合物。新发布的139种药物的功能注释，其中3种是蛋白质和136个小分子。这些注释有28,829篇文献参考。我们已经将这些反应投射到139,072个同源蛋白上，在18个非人类物种中创建了21,283个同源途径。66版对1391个蛋白质变体(突变蛋白)及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来源于293个蛋白质，已被用于注释疾病特异性复合物、反应和途径。
关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。从Creative Commons Public Domain（CC0 1.0 Universal）许可下分发的ReactomeEree的反应辅助文件和交互数据。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。完整描述新的和更新的内容反应网站．
在Twitter上关注我们:@reactome.有关新和更新的途径，功能更新等频繁更新！
想要查询更多的信息。请联系我们此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。．
我们很高兴地宣布我们是新的早期采用者之一谷歌数据集搜索．
在全世界，公共机构、研究项目、地方和国家政府、非营利组织和许多其他机构托管了成千上万个开放获取的数据存储库。这些在线资源提供了各种各样的数据集，这些数据集以不同的格式提供，并支持许多数据标准。谷歌数据集搜索引擎可以轻松访问这些数据集，以便研究人员，科学家，数据记者，数据牧人，或任何人都可以快速找到他们的工作的数据。
在Google DataSet搜索中可以在Google DataSet搜索中查看ReactOme路径数据的一个示例链接．
我们现在提供了一个新的工具，可以将分析结果下载为单个PDF文件。该报告包含了全基因组的概述，最重要途径的统计，对于每个重要途径，它包括相应的图表图像与分析叠加，途径的总结，相关的参考书目和发现的标识符列表。
在通过我们进行路径分析时PathwayBrowser，您可以通过点击Analysis选项卡左下角的“report (PDF)”按钮下载报告。在实现对我们的分析服务通过这种方法．
新的和更新的路径。在V65版本中，具有新的或修改的途径的主题包括免疫系统 （Interleukin-9信号）和信号转导（由Notch4发信号通知和NTRK3（TRKC）的信令）.现在可以使用嵌入式导航功能的插图碳水化合物新陈代谢和同源性定向修复．
感谢我们的贡献者。豪尔赫·阿扎维多那AntonioGómez-Outes那Jan Haavik.那Eun-Kyeong Jo那Paula licona-limon那贾里德赶紧， 和Pantelis Tsoulfas，是我们的外部审稿人．
注释统计。Reactome由11,896个人类反应组织成2,222个通路，涉及10,935个蛋白质，由10,763个不同的人类基因编码，1,880个小分子和11,674个复合物。这些注释有28,436篇文献参考。我们已经将这些反应投射到159,163个同源蛋白上，在18个非人类物种中创建了23,450个同源途径。65版本对1339种蛋白质变体(突变蛋白)及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来自289种蛋白质，用于注释疾病特异性复合物、反应和途径。
关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。来自Reactome的反应作者和交互数据在Creative Commons Publica域（CC0 1.0 Universal）许可下分发，一个Creative Commons归因4.0 International（CC Boy 4.0）许可证将适用于所有软件和代码，数据库数据转储和路径插图（增强的高级图），图标库，艺术和品牌材料。完整描述新的和更新的内容反应网站．
在Twitter上关注我们:@reactome.有关新和更新的途径，功能更新等频繁更新！
想要查询更多的信息。请联系我们此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。．
新的和更新的路径。在V64版本中，具有新的或修改的途径的主题包括信号转换（ESR-mediated信号和通过ntrk2发信号通知)、代谢(专业检测介质的生物合成（SPMS）)、蛋白质代谢(酶蛋白导入）.
感谢我们的贡献者。汉娜唧筒座那豪尔赫·阿扎维多那Kumar Belani.那格里的老板那马修布伦纳那埃罗Castren那亚瑟康珀戴安娜倒下了那Marc Fransen.那Trond汉森那惠志鸿那玛格丽特詹姆斯那pid Jansen-Duerr那Hideo木村那卢卡·马格纳尼那史蒂文·帕特森那Paul Van Veldhoven.那亚历山大·维斯， 和赫尔曼沃斯科尔是我们的外部审稿人。
现在可以使用嵌入式导航功能的插图消化和吸收那DNA双链断裂修复那受体酪氨酸激酶的信号传导那FGFR信号传播那MAPK家族信号级联那MAPK1 / MAPK3信号那tgf - β家族的信号传导那ρGTPase效应物那通过Wnt.的信令那信号的刺猬那死亡受体信号传导， 和第二信使的细胞内信号传导．
注释统计。Reactome包含11754个人类反应，分为2216条途径，涉及11030个蛋白质，由10762个不同的人类基因、1867个小分子和11561个复合物编码。这些注释得到28254个文献参考的支持。我们将这些反应投射到140720个同源蛋白质上，产生21223个同源pat第64版对1339种蛋白质变体（突变蛋白质）及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来源于289种蛋白质，用于注释疾病特异性复合物、反应和途径。
关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。来自Reactome的反应作者和交互数据在Creative Commons Publica域（CC0 1.0 Universal）许可下分发，一个Creative Commons归因4.0 International（CC Boy 4.0）许可证将适用于所有软件和代码，数据库数据转储和路径插图（增强的高级图），图标库，艺术和品牌材料。完整描述新的和更新的内容反应网站．
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新的和更新的路径。在V63版本中，具有新的或修订途径的主题包括免疫系统（白细胞介素-20家族信号传导那白细胞介素-21信号传导那白细胞介素-37信号传导， 和其他白介素信号)、代谢(维生素D（Calciferol）代谢)及信号转导(发信号通知3.）.现在可以使用插图DNA修复那基本切除修复那通过GPCR信号传播那GPCR配体绑定那GPCR下游信令， 和翻译．
感谢我们的贡献者。劳伦斯Bindoff那罗伯塔承运人那Sandip Datta.那塞西莉亚Garlanda那Elzbieta格拉泽那迈克尔·那Tony Kouzarides.那阿尔贝托多亏尤文和， 和比吉特梅尔达尔是我们的外部审稿人。
注释统计。Reactome由11,426个人类反应组织成2,179个通路，涉及10,996个蛋白质，由10,739个不同的人类基因编码，1,764个小分子和11,366个复合物。这些注释有27,694篇文献参考。我们将这些反应投射到138,985种同源蛋白上，在18种非人类物种中创建了20,932条同源途径。63版本对1334种蛋白质变体(突变蛋白质)及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来自287种蛋白质。这些已被用于向406个疾病特异性复合物和906个疾病特异性反应进行注释，组织成453个途径和细菌道，并用294个疾病本体论标记。
关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。来自Reactome的反应作用注释文件和交互数据在Creative Commons Public Domain（CC0 1.0 Universal）许可证下分发。知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将适用于所有软件和代码、数据库数据转储和路径插图(增强高层图表)、图标库、艺术和品牌材料。完整描述新的和更新的内容，.．
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自成立以来，我们一直是一个开放源代码和开放访问资源，在知识共享署名4.0国际(CC by 4.0)许可的条款下免费供任何人使用。本许可授予各方使用、分发和创建基于Reactome的衍生作品的非排他性权利，前提是这些作品正确归属于OICR、NYUMC、EBI和OHSU。
随着在公共领域提供免费开放数据的运动不断发展，以及为了更好地支持我们用户社区的需求，我们正在更新一些web内容和数据的许可协议，以反映知识共享公共领域（CC0）．CC0是Creative Commons Toolkit中的“无版权保留”选项。它有效意味着放弃我们在工作中持有的所有版权和类似权利，并将这些权利致力于公共领域。
一种创作共用公共领域(CC0 1.0通用)许可证将涵盖所有的Reactome注释文件，例如标识符映射、专用数据文件和来自Reactome的交互数据。
一种知识共享署名4.0国际(CC BY 4.0)许可将继续适用于所有软件和代码，例如与功能的功能有关www.joaskin.com，衍生网站和网络服务，策展人工具，功能交互应用程序，SQL和图形数据库数据转储，路径插图(增强的高层图表)，图标库，艺术和品牌材料。
有关如何正确信用数据使用的信息，请查看反应许可证和知识共享常见问题解答，或联系此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。．
一篇新的研究文章，题为Reactome路径知识库已在即将出版的2018年NAR数据库期刊上发表。本文描述了在我们的生产服务器上部署Neo4J图形数据库，开发新的高性能内存中实现我们的超表示数据分析工具，对路径图查看器的改进，以及新的增强高层图(EHLDs)的实现。来自的更多出版物Reactome团队可以被找寻到在这里．
作为我们网站正在进行的进化的一部分，我们很自豪地宣布推出我们的新标志。在过去的14年里，反应已经成长并进化，我们觉得有时间改变。
新标识将信息和分析工具的价值和质量置于前沿，这些信息和分析工具可以在我们精心策划的路径数据库中找到。我们的logo的层次突出了Reactome的自然透明性，而圆形的排版与我们的开放性相匹配。
源自本质上存在的形状，同时给出结构，徽标通过解开围绕生物事件的知识层来唤起发现的想法。
我们更新了我们的标志，以反映我们的今天，并象征着我们充满活力的未来。尽管放心:我们优质的数据和服务，以及我们对您的奉献将一如既往!
有关更多信息，请转至我们的徽标．
我们已经推出了我们的新网站，很高兴向您介绍我们的新面貌!Reactome邀请用户浏览其新网站。新网站的设计旨在提供最终的用户友好体验，通过改进导航和功能。在创建用户体验的同时，新的网页界面采用了最新的技术，所以该网站与当今的浏览器和移动设备兼容。该网站包括广泛的文档，以帮助用户理解Reactome的工具的完整范围浏览路径图那分析实验数据和探索蛋白质 - 蛋白质相互作用网络．对于软件开发人员，我们的技术文档和用例提供我们广泛的web服务的详细概述，以访问我们精心策划的路径数据(内容服务）和分析工具（分析服务）.生物学家和生物信息学家现在可以从更丰富的在线内容中获益，更容易导航和与他人分享，协助路径数据分析和可视化。
新的和更新的路径。在V62版本中，具有新的或修订的途径的主题包括发育生物学（Robo受体信号）， 基因表达 （通过E2F6转录调节和Runx2的转录规则)及免疫系统(白细胞介素-7家族信号传导那白细胞介素-15家族信号传导那Interleukin-35家族信号， 和Interleukin-38家族信号）.现在可以使用插图Aquaporin-mediated运输那细胞衰老那基因表达的表观遗传调控那基因表达那rRNA表达的负表观遗传调控那O2 / CO2在红细胞中交换那肽激素新陈代谢，rRNA表达的阳性表观遗传调控那翻译后的蛋白质修饰那对金属离子的反应那信号转导， 和SLC-mediated跨膜运输．
感谢我们的贡献者。Patricia Ducy是我们的外部作者。Patricia Ducy那Jorg Goronzy.那安娜Herlihy那Alexander Jaworski那Umesh库马尔那哈维尔弗朗西斯科莫拉那Manoj Patidar那Yuliya Pylayeva-Gupta那凯拉什辛格孙仁是我们的外部审稿人。
注释统计。Reactome由11,302个人类反应组成，包括2,176个通路，涉及10,878个蛋白质，由10,712个不同的人类基因编码，1,768个小分子和11,284个复合物。这些注释有27,526篇文献参考。我们将这些反应投射到121709个同源蛋白上，在18个非人类物种中创造了20854条同源途径。第62版注释了1334种蛋白质变体(突变蛋白质)及其翻译后修饰形式，来源于285种蛋白质。这些已被用于向406个疾病特异性复合物和906个疾病特异性反应进行注释，组织成453个途径和细菌道，并用294个疾病本体论标记。
关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome的数据和软件在知识共享署名4.0许可的条款下发布。完整描述新的和更新的内容反应网站．
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作为我们努力提供建模用户社区的努力的一部分，我们已将SBML导出更新为3级版本1，以模块化方式组织。我们的初始出口提供了更丰富的注释语法，我们将来将探索将来支持其他SBML级别3软件包。可以由支持SBML L3V1的任何工具使用SBML数据导出。
SBML Level 3版本1导出可用于此处下载：//www.joaskin.com/download/current/homo_sapiens.3.1.sbml.tgz．
我们还提供了一个Programmatic接口来通过我们的访问这些更新的SBML文件内容服务为所有物种https://reacontome.org/contentservice/# !/exporter/tosbmlusingget.
反应是在安大略省癌症研究所，冷泉港实验室，纽约大学朗涅电子中心，俄勒冈州立大学和欧洲生物信息学院的癌症研究所研究所之间的组合。Reactome的数据和软件在知识共享署名4.0许可的条款下发布。有关新内容和更新内容的完整描述可在Reactome网站上获得。
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Reactome团队发布了来自反应和复合物的蛋白质相互作用文件的新版本。这些文件根据用户的反馈进行了更新，目的是通过PSI-MITAB 2.7数据格式。基于存储在复合体和反应上的数据来计算地生成的交互。反应提供的相互作用不愈合并且不是实验数据。此外，除了人类以外的物种以外的物种中的复合物和反应是由来自相应的人的复合物和反应的正非介绍来源的。制表符分隔的格式化文件也为人类和所有物种提供。
四个新文件是：
有关这些文件的文档可从数据下载页面。
蛋白质 - 蛋白互动文件的前一个版本仍然可用，但将从2017年9月的62版中从服务中删除。我们鼓励用户以编程方式访问这些文件以更新脚本。
关于Reactome项目。反应是在安大略省癌症研究所，冷泉港实验室，纽约大学朗涅电子中心，俄勒冈州立大学和欧洲生物信息学院的癌症研究所研究所之间的组合。Reactome的数据和软件在知识共享署名4.0许可的条款下发布。有关新内容和更新内容的完整描述可在Reactome网站上获得。
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新的和更新的路径。在Verse V61中，具有新的或修改的途径的主题包括：基因表达（Runx1的转录规则)、免疫系统(白细胞介素-12家族信号传导）， 信号转导 （PTEN的监管）和运输小分子（细胞内的氧气运输）.
感谢我们的贡献者。Arkaitz Carchedo.和Leonardo Salmena是我们的外部作者。Sabine的贝利那托尔斯滕Burmester那琳达Shyue Huey Chuang那Ito义明那尼莎Kriplani那尼克莱斯利， 和埃斯特·范德沃斯是我们的外部审查员。
注释统计。反应组织成组织成11,042个人的反应，涉及10,940种不同人类基因，1,763个小分子和11,041个配合物编码的10,940蛋白。这些注释由26,859个文献引用支持。我们将这些反应投影到120,804替代蛋白质上，以18种非人类物种产生20,780个局部途径。版本61具有1,334个蛋白质变体（突变蛋白）的注释及其翻译后修饰的形式，来自285个蛋白质。这些已被用于向406个疾病特异性复合物和906个疾病特异性反应进行注释，组织成453个途径和细菌道，并用294个疾病本体论标记。
关于反应项目．Reactome是安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、纽约大学朗格尼医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome的数据和软件在知识共享署名4.0许可的条款下发布。完整描述新的和更新的内容反应网站．
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新的和更新的路径。在V60版本中，新的或修改过的途径的主题包括:细胞周期(Cyclin D相关事件在G1中），细胞间通信（SDK交互）)，细胞对外界刺激的反应(甾体激素受体(SHR)的HSP90伴侣周期)、疾病(不匹配修复的疾病)、基因表达(TP53调节参与G1细胞周期骤停的基因的转录和CBFB的转录调节：Runx3复合物)、免疫系统(Butyrophilins和补体级联调节)、代谢(IP2，IP和INS中的合成细胞溶胶那核内体膜早期pip的合成那内质网膜上pip的合成那在晚期内膜上的袋合成， 和血浆膜的合成袋)、蛋白质代谢(CREB3因子激活基因那Neddylation那蛋白质泛素化， 和染色质组织蛋白的平等), Mitophagy (受体介导的乳化物），神经元系统（受体蛋白酪氨酸磷酸酶相互作用），细胞器生物发生和维护（嵴形成）和运输小分子（线粒体钙离子运输）.
感谢我们的贡献者。徐粹杨和剑路是我们的外部作者。Joseph Ainscough.那Sanjeevani Arora那豪尔赫e azevedo，Jeehyeon Bae.那卢西亚·班奇那乔塔姆·巴夫那大卫兰布朗那罗伯塔大疱那Alexandre M Carmo.那琳达Shyue Huey Chuang那Karlene A CIMPRICH.那Laura Crisponi.那阿兰·德熊， Luisa Di Stefano，Ilaria Drago.那pablo c echeverria.那杜锋那emer s ferro.那Dianne福特那Frances V Fuler-Pace那CEM GABAY.那Dominique Gagliardi.那海吉斯那J韦德哈珀那巴里·纪根那Ito义明，Veerle Janssens那Nathalie Josso.那Jaewon Ko那Vera Kozjak-Pavlovic那阿纳斯塔西娅Kralli那保罗J Lehner.那多米尼克•Leprince那布鲁斯d征税那魏丽那Francisco lozano那剑路那Michael J Matunis，比吉特梅尔达尔那violaine moreau.那Kyungjae Myung那Joseph H Neale.那基督教Obinger，r jeren pasterkamp那理查德·菲普斯那迪迪埃·皮卡德那Elah挑选那大卫罗得岛那码头e P收到马克·G·拉什，约书亚R Sanes——那MartinSchröder.那皮埃那迪克·J·H·范登·布曼那托马斯·范·戴克那罗伯托·瓦卡尔那Nobutaka Wakamiya.那王庆禄，Bart Westendorp.，桑德拉e wiley那米里亚姆维那Guilherme Xavier.那徐粹杨那阿里一个Zarrin， 和兵朱是我们的外部审稿人。
注释统计。Reactome由10754个人类反应组成，形成2132个通路，涉及10907个蛋白质，由10658个不同的人类基因编码，1763个小分子和10748个复合物。这些注释有26,384篇文献参考。我们将这些反应投射到115,881个同源蛋白上，在18个非人类物种中创建了20,701条同源途径。第60版对1503个蛋白质变体(突变蛋白质)及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来自285个蛋白质。这些已被用于向406个疾病特异性复合物和906个疾病特异性反应进行注释，组织成453个途径和细菌道，并用294个疾病本体论标记。
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新的和更新的路径。在V59版本中，新的或修订路径的主题包括:疾病(单核增生李斯特菌进入宿主细胞)，止血(血管壁的细胞表面相互作用)、免疫系统(Butyrophilins那白细胞介素10信令， 和白细胞介素4和13信号)、代谢(尼古拉灭绝的新陈代谢那核膜上pip的合成那维生素B5（泛酸）代谢， 和芳基烃受体信号传导)、蛋白质代谢(E3泛素连接酶泛素化靶蛋白那肽 - 配体结合受体那蛋白甲基化那RAB geranylgeranylation）， 信号转导 （A/1类(视紫红质样受体)）和囊泡介导的运输（TBC RABGAPs）.
感谢我们的贡献者。我们的外部审稿人是豪尔赫·阿扎维多那Ester Boix.那陆邓那朋友Falnes那Vardan Karamyan那塞缪尔莱比维奇那Weei-chin lin那Charuta Palsuledesai.那Joel Pomerantz.那沃尔特·瑞斯那Sylvie Ricard-Blum那克里斯汀·施沃克那布鲁斯斯皮格尔曼， 和小臣玉．
注释统计。Reactome由10391个人类反应组成，这些反应被组织成2080个通路，涉及10624个蛋白质，由10381个不同的人类基因编码，以及1735个小分子。这些注释有25449篇文献参考。我们已经将这些反应投射到115,881个同源蛋白上，在18个非人类物种中创造了20,164个同源途径。第59版对1496种蛋白质变体(突变蛋白质)及其翻译后修饰形式进行了注释，这些变体来自285种蛋白质。这些已经被用于注释506个疾病特异性复合物和897个疾病特异性反应，这些反应被组织成447个通路和子通路，并被294个疾病本体论术语标记。
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Reactome团队很高兴地宣布，他们在2016年10月实现了一个重大里程碑，注释并发布了第10000个人类蛋白。Reactome (www.www.joaskin.com.)是一个开放获取的策划知识库，它将人类基因、蛋白质和其他生物分子与它们参与的生物途径和过程联系起来。它是生物医学研究社区的关键资源，并被世界各地的研究人员广泛使用来解释遗传学、基因组学和蛋白质组学的高通量实验。考虑到人类基因组总共包含大约2万个蛋白质编码基因，第1万个蛋白质的注释意味着Reactome现在涵盖了基因组蛋白质编码部分的一半。这使得Reactome成为科学界可获得的最全面的开放获取途径知识库。
通过将基因和蛋白质相关到正常和异常的生物途径，反应允许研究人员识别大数据集中的模式。例如，研究人员可以使用反应来减少鉴定成千上万基因的实验，其活动在疾病中改变到可管理的关键生物途径的可管理数量。然后，研究人员可以将反应组合在其他数据库中，以找到可能扭转途径改变的药物和蛋白质目标，或者在早期阶段设计诊断疾病的方法。通过其网站，在线工具和专业的可视化和分析应用，反应已被纳入400多个第三方基因组分析工具，并在科学文献中引用了4000多次。
自2004年以来，反应已经持续运行，是美国加拿大安大略省癌症研究所的国际合作，美国纽约大学医学院以及英国的欧洲生物信息学院。它由专家生物策展人，生物信息管理员和计算机科学家员工。其大部分内容由社区作者和同行评审员提供，他们由策展人员提供协助。在创意公共开放访问许可证下，所有Celers都可以免费提供反应内容，包括路径数据和软件基础设施。来自美国国家卫生院，安大略研究基金，多伦多大学，多伦多大学，联络人，加拿大和欧洲分子生物学实验室的补助金。
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新的和更新的路径。在V58版本中，Reactome有超过10,000种人类蛋白质的注释。新的或修订的途径包括:细胞周期(FBXL7在有丝分裂进入和有丝分裂早期下调AURKA)、发育生物学(角质化)、疾病(致癌MAPK信号和Derigulated CDK5触发阿尔茨海默病模型中的多个神经变性途径）， 基因表达 （PI5P调节TP53乙酰化那AP-2（TFAP2）转录因子的转录调节）， 免疫系统 （嗜中性粒细胞脱颗粒和抗微生物肽)、蛋白质代谢(活性泛素的合成：E1和E2酶的作用）， 信号转导 （信号被满足和erbb2信令的下调）和囊泡介导的运输（RAB gef用GTP交换RABs上的GDP）.
路径图可供选择CDK5失调在阿尔茨海默病中引发多条神经退行性通路．
感谢我们的贡献者。外部作者是国王的故事．艾米莉Ayoub.那豪尔赫·阿扎维多那Walter Birchmeier那Miroslav Blumenberg.那玛丽亚Bogachek那Nullin Divecha那罗马dziarski.那罗伊补助金那大卫·海恩那Niels Heegard.那juustaaf heynen.那凯瑟琳Lindon那安德里亚马拉特那罗伯特斯蒂芬斯那Michel Tremblay.， 和罗纳德伟业是我们的外部审稿人。
Reactome由10168个人类反应组成，形成2069个通路，涉及10461个蛋白质，由10221个不同的人类基因编码，以及1710个小分子。这些注释有24,974篇文献参考。我们已经将这些反应投射到110,710个同源蛋白上，在18个非人类物种中创造了19,991个同源途径。
Reactome是安大略癌症研究所、纽约大学医学中心和欧洲生物信息学研究所之间的合作项目。Reactome的数据和软件在知识共享署名4.0许可的条款下发布。完整描述新的和更新的内容反应网站．
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在V557中，具有新的或修改的途径的主题包括：发展生物学（RET信号传导)、疾病(通过FGFR在疾病中的信号传导和有缺陷的CFTR导致囊性纤维化）， 基因表达 （线粒体中的RRNA改性和AP-2（TFAP2）转录因子的转录调节）， 免疫系统 （ER-Phagosome通路那白介素- 7信号那内源性TLR配体的调节， 和TCR信令)、代谢(脂质消化、动员和运输和NTPDase蛋白水解磷酸键）.蛋白质的代谢（脱硫酸化），神经元系统（Neurexins和神经源素在突触中的相互作用和SACAPSE的SALM蛋白质相互作用）.信号转导 （表皮生长因子受体downregulation那FGFR1的信号传导， 和FGFR1信号调制FGFR1信令），小分子的跨膜运输（ABC-Family蛋白介导的运输）和囊泡介导的运输（Clathrin-mediated内吞作用）.
外部作者是阿尔巴·桑切斯．Costin Antonescu.那约翰Bergeron那丹尼尔Bogenhagen那Nunzio Bottini.那广 - 超陈那Igor Dawid那Regina Fluhrer.那Noriko Gotoh.那弗朗西斯卡Granucci那理查德·格罗斯那Paul Heppenstall.那经胡那Jan Huertas.那嵚罗那马来乐队那比吉特梅尔达尔那丹尼尔莫拉莱斯那Tatsunori西村那罗纳德·彼得罗基那盖尔Seabold那阳光明媚的沙玛那斯蒂芬妮斯坦福那杰恩·萨克伊那菲利普洗碗营那伊万Zanoni.， 和瓦Zarelli是我们的外部审稿人．
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