本节将指导您完成创建自己的图形元素并将其包含到Reactome库中的过程,并成为这个不断增长的社区的一部分。

由于反应是一个自由和开源项目,因此反应图书馆是在创造性的公共许可证下。因此,如果您的库中包含在我们的图书馆中,他们将遵循相同的政策。随时使用允许您创建的任何工具或应用程序矢量图形并且,请确保您将要创建的文件中实现了以下规范。

通用指南

  • 保持简单的思想。此图标库的主要目标是为用户提供易于阅读的图形组件,简单符合此事的关键。
  • 一致性对于反应和图标库很重要。在提交提案之前,请阅读我们为我们使用的不同类型组件设置的指南。
  • 每个图标应该只代表一个元素。收到反馈后,我们在绑定其他受体时向受体打开此规则,以方便用户使用。
  • 每个元素都应该放入单独的文件中,200经过200 px在尺寸上,带有RGB颜色模式白色背景
  • 仅使用arial bold 12pt..应根据文本的位置选择文本颜色。如果文本是里面一个有颜色的形状,它的颜色应该是白色,而如果文本为外部彩色的形状,它的颜色应该是黑色的
  • 所有文本应为较高的除了描述希腊人字符(如alpha、beta、gamma等)。在这种情况下,应使用小写字母.需要注意的是,必须避免使用希腊文或其他Unicode字符,因为它们目前不受支持。
  • 元素应仅包含矢量图形。请确保其中未包含任何位图图像。包含光栅图像通常会导致文件较大,从而对软件性能产生负面影响。
  • 你可以将你的新元素放入反应组库的七个类别中的任何一个;细胞元素、细胞类型、化合物、人体组织、离子通道、蛋白质和受体。

细胞成分

保持简单性是我们的目标之一,因此我们建议使用简单的数字,例如圆形,正方形和三角形作为底座。对于着色,我们建议使用色调原色(红色、蓝色和黄色)和次要颜色(紫色、绿色和橙色)。

矢量图形应用程序允许您使用渐变工具为同一形状混合两种或两种以上颜色。我们建议您使用这些工具,以便创建更具吸引力的图形。请参见下面的图片:

梯度的例子

(a)不使用梯度,线粒体元素看起来很平原

(b) 通过正确使用渐变,元素看起来更像3D,

导致更具吸引力和俏皮的形象。

细胞类型

为了确保统一感和一致的外观和感觉,我们建议采用相同的原则:简单的形状和颜色。

为了表示不同类型的细胞,请记住,我们没有使用比例来描绘细胞质内的不同细胞器和成分。此外,为了保持简洁,尽量避免在整体设计中添加过多的细节。下表列举了3个例子:

微生物

这个微生物元素由两种颜色的径向渐变的圆组成。为了表示膜,我们添加了一个不同梯度的轮廓。为了传达危险的概念,我们使用这些方块作为尖刺,并在其渐变中使用红色阴影。

巨噬细胞

我们绘制了这一点巨噬细胞具有摇摇欲坠的触手的元素,我们使用了一个不统一的轮廓(膜),使其成为一种柔软而灵活的感觉。

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为了这病原体元素我们使用了一个大的光梯度来代表闪亮和硬胶囊。

为了显示它的死亡,我们在它的表面上画了一些洞,并用一种黑暗的、悲伤的颜色来玩弄它。

化合物

在更具体的准则之后,化合物由非常几何元素表示。

简单的化学元素或化合物通常在图书馆中描绘,其化学元素符号(例如Ca用于钙)或使用的化合物(例如IFN-Gamma)的名称arial bold 12pt.在里面白色颜色

简单的化学元素由一个表示八边形28px.高度和两个纯色,一个用于填充和中风的不同之一(2吨).如果化合物的文本太长,无法放入八角形中,我们建议拉伸形状,直到其符合名称,并考虑其侧边,如下所示:

水

简单化学元素的一个例子。

复杂的化合物可以用各种各样的形状来表示,它们总是很简单,很容易区分。

atp.

我们可以使用或没有概要使用圆圈。

阿尔法托

我们可以使用六边形,以与简单的化合物相同,只是在他们的中风上增加梯度。

人类组织

人体组织元素在我们的图表中主要用作背景,表示这些器官的方式取决于插图画家的技能和品味。为了确保Reactome Library中的统一性,我们建议将这些插图尽可能简单,并将其视为玩具;因此,它们通过类似塑料的图案传达出一种美好、柔软的感觉友好、平易近人的外表。

肝脏

血管

人体组织元素的示例;肝脏和血管。

离子通道

这些表示非常简化,因此,元件被设计成看起来像通过膜交叉的小漏斗,允许元件从电池内部移动到外部,反之亦然。有数百种不同的离子渠道,我们建议将它们与各种组合的颜色进行区分。

钙通道

质子通道

例如离子通道。

蛋白质

有数万种不同的蛋白质,其中一些具有特定形状。反应库中的蛋白质遵循标准表示作为圆角矩形形状。结果,我们建议使用圆角矩形工具绘制形状10px.角和角的半径20px.单行文本的高度,或30px双线。行程应该是3pt我们建议选择不规则的概况(在Adobe Illustrator中,使用默认值宽度剖面2).对于蛋白质的名称,我们建议遵循与之前相同的指南,白色大写arial bold 12pt

根据Reactome Library的一般说明,该形状将包含蛋白质的简化名称。它应该用两种颜色的简单渐变填充。其中一种颜色的渐变也应该被用作笔触颜色。

可编程逻辑控制器beta1

纤溶酶原

粉末矩形表示中的蛋白质元素的实例。

如果蛋白质具有特定形状,我们建议保持标准表示,只要它不会太复杂。否则,我们建议选择更简化的版本。

雨衣

抗体

在其标准表示中表示的蛋白质元素的实例。

受体

像蛋白质一样,也有大量的受体。如果有一个标准的,但相当复杂的方式来表示它们,我们建议采用一个更简化的版本。如果这太困难,我们建议找到一个更简单的表示。

FCgammaR

CD40-CD40L.

受体元素的实例

元数据

鼓励您陪伴您的元素,其中更多信息,包括简短的描述和额外的设计师和策展人的详细信息。在将元素列入反应库后,所有元数据信息都将通过我们的登陆页面上市。

为此,您需要使用您喜欢的文本编辑器创建其他元数据文件。该文件应具有以下结构:

<元数据> <类别> <类别>{类别}  {Orcid}“role=”策展人“>{curator_name} {designer_url}“>{DESIGNER_NAME} {图标名称}{描述} <引用>  {Reference_Name} {REFERENCE_ID}{同义词}

请按照以下步骤操作:

  1. 使用您喜爱的文本编辑器(文本编辑、记事本等)创建新文件。
  2. 将上面的文本复制并粘贴到您的文件中。
  3. 编辑文件并执行以下操作:
    1. 在{CATEGORY}中填入一个或多个建议的类别:cell_元素、cell_类型、化合物、人类_组织、蛋白质、受体或转运体。我们接受一个或多个不同的类别,因为我们认为它们只是帮助用户找到所需元素的指南。
    2. 为管理员和设计器角色填充{ORCID}和/或{URL}。这是如何找到orcid.如果提供了URL和ORCID,则该人将指向URL的链接。
    3. 分别填写{CURATOR_NAME}和{DESIGNER_NAME}作为馆长和设计师姓名。如果名称相同,请用相同的信息填写。
    4. 用任何相关的信息填充{DESCRIPTION}来描述组件。请简短。
    5. 在{REFERENCE_NAME}中填写您用于查找此组件的资源的名称(例如:CHEBI、UNIPROT、GO…)。如果找不到合适的引用,请删除此行。
    6. 填充{Reference_ID},它显示在资源的URL中(例如:Chebi:1234,Q1234,Go:1234 ......)。如果没有找到合适的参考,请删除此行。
    7. 将{SYNONYM}填入组件可能已知的任何同义词或替代名称。如果找不到合适的同义词,请删除此行。
  4. 使用与元素相同的名称保存文件,但确保使用.xml作为其扩展名。例如,如果图形元素以名称“element.svg”存储,则元数据文件应命名为“element.xml”。
  5. 确保将元数据文件与图形文件一起提交。

导出设置

目前,Reactome库中的每个元素都有3种不同的格式:SVG、EMF和PNG。因此,我们恳请您将您的作品导出为这些格式,并将其包含在您的提交中。

对于我们建议使用300 DPI和透明背景的PNG文件。

如何提交你的作品

要在反应库中包含您的图形元素,您需要联系我们的服务台(此电子邮件地址受到垃圾邮件的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。).然后,我们将审查您提交的文件,根据结果,我们将把它们纳入我们的图书馆。