图形数据库

Reactome图形数据库将Reactome知识库建模为一个相互连接的图形数据库。

更多信息

在细胞层面上，生命是分子反应的网络。在Reactome中，这些过程在分子细节中被系统地描述，以产生一个有序的分子变换网络(Fabregat et al. 2015)．这相当于数以百万计相互关联的项自然形成了一个图生物的知识。Reactome Graph为数据检索以及路径知识的解释和分析提供了一种直观的方式。

在使用关系数据库时，检索，特别是分析这样复杂的数据变得非常繁琐。路径知识库中的查询由许多昂贵的连接操作组成，导致性能低下和难于维护的项目。由于基于模式的方法，关系数据库在信息存储方式上受到限制，因此难以适应新的需求。为了克服这些问题，我们导入了Reactome数据库Neo4j，创建了一个巨大的相互连接的图表。图数据库技术是建立高连接数据模型的有效工具。

以这种形式存储Reactome数据有很多好处。不需要去规范化，数据就可以以自然形式存储。可以快速遍历起点附近的节点，使用户不仅可以检索数据，还可以对这些邻近网络进行快速分析。因此，以前由于关系数据存储的限制而不可用的知识现在可以检索了。

为了方便地访问和受益于图形数据库，我们开发了GraphCore;一个用Java实现的开源库。这个项目使用春天数据Neo4j，它提供了一个基于Neo4j的自动对象图映射，并与整个项目中使用的spring框架的其他部分紧密集成。

开始

下载

要在您的个人电脑上运行我们的图形数据库，请选择适合您需要的安装选项。我们的团队建议Neo4j桌面但我们无法与开发者以及他们对终端主机的喜爱相抗衡。

1.Neo4j桌面

如果您想使用Neo4j Desktop，我们已经为它创建了一个专用页面。请参阅说明在这里

2.Neo4j Community手动安装

我们的图形数据库在我们下载数据部分．您可以通过以下步骤在本地环境中使用它:

  1. 下载并安装Neo4j．
    1. 我们强烈建议下载并安装Neo4j 3.5.X版本由于版本兼容性问题。
    2. 解压缩Neo4j tar/zip文件。
  2. 下载图形数据库查看最新的数据发布。
  3. 为Mac/Linux用户安装图形数据库。
    1. 下载后提取reactome.graph.db。
    2. 将graph.db文件夹移动到/path/到/neo4j/data/databases/
      1. 如果graph.db已经存在，请删除它或重命名它。
    3. 将文件夹重命名为graph.db。
    4. 启动“Neo4j ./path/to/ Neo4j /bin/ Neo4j Start”
  4. 为Windows用户安装图形数据库
    1. 请参阅说明在这里．
  5. 如果遵循了标准过程，那么应该可以通过您的Neo4j浏览器访问图形数据库本地主机．更多说明请参见Neo4j操作教程，特别是各部分”文件位置”和“恢复备份”。

希望使用Neo4j 4.x。x ?

如果您在安装Neo4j 3.5时有困难。X并持久使用Neo4j 4.x。，您可能会遇到不可用数据库错误。无法启动Neo4j，因为数据库文件需要升级，且配置中禁用了升级。请设置的dbms。在neo4j.conf中Allow_upgrade ' to 'true'，然后重试。

码头工人

如果你使用docker很舒服，你就可以构建一个码头工人形象它包含Neo4j和一个Reactome图形数据库。

故障排除

无法在Mac/Linux下访问graph.db
DatabaseUnavailable:

数据库“graph.db”不可用，其状态为“脱机”。

无法访问图形数据库可能有几个原因。一些你可以检查的领域包括:

  1. 确保可以访问Neo4j安装文件夹下的“graph.db”文件夹。它应该位于“/path/to/neo4j/data/databases/graph.db”。
  2. 使用“chown -R neo4j:adm /path/to/neo4j”命令，确保用户和组属主递归设置为“neo4j:adm”。
  3. 根据您使用Neo4j的方式，可能需要使用“cipher -shell”启动数据库，或者需要更改配置值以允许访问数据库。

如果您仍有任何问题，请发送电子邮件到此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。提供以下信息以帮助调试问题:

  1. 您正在使用的Neo4j版本
  2. 你使用的工作环境怎么样，麦克?Linux ?窗户吗?
  3. 您用来运行和访问Neo4j的软件
    1. 安装到系统中的Neo4j Docker映像与Neo4j社区版本
    2. Neo4j Desktop vs. Web Browser vs. cipher - shell
  4. 如果是本地安装，则为Neo4j的安装路径

太棒了!现在，在Neo4j的实例中，您已经拥有了自己的当前版本的Reactome数据内容，因此，让我们看看如何通过直接查询图形数据库或使用GraphCore java库来利用它。

直接查询到Reactome图形数据库

Neo4j浏览器提供了一个很好的界面，可以向图形数据库提交您自己的查询。我们建议在与Reactome Graph数据库的第一次交互中使用这个平台，以了解使用Reactome Graph的简单程度密码查询语言．

请参阅我们的提取途径参与分子教程介绍如何使用Cypher查询Reactome图形数据库。

API

Reactome GraphCore Java库的API在我们的GitHub存储库。

资源

教程:使用Graph数据库提取参与分子．

要了解更多关于我们的图形数据库，请参阅我们的相关出版物Reactome图形数据库:高效获取复杂路径数据．

©2021Reactome

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