“详细信息”面板是路径浏览器的右下面板。当在路径图或层次结构中选择时,它显示分子对象或事件的详细信息。显示的细节取决于所选分子或事件的类型。使用中间布局按钮可以显示/隐藏详细信息面板。

详细信息面板有几个选项卡:

“说明”选项卡

此选项卡包含所选图表对象的定义详细信息。这些细节因图中选择的内容而异。例如,反应细节总是描述输入和输出分子,以及相关的酶催化剂。“说明”选项卡中的其他项目五月包括:

总结——分子事件的总结,通常包括背景信息和其他文献引用

前/后事件-链接到在此反应之前/之后的反应。

细胞室-识别反应的细胞室,以及相关的基因本体(GO)术语。

从另一个物种推断- Reactome代表人类生物学。只要可能,关键参考文献都包含使用人体试剂获得的实验数据。如果唯一可用的数据来自模型生物,则可以从该数据推断出人类事件,前提是作者、管理员和评审员同意这一推断是有效的。在层次和细节面板中,推断事件被标记为“从另一个物种推断”的图标,在那里有一个链接到事件的分子细节,因为它发生在模型生物和支持的文献参考。这里可以找到推理过程的描述。

这个下拉列表表示可用于计算预测路径的物种,从Reactome的人类路径推断。参考文献-在Reactome的所有事件包括链接到包含实验数据的原始研究出版物,该事件已被证明存在的证据。

作者-一位专家生物学家,他提供的材料允许构建反应/路径。所有的反应途径都是由一位生物学家撰写的。

审查–所有反应途径均由专家生物学家进行同行审查,专家生物学家验证作者提供的内容。

细节被组织成小组。通过单击图标或详图名称,可以展开右侧有加号图标的面板,以显示更多详细级别。

详细信息输出

单击加号图标可显示更多详细信息:

进一步详情

代表分子的面板在左侧有一个代表分子亚型的图标,例如,蛋白质图标是一个绿色圆圈。将鼠标悬停在图标上以查看子类型的说明。图标是一个选择按钮;点击图标将当前细节替换为特定于所选分子的新细节面板,该面板在路径图上突出显示。

分子标签

这个选项卡详细描述了上面面板中所显示的路径中涉及的所有分子。当路径名称在层次结构中高亮显示时,该路径中的分子总数将显示在“分子”选项卡上的气泡中。

分子分为蛋白质、化合物、序列(DNA/RNA)和其他亚型。

如果在图表中选择了一个项目,则在“详细信息”面板中突出显示相应的分子,“分子”选项卡旁边的气泡将枚举该项目中表示的总路径分子的分数。

分子

路径名称和物种按钮右侧的下载按钮允许以多种格式下载分子的详细信息。单击按钮选择要包含在输出文件中的字段以及文件格式。单击下载保存文件。

“结构”选项卡

此选项卡中显示的内容取决于路径图中选择的对象或事件的类型。对于反应,它将显示等价的反应图土卫五数据库如果可用:

2017年7月24日下午3时40分png屏幕截图

面板的左上方有一个链接到Rhea数据库的详细信息。

分子结构与分子结构有关ChEBI数据库:

2017年7月24日下午3时41分png屏幕截图

对于表示集合或复合物的蛋白质或通路对象,相应的结构信息来自PDBe如果可用,则代表:

对于简单分子,structure选项卡表示来自ChEBI数据库的信息:

“表达式”选项卡

此选项卡表示从中获取的表达式信息表达图谱.请注意,目前,仅显示或可从Expression Atlas小部件下载路径中前50个基因的信息。

表达图谱

“分析”选项卡

此选项卡显示分析结果–有关详细信息,请参阅Reactome工具一节

下载选项卡

Downloads(下载)选项卡包含一些按钮,用于以几种人类可读或计算可重用的格式开始下载当前显示的路径。

下载

开始:

练习:

  1. 找到“激活的I型受体直接磷酸化SMAD2/3”的反应。它属于什么路径?
  2. 这种反应发生在哪个细胞室?
  3. 与催化剂相关的GO分子功能是什么?
  4. 这个反应的实验验证有哪些参考?
  5. 这种反应会发生在犬类身上吗?在秀丽隐杆线虫?
  6. 这种情况有可能发生在肝脏吗?
  7. TGF-β1是否有3D结构?

更多信息:

途径描述选项卡:

路径的“说明”选项卡包括:

  • 路径名
  • 物种
  • 稳定的标识符
  • 路径求和
  • 一个下拉菜单,用于在适当的情况下选择通过计算预测其路径为保守的物种。这里可以找到推理过程的描述。
  • 适当情况下,路径的GO生物过程术语。展开该面板可提供一个要转到的链接。
  • 文献参考

反应描述选项卡:

描述选项卡的反应包括:

  • 反应名称
  • 一个稳定的标识符
  • 路径求和
  • 适当时链接到外部标识符。例如,描述绑定事件的反应可能链接到证实交互的完整记录。
  • 输入/输出:标识此反应的输入/输出分子、集合或配合物。这些命名项目右侧的图标链接到Reactome中的更多信息。
  • 催化剂(相关时):催化反应的蛋白质或复合物。基因本体论分子功能术语,表示反应中的催化剂或转运体的活性将被列出。如果催化剂是一种复合物,使反应发生的成分将被识别为“活性单元”。
  • 前一个事件:在事件被查看之前发生的事件列表。
  • 以下事件:正在查看的事件之后立即发生的事件列表。
  • 细胞室:
  • 从另一个物种推断(相关时):这表明该事件尚未在人类身上得到实验证明,而是根据从另一个物种获得的数据推断的。
    • 点击本面板中反应名称右侧的“+”按钮,显示其他物种支持反应的总和和文献参考;
    • 单击此面板中反应名称左侧的反应图标,用户将切换到已推断出人类反应的物种的相应路径。请注意,非人类物种中的手动策划事件目前并未显示在该途径中;相反,显示了计算推断的反应。这将在以后的更新中解决。通过点击浏览器的后退按钮或在Reactome网站顶部面板的物种选择器中重新选择“智人”,可以恢复路径的人类表示。
  • 计算推断:链接到其他物种的事件描述,这些事件要么在两个物种中以非常相似的方式发生,要么已经通过电子推断。
  • 正向(或反向)调节:调节反应的蛋白质或复合物。
  • 包含验证反应的实验数据的参考文献,如适用,链接到PubMed。
  • 作者:在Reactome中产生这种反应的材料的专家生物学家。
  • 评审员:验证该途径内容的专家生物学家。

物理实体描述选项卡:

路径图中表示的任何蛋白质、小分子、复合物或集合的详细信息可以通过选择图中的对象显示在详细信息面板中。单击与“详细信息”面板选项卡中不同显示字段相关联的“+”或“-”图标,将显示或隐藏有关蛋白质、小分子、复合物和集合的更多信息。

根据选择的物理实体,“说明”选项卡可能显示以下信息:

  • 链接到其他数据库中的相应条目:在外部参考数据库中交叉引用用于该分子的标识符,并带有记录的超链接。
  • 细胞室:包含该分子的细胞室,与相应的GO术语有超链接。
  • 计算推断的直系同源物:列出其他物种中的等效分子(如果已推断存在)。这里可以找到推理过程的描述。
  • 组件:如果在关系图中选择了一个综合体,那么它的组件将在这里列出。
  • 产生者:如果在图中选择了一个复杂对象,详细信息面板中的这个选项卡将列出在Reactome中产生该复杂对象的所有反应作为输出。点击“+”显示这些反应的总结和文献参考。
  • 由事件消耗:如果在图中选择了一个复杂对象,详细信息面板中的这个选项卡将列出Reactome中使用它作为输入的所有反应。点击“+”显示这些反应的总结和文献参考。

下载选项卡:

下载选项卡为用户提供选项,以便为所选路径下载不同类型的文件。这些文件包括:

  • SBML:系统生物学家用于模型的交换格式。
  • SBGN:用来表示路径图和网络图的交换格式。
  • BioPAX2:系统生物学家用于模型的交换格式。
  • BioPAX3:系统生物学家用于其模型的交换格式。
  • PDF:路径的文本转储,组织起来像一份研究报告。
  • Word:与Microsoft和其他文字处理软件兼容的文档格式。
  • Protege:用于本体交换的格式。

SBML,SBGN生物斧是生物信息学家感兴趣的交换格式。PDF都是熟悉的文档格式,为您提供了方便的路径“文档”。门卫是一个可扩展的、独立于平台的环境,用于创建和编辑本体和知识库,希望扩展Reactome功能的用户可能会对本下载感兴趣。

PDF或RTF格式的完整Reactome生物过程教科书、Reactome中的完整人类反应集(SBML或BioPAX level 2或3格式)以及人类蛋白质-蛋白质相互作用对列表可从下载页面下载,链接到Reactome主页上的菜单栏。

要了解Reactome如何生成SBML,请参见用在Reactome.

有关SBML的一般信息,点击这里. 有关BioPAX的更多信息点击这里.

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