Reactome提供开源公开数据.我们一直支持主要的开放数据标准,包括BioPAXPSI-MITABSBGN导出格式。Reactome的数据和源代码在知识共享许可协议的条款下继续向公众开放。请参阅我们的许可协议

图形数据库

有关Reactome图形数据库安装的更多信息,请参阅开始部分的图形数据库文档的开发人员指南

服务和GitHub存储库

  • 内容服务:我们的内容服务提供外部用户直接访问Reactome中的路径数据。
  • 分析服务: Reactome途径分析工具也可集成到第三方网站。
  • GitHub库

标识符映射文件

映射文件将源数据库标识符连接到最低层次路径图或路径子集、路径层次结构的所有级别或数据库标识符到所有反应。阅读更多 的格式。

Physical Entity (PE)标识符映射文件

映射文件将源数据库标识符链接到最低级别的路径图或路径的子集。阅读更多 的格式。

其他映射

通路

  • 路径图和插图
    • 人类路径图和插图:SVGPNG

图标

图标映射文件将源数据库标识符链接到图标库的元素。这个文件夹包含许多不同的映射文件,以反映不同的源数据库。阅读更多 的格式。

复合物

Reactome外部标识符

来自Reactome途径的蛋白质-蛋白质相互作用

推断出复合物中所有蛋白质成分之间的相互作用。为了限制假阳性推论的产生,只考虑含有四种或更少蛋白质成分的复合物。更多的信息

专门的数据格式

功能相互作用(FIs)来源于Reactome等途径和相互作用数据库

有关金融机构的详情,请参阅吴光国,冯旭,施泰因.使用这些FI网络,请尝试我们的ReactomeFIViz Cytoscape应用

MySQL转储的Reactome数据库

内容管理软件

策展人工具是为了供策展人使用,以Reactome模式为基础注释生物路径。请注意,此工具只适用于使用我们内部数据库格式的数据库;这个网页提供的数据库将不能与他们一起工作。

我们的生物途径和过程的教科书

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