探索我们的工具和web服务，了解如何将它们包含在应用程序中
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分析web服务是基于令牌的，因此对于每个分析请求，都有一个令牌与结果相关联。从现在开始，可以通过API“令牌”方法访问结果，以便检索更详细的信息。利用每次分析过程中生成的令牌，可以链接回PathwayBrowser，并浏览覆盖在路径概述或选定路径上的结果。
如前所述，Reactome提供了过度表示分析、表达式数据分析和物种比较工具。对于过度表示和表达式分析，服务可以根据提交数据的格式自动检测执行哪一个表1）.如果数据包含TSV (tab-separated-values)格式的表达式值，则执行表达式分析，否则执行超表示分析。
必须以包含第一行列标题的格式提交数据。第1列的标题必须以#符号开头。第1列必须包含蛋白质、化合物或其他合适的标识符，如OMIM ID。标识符只能放在第1列中。一个单列文件足以进行路径过度表示分析。对于表达式分析，第2列及以后的列必须包含数值，不包含字母字符。小数必须使用句号，而不是逗号。列必须以制表符分隔（从大多数电子表格程序（如Excel）保存时，此格式是一个选项）。
第一行必须以“#”开头，以指示样本的名称（第一列）以及提交表达式数据时每个表达式列的名称。请注意，虽然此行对于overrepresentation格式是可选的，但对于表达式数据格式是强制性的，因为需要提供每个列的名称。不过建议在提交的数据中定义第一行，以便以后使用更容易确定数据与什么样的实验有关。
每隔一行以基因/蛋白质/化学物质的标识符开头。对于表达式分析，其余列应包含与表达式值对应的数字。
数据提交
第一个用例是使用以下方法提交要分析的数据:
//www.joaskin.com/AnalysisService/identifiers/
在这种情况下，数据必须通过POST发送(请参阅API文档了解更多细节)，因此将对Reactome数据库内容执行分析。
第二个用例是当发送包含要分析的数据(以前面提到的指定格式)的文本平面文件时。在这种情况下，要使用的方法是:
//www.joaskin.com/AnalysisService/identifiers/form/
第三个用例是当要分析的数据可以通过Internet访问时。在这种情况下，有一种特定的方法指示分析服务从哪里获取数据:
//www.joaskin.com/AnalysisService/identifiers/url/
请注意，所有这些方法都有一个选项，可以向人类投射标识符，并且只显示这个物种的结果(通过在其中任何一个添加“投射/”后缀)。更多细节请参考API文档。
分析结果处理
一旦分析完成，结果将以json格式发送回用户(请参阅API文档了解更多细节)。分析摘要对象中的一个字段称为“token”。特定的分析结果与这个令牌相关联，稍后可以使用以下方法检索它，而无需再次发送相同的数据:
//www.joaskin.com/AnalysisService/token/
Reactome确保令牌在分析后的7天内可用。在这段时间之后，它进入LRU队列，因此可能可以使用更长的时间，但这不能确保，因为它取决于它的使用频率。
分析结果中的“路径”字段包含一个最重要的路径列表，其中包含相应的统计结果。默认情况下，这些路径是从最重要的到最不重要的，所以第一项将是统计上最重要的。然而，建议用户考虑统计值(pValue和FDR)，以及路径中的结果覆盖，由实体和反应显示。
链接回Reactome路径浏览器
如果需要链接回Reactome来可视化结果，有两种方法。提供令牌就足以链接回PathwayBrowser并获得Fireworks结果覆盖视图。为此，请用结果中提供的URL替换以下URL中的{TOKEN}。
//www.joaskin.com/PathwayBrowser/#DTAB=AN&ANALYSIS={牌}
若要建立指向特定路径的链接，将结果覆盖在其图表上，请替换{ST_ID}通过路径稳定标识符(在每个路径的分析结果中提供)和{牌}由结果中提供的。
//www.joaskin.com/PathwayBrowser/#{ST_ID}&DTAB =分析={牌}
开始
好的!您已经到达了这里:)那么让我们看看如何开始使用分析服务。
有两种方法可以提交您的标识符样本进行分析。第一种方法是POST所有标识符(或包含标识符的文件)。第二种方法是通过提供样本的URL让分析服务知道样本在哪里。可以提交的标识包括UniProt、chEBI、Ensembl、miRBase、GenBank/EMBL/DDBJ、RefPep、RefSeq、EntrezGene、OMIM、InterPro、Affymetrix、Agilent、Compound、Illumina等。请与我们的此电子邮件地址正受到垃圾邮件程序的保护。您需要启用JavaScript才能查看它。如果不支持示例标识符。
在下面的示例中，我们使用旋度从命令行查询分析服务。它们展示了如何发送一些要分析的基因名称（PIK3C2A、PTEN和UNC5B），以及如何通过url接口。
最简单的方法是通过POST将你的基因名发送到//www.joaskin.com/AnalysisService/identifiers/projection方法。
curl -H "Content-Type: text/plain" -d "$(printf ')#基因\ nPIK3C2A\ nPTEN\ nUNC5B') "-X POST——url //www.joaskin.com/AnalysisService/identifiers/projection/\?pageSize\=1\&page\=1
对于长列表，前面的示例可能不切实际。更方便的方法是发布包含待分析样本的文件内容。假设您有一个名为genes.txt包含以下一组待分析的基因：
#基因
PIK3C2A
PTEN
UNC5B
命令更改以指示数据现在取自文件（但请注意，analysis service的方法保持不变）：
-X POST——url //www.joaskin.com/AnalysisService/identifiers/projection/\?pageSize\=1\&page\=1
前面的两个命令都将生成如下所示的结果图1
让我们把注意力放在被回收的东西上通路列表。它只包含一个路径，因为在我们指定的命令中\？页大小\ = 1 \和页面\ = 1这就迫使分析提供只有提交数据的最重要途径。如果你想得到前10个结果，方法是\？页大小\ = 10 \和页面\ = 1. 要查看从11到20的结果，请使用\？页大小\ = 10 \和页面\ = 2．原因是寻呼机制是为了避免客户机满负荷的结果。这里我们从命令行查询，可能内存使用不是问题，但请考虑Web客户端。重要提示:如果页大小和页面，则将整个结果集检索到客户机。
结果中其他重要的领域是pathwaysFound，identifiersNotFound，summary.token和summary.type．前两个是自我描述的，所以让我们关注总结．如前所述summary.token可用于检索以前执行的分析结果，而无需再次提交样品。例如，可以通过简单地调用//www.joaskin.com/AnalysisService/token方法并提供令牌。
curl //www.joaskin.com/AnalysisService/token/MjAxNTEwMjAwNjU0MDBfMzMw\？页大小\ = 1 \和页面\ = 1
见图2，分析服务提供了一个基于令牌的方法的完整集合，这些方法可用于访问以前执行的分析的结果。
的summary.type提供有关所执行分析类型的信息，可以是过度表达、表达或物种比较。
每一项通路数组，包含有关特定路径的信息，即其名称、稳定标识符、所属物种、与提交样本匹配的实体数等。pValue和罗斯福根据分析结果显示路径的重要性。
将您的资源作为分析的数据提供程序
让我们假设您的服务器上有一些要分析的数据，并且您希望指向Reactome分析来直接检索它。我们使用骄傲数据为我们的例子。更具体地说，我们分析PRIDE数据存储在https://www.ebi.ac.uk/pride/ws/archive/protein/list/assay/27929.acc. 这可以通过使用/标识符/url方法:
curl-H“内容类型：文本/普通”-d”https://www.ebi.ac.uk/pride/ws/archive/protein/list/assay/27929.acc“-X POST--url//www.joaskin.com/AnalysisService/identifiers/url/projection/\？页面大小\=1\&页面大小\=1
只是帖子对URL，数据所在的位置，到//www.joaskin.com/AnalysisService/identifiers/url/projection/方法足以进行分析。其余参数的工作方式与前面解释的完全一样。考虑到这一点也很重要URL发送给这个方法的S可以是HTTP或HTTPS，如果您的服务使用安全HTTP，我们可以处理;)。
我有一个JavaScript客户端。我如何查询您的服务？
首先，我们将创建一个简单的HTML页面，其中有一个按钮和一个占位符，用于显示带有查询结果的表。请注意，我们已经包括了jQuery库．
< html >
< >头与Reactome分析服务的连接
//我们在这个例子中使用jQuery
< script src = " / / ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.2/jquery.min.js " > < /脚本>
Connection to the Reactome Analysis Service
Please click the button to execute the analysis: