相关生物信息学资源之间的相互链接不仅鼓励相互交流,而且确保Reactome用户在浏览我们的网站时可以快速链接到源参考材料。此外,许多Reactome访问者是通过许多整合了Reactome数据的生物信息学资源来访问这个网站的。这些资源包括UniProt、Genecards、OMIM、NCBI Biosystems、MSigDB、HGNC、NextProt、BioGPS、Pathway Commons和Wikipathways。
我们的目标是为每种标识符(即蛋白质(UniProt)、gene (Ensembl和NCBI)、small molecule (ChEBI)和microRNA (miRBase))将源数据库标识符连接到:
- 最低层次的路径图或路径的子集,
- 所有的水平路径图,所有的反应事件。
标识符映射文件可以从下载部分。
另一种链接到Reactome的策略可以通过创建url来实现,其中包含来自“外部”数据库的名称和标识符,格式如下://www.joaskin.com/content/query?cluster=true&q=identifier.
点击在这里查看外部数据库和当前Reactome版本中可用的标识符列表
以下是一些具体的例子:
- UniProt登录号码(“AC”行,首选)和标识符(“ID”行),例如UNIPROT:P30304,//www.joaskin.com/content/query?cluster=true&q=P30304
- ChEBI标识符,例如CHEBI: 15422,//www.joaskin.com/content/query?cluster=true&q=15422
- 复合标识符,例如化合物:C00002,//www.joaskin.com/content/query?cluster=true&q=C00002
- 基因本体论(GO)登录号,例如GO:0030060,//www.joaskin.com/content/query?cluster=true&q=0030060
- 酶的分类(EC)数字,例如EC:1.1.1.37,//www.joaskin.com/content/query?cluster=true&q=1.1.1.37
- NCBI基因,例如NCBI基因:4171,//www.joaskin.com/content/query?cluster=true&q=4171
- Reactome例如,r - hsa - 163809//www.joaskin.com/content/detail/R-HSA-163809