在逆转录的第一部分，负链合成，以病毒RNA为模板，以宿主细胞赖氨酸tRNA分子为引物，合成一条与HIV基因组RNA互补的DNA链。合成过程分为两个离散步骤，由一个链转移事件分开。随着负链DNA的合成，病毒基因组RNA也在几个离散步骤中被降解。病毒RNA中有两个特定的多嘌呤束(PPT序列)，一个位于pol基因内(cPPT)，另一个位于U3序列前(3' PPT)，它们不会被降解，并用于启动合成与负链互补的DNA(正链合成)。在正链合成过程中，Preston和他的同事在无细胞系统和培养病毒中都观察到了低频率的正链起始次级位点(Klarman et al.， 1997)。DNA合成和RNA降解都是由HIV-1逆转录酶(RT)异源二聚体催化的。