随着HIV-1 RT异二聚体的逆转录酶活性催化负链的合成，相同的RT异二聚体的RNA aseh活性催化互补病毒基因组RNA序列的降解。需要降解该RNA的-SSSDNA至病毒基因组RNA的5'末端。RNase H活性部位位于HIV-1 RT异二聚体内，以攻击RNA的RNA链：DNA双链体在逆转录位点的18个碱基（FURFINE和RERDON 1991; GHOSH等人1995;Gopalakrishnan等。1992年; Wohrl和Moelling 1990）。然而，RNase H裂解的速率基本上低于DNA合成的速率（Kati等，1992），并且可以进一步取决于病毒基因组RNA模板的RT停滞和结构特征。这些组合DNA合成和RNA降解事件的产物是DNA链仍然与延长的病毒基因组RNA片段双工。