为了催化DNA合成，逆转录酶需要引物链延伸和模板链复制。对于HIV-1，引物是部分未缠绕的赖氨酸(3)tRNA的3'端，它与逆转录病毒基因组RNA的5'端179个碱基连接在PBS(引物结合位点)上(Isel et al. 1995)。病毒基因组RNA的逆转录从结合的tRNA引物开始，一直到病毒RNA的5'末端，产生一个与HIV-1病毒基因组的R和U5元件互补的负链强停止DNA (-sssDNA)，如下图所示(Telesnitsky和Goff 1997;Jonckheere等人，2000)。该反应发生在宿主细胞质中，并由HIV-1 RT异源二聚体的逆转录酶活性催化。

核衣壳(NC)蛋白通过产生或稳定一个热力学上有利的RNA-DNA异质双工，而不是在体外逆转录实验中看到的动力学上有利的TAR发夹来防止自引(Driscoll和Hughes 2000)。