活化RAF蛋白是限制性底物激酶，其主要下游靶点是两种MAP2K蛋白，MAPK2K1和MAP2K2（也称为MEK1和MEK2）（见Roskoski，2010，Roskoski，2012a）。MAPK2K激活环的磷酸化使它们能够使活化MAPK途径的主要效应物MAPK3和MAPK1（也称为ERK1和ERK1）磷酸化。与上游对应物不同，MAPK3和MAPK1催化数百个细胞质和核靶点的磷酸化，包括转录因子和调节分子（见Roskoski，2012b）。活化RAF下游MAP2K和MAPK蛋白的活化通常发生在调节通路特异性和定位的高阶支架复合体的背景下（Brown和Sacks，2009；Matallanas等人，2011）。