通过FGFRs的信号传导是通过直接招募信号蛋白介导的，这些信号蛋白与激活受体上的酪氨酸自动磷酸化位点结合，以及通过紧密连接的对接蛋白介导的，这些蛋白在fgf刺激下成为酪氨酸磷酸化，并与附加的信号蛋白补体形成复合物。

FGFR催化结构域的活化循环维持PTK结构域处于非活性或低活性状态。例如，FGFR1的激活环包含两个必须自磷酸化的酪氨酸残基，以保持催化结构域处于活性状态。在自抑制结构中，激活环c端末端的激酶不变脯氨酸残基干扰底物结合，同时允许核苷酸结合位点的ATP进入。
除了催化PTK核心外，FGFR的细胞质结构域还包含几个调控序列。FGFRs的膜旁结构域比其他受体酪氨酸激酶长得多。该区域包含一个高度保守的序列，是FRS2磷酸化酪氨酸结合(PTB)域的结合位点。多种信号蛋白在FGF刺激下被磷酸化，包括Shc、phospholipase-C gamma和FRS2，从而刺激控制细胞增殖、细胞分化、细胞迁移、细胞存活和细胞形状的细胞内信号通路。