病毒RNA中的两个特定的多聚体片段（PPT序列），一个位于pol基因（中央或cPPT）内，另一个位于U3序列（3'PPT）前，在负链DNA合成和主正链DNA合成过程中免于降解。DNA复制的至少两个离散步骤，去除启动负链合成的PPT RNA和tRNA引物，以及链转移导致合成对应于两端具有长末端重复序列（LTR）的HIV基因组RNA全长的线性双链DNA。DNA合成和RNA降解都是由HIV-1逆转录酶（RT）异二聚体的结构域催化的。在正链合成过程中，Preston及其同事在无细胞系统和培养的病毒感染细胞中观察到低频率正链起始的次级位点（Klarman等人，1997）。
