推断从小鼠胚胎干细胞激活视黄酸(卡等。2011年,玛佐et al . 2013年)和人类细胞系,甲基化在组蛋白H3 lysine-27 (H3K27me3)丢失(卡等。2011年,玛佐et al . 2013年),Polycomb压制复杂2 (PRC2)丢失(玛et al . 2013年),赖氨酸-4 (H3K4me3)位点的甲基化(Kashyap et al. 2011)。在成纤维细胞中，Mll2复合物在Hoxb2处甲基化H3K4 (Wang et al. 2009)。在人类细胞中，组蛋白去甲基化酶KDM6A (UTX)结合HOXB2染色质并使H3K27me3去甲基化。其他因素也可能参与去甲基化。