沉默rRNA基因拷贝中的组蛋白被Hdac1(也可能是Hdac2)去乙酰化，Hdac1是与NoRC结合的SIN3-HDAC复合物的一部分(Santoro et al. 2002, Zhou et al. 2002)。NoRC的Tip5 (Baz2a)组分的PHD结构域结合组蛋白H4的乙酰化赖氨酸-16 (Zhou和Grummt, 2005)。脱乙酰的组蛋白H4的残基是赖氨酸-5、赖氨酸-8和赖氨酸-12 (Zhou和Grummt, 2005)。
在沉默rRNA基因拷贝的主要启动子中，组蛋白H3在赖氨酸-9 (H3K9)上被一个未知的组蛋白甲基转移酶甲基化(Santoro和Grummt 2005)。当去乙酰化被抑制时，仍然可以观察到H3K9的甲基化，因此组蛋白甲基化并不依赖于去乙酰化(Santoro和Grummt, 2005)。然而，组蛋白去乙酰化是DNA甲基化所必需的。观察到的H3K9二甲基化明显多于三甲基化(Santoro和Grummt 2005)。
尚不清楚是脱乙酰先于甲基化，还是相反。