bbap1与BRCA1:BARD1异源二聚体的结合破坏了BRCA1:BARD1的关联，从而抑制其E3泛素连接酶活性。BAP1表达的下调导致细胞对电离辐射的过敏和S期进展的延迟，这表明BAP1在DNA双链断裂反应和细胞周期中协调BRCA1:BARD1复合物的酶活性(Nishikawa等，2009)。虽然BAP1是一种去泛素化酶，可能会去泛素化一些BRCA1:BARD1底物，但它不会去泛素化自双泛素化的BRCA1和BARD1 (Mallery et al. 2002, Nishikawa et al. 2009)。BAP1的一个催化失活突变体BAP1 C91S仍然能够抑制BRCA1:BARD1介导的泛素化，这意味着BAP1主要通过破坏BRCA1:BARD1复合物来调节其作用(Nishikawa等，2009)。