氯喹(CQ)和羟氯喹(HCQ)是二质子弱碱，可以以质子化和非质子化形式存在。未配体CQ或HCQ可自由而迅速地通过细胞膜和细胞器扩散到酸性胞浆泡(晚期核内体和溶酶体)。具有这种能力的制剂称为溶酶促体制剂。一旦质子化，CQ2+或HCQ2+就被困在这些囊泡的酸性腔内。这导致CQ或HCQ在酸性囊泡中的不可逆积累，其浓度高达胞质囊泡的100倍，并且由于CQ或HCQ捕获H+离子而导致囊泡pH升高。因此，CQ类似物干扰内体和溶酶体的酸化，进而抑制蛋白水解、趋化、吞噬和抗原呈递。因此，细胞不能有序地进行内吞、外泌体释放和吞噬酶体融合(Foley & Tilley 1998, Yang & Shen 2020)。在体外，这些核内体酸化融合抑制剂可阻断SARS-CoV-2临床分离物的细胞感染(Wang et al. 2020, Hu et al. 2020)。