结核分枝杆菌(Mtb)在被巨噬细胞内化后不久就会遇到一个巨大变化的环境。它所在的吞噬体被酸化，缺少重要的金属离子，充满活性氧和氮。巨噬细胞将很快采取步骤，用各种溶酶体消化酶使吞噬体“成熟”。然而，与大多数其他细菌不同的是，结核杆菌已经进化出了应对这些威胁的解决方案。作为强免疫反应的最后手段，一些细菌会进入休眠状态(de Chastellier 2009, Flannagan et al. 2009)。目前还不清楚这在多大程度上是正确的(McDaniel et al. 2016)。当免疫防御减弱时，Mtb从休眠状态中苏醒，并开始在吞噬细胞内繁殖(Repasy et al. 2013)。