RUNX3介导的转录调节免疫系统细胞的发育。Runx3是开发ILC1和ILC3谱系的先天淋巴细胞（ILCS）所必需的，该细胞位于粘膜中，并参与对外部病原体的反应。Runx3通过刺激rorc（Rorgamma）基因的表达，编码核视网膜类相关孤儿受体-γ（Ebihara等，2015），施加其在ILC1和ILC3谱系中的作用。
Runx3调节整联蛋白基因Itgal（CD11a）和Itga4（CD49D）的转录，涉及在免疫和炎症反应期间白细胞的颅胸级迁移以及T细胞的共刺激（Domniguez-Soto等，2005）。runx3拼接同种型p33缺少runt域，无法反式激活整形素基因。在单核细胞衍生的树突细胞（MDDC）的成熟期间诱导p33同种型，导致减少炎症反应中涉及的基因的表达，例如IL8（白细胞介素-8）（Puig-Kroger等，2010）。
Runx3积极调节SPP1（Osteopontin）基因的转录，这有助于胰腺癌细胞的侵袭性（Whittle等，2015）。
