CDK7磷酸化RNA聚合酶II大亚基(POLR2A)的c端结构域(CTD)的丝氨酸-5重复序列(共识YSPTSPS)。七核苷酸重复序列的丝氨酸-7残基在snRNA基因启动子处也被磷酸化(Egloff et al. 2007)，而CDK7是丝氨酸-7在体内磷酸化所必需的(Glover-Cutter et al. 2009)。P-TEFb和DNA-PK能够在体外磷酸化丝氨酸-7 (Glover-Cutter et al. 2009, Egloff et al. 2010)。CTD磷酸化损伤似乎不会影响snRNA基因的转录，而是会损害pre-snRNA的3'加工(Medlin et al. 2003, Jacobs et al. 2004)。