几个DNA核酸酶结合到链间交联(ICL-DNA)并参与ICL“脱钩”。DNA核酸酶FAN1的泛素结合锌指(UBZ)结构域与单双基化的FANCD2结合，使FAN1能够募集到ICL-DNA修复位点(Liu et al. 2010, MacKay et al. 2010, Smogorzewska et al. 2010, Kratz et al. 2010)。一旦被吸收到ICL-DNA中，FAN1就会形成头尾同源二聚体。同型二聚对FAN1的内切酶活性很重要(Zhao et al. 2014)。SLX4 (FANCP)作为SLX1A、MUS81和EME1或EME2招募的对接平台，导致形成SLX1A:SLX4:MUS81:EME1(或SLX1A:SLX4:MUS81:EME2)内核溶解复合物(Fekairi et al. 2009, Wyatt et al. 2013)。SLX4还可以结合由ERCC1和ERCC4组成的核内溶复合物(XPF) (Fekairi et al. 2009)。SLX4通过其UBZ结构域与单双基化的FANCD2相互作用而被招募到ICL-DNA中(Yamamoto et al. 2011)。SLX4的UBZ结构域的靶向缺失使其对icl诱导剂具有敏感性，但在SLX4的同源重组修复中，UBZ结构域似乎是不可或缺的(Yamamoto et al. 2011)。

DNA外切酶DCLRE1A (SNM1A)和DCLRE1B (SNM1B)可能在ICL修复中具有冗余功能。与FAN1类似，它们能够通过ICL消化DNA，从而断开其中一条DNA链(Wang et al. 2011, Sengerova et al. 2012)。RAD18对停滞复制聚合酶复合体PCNA亚基的单倍化作用可能为DCLRE1A(或DCLRE1B)提供对接位点(Yang et al. 2010)。此外，PIAS1可能有助于将DCLRE1A(或DCLRE1B)加载到ICL位点(Ishiai et al. 2004)。