激活的MAPK信号的持续时间和程度在许多水平上通过包括磷酸化和去磷酸化、蛋白质相互作用伙伴的变化和亚细胞定位等机制被调节(综述于Matallanas等，2011年)。

活化的RAF蛋白受mapk依赖的磷酸化作用影响，mapk依赖的磷酸化作用促进激活环和NtA区域的后续去磷酸化，终止RAF激酶活性。这种由PP2A和PP5催化的去磷酸化，引发了PKA或akt介导的S259和S621残基的磷酸化，恢复14-3-3结合位点，使RAF蛋白回到非活性状态(von Kriegsheim et al .， 2006;Dougherty等人，2005;Matallanas et al, 2011)。磷酸化的RAF1 NtA还通过与PEBP1蛋白结合受到额外的调控，促进其与MAP2K底物的分离(Shin et al .， 2009)。

活化的MAPK蛋白也使MAP2K1的T292磷酸化;这种磷酸化抑制了MAP2K1的活性，并通过调节MAP2K异源二聚体的活性间接影响MAP2K2的活性(Catalanotti et al .， 2009;Matallanas et al, 2011)。

双特异性MAPK磷酸酶(DUSPs)的MAPKs去磷酸化在限制通路激活程度方面起着关键作用(Owens et al .， 2007;审查在Roskoski, 2012b)。I类DUSPs定位于细胞核，通过激活MAPK途径诱导，建立负反馈环路，而II类DUSPs去磷酸化胞质MAPKs (Rososki, 2012b)。
MAPK信号通路也受到RAS gap介导的内在RAS GTPase活性刺激的调控，RAS GTPase活性使RAS返回到非活性的GDP结合状态(见King等人，2013)。