DNMT3A甲基化胞嘧啶在DNA中的5个位置。如从小鼠同源物中推断，DNMT3A产生CG二核苷酸和非CG胞嘧啶残基的不对称甲基化（仅甲基化）。DNMT3L与DNMT3A2和DNMT3A的催化活性相互作用（Chen等，2005，Kareta等，2006，Ooi等，2007，Holz-Schietinger和Reich 2010）。DNMT3A优先在转录活性染色质的区域中的DNA：转染到人细胞（293T细胞）中的DNMT3A-IsoForm1倾向于与组蛋白H3（H4K4ME3）的三甲基化赖氨酸-4相关的基因组的甲基化活性区域（H4K4ME3）（Choi等人。2011年）。同样，在DNMT3a甲基化的小鼠卵母细胞和胚胎CG岛中往往位于有源转录单元中，但含量低水平的甲基化H3K4（Lightwood等人2011）。DNMT3A及其同源物DNMT3B对CG二核苷酸的侧翼序列具有不同的偏好，DNMT3A趋向于在+2位置处的-2位置和C处具有T的甲基化物位点（WIENHOLZ等人2010）。DNMT3L在单独的DNMT3A弱甲基化的位点增加DNMT3a（Wienholz等，2010）。