在内质网膜中合成14糖脂链低聚糖后，如前面步骤中所述，共翻译转移至未折叠蛋白质。在这一点之后，在蛋白质运输到顺式高尔基体之前，三个葡萄糖和一些甘露糖的N-聚糖逐渐被修剪。这些修饰反应的作用是，附着在内质网中未折叠糖蛋白上的N-聚糖承担“标签”的作用，指导糖蛋白与介导其折叠的不同元素的相互作用。去除两个外部葡萄糖会产生一个仅含一个葡萄糖的N-聚糖，这是两个伴侣蛋白中的一个结合的信号，即钙结合蛋白（CNX）和钙网蛋白（CRT）。这些伴侣提供了一个蛋白质更容易折叠的环境。与这些蛋白质的相互作用不是短暂的，并通过最后剩余葡萄糖的修剪而终止，之后糖蛋白从CNX或CRT中释放，如果仍然存在折叠缺陷，则直接进入内质网质控室（ERQC），如果折叠正确，则运输到高尔基体。N-聚糖参与内质网蛋白质折叠质量控制解释了为什么这种形式的糖基化如此重要，以及为什么参与这些反应的酶的缺陷经常与先天性疾病相关。然而，在这个过程中有许多未知点，因为众所周知，即使没有N-糖基化位点的蛋白质也可以正确折叠（Caramelo JJ和Parodi AJ，2008）。