除KDM1A外，所有具有特征的赖氨酸脱甲基酶都属于含有jumonjiC结构域（JmjC）的家族。JmjC KDM是单核铁（II）依赖性加氧酶的铜蛋白超家族的成员，其特征是存在双链β-螺旋核心折叠。JmjC KDMs需要2-氧戊二酸（2 OG）和分子氧作为共基质，与甲醛、琥珀酸盐和二氧化碳一起产生。这种基于羟基化的机制不需要可质子化的赖氨酸ε-胺基，因此含有JmjC的脱甲基酶能够使三甲基、二甲基和一甲基化的赖氨酸脱甲基。KDM5A-D（JARID1A-D）催化组蛋白H3（H3K4Me2/3）的二甲基或三甲基化赖氨酸-5的去甲基化（Christensen等人2007，Klose等人2007，Lee等人2007，Secombe等人2007，Seward等人2007，Iwase等人2007）。