组蛋白赖氨酸脱甲基酶（KDMS）能够反转组蛋白和可能其他蛋白质的N-甲基化。已经证明了迄今为止KDMS催化N-EPSILON甲基化赖氨酸残基的去甲基化。生物化学上具有两个不同的N-ε甲基化赖氨酸脱甲基酶，其具有不同的催化机制，这两者都导致甲基氧化以产生甲型甲醛。以前称为赖氨酸特异性去甲基酶1（LSD1）的KDM1A属于黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD） - 依赖性氨基氧化酶家族。KDM1A反应机制需要不可用的赖氨酸ε-胺基，其在三甲基化赖氨酸中，因此因此不是KDM1底物。其他kdms属于包含家庭的Jumonji C（JMJC）-Domain。这些是单核Fe（II） - 依赖性氧酶的柴油超家族的成员，其特征在于存在双链β-螺旋核心折叠。它们需要2-氧代摩洛盐（2G）和分子氧作为共衬底，除甲醛，琥珀酸盐和二氧化碳外。这种基于羟基化的机制不需要质子性赖氨酸ε-胺基，因此含JMJC的去甲基酶能够去甲基化物，二 - ，二甲基化赖氨酸。
这里表示和描述的翻译后修改的坐标遵循UNIPROT标准实践，从而在任何进一步加工之前坐标参考翻译的蛋白质。组蛋白文献通常指的是去除起始蛋氨酸后的蛋白质坐标。因此，与文献相比，反应组数据库中的后翻译后残留物的坐标经常+1频繁。
一般来说，组蛋白H3赖氨酸-5 (H3K4)和赖氨酸-37 (H3K36)的甲基化，包括这些位点的二甲基化和三甲基化，已经与活性转录基因联系在一起(Martin & Zhang 2005综述)。相反，赖氨酸-10 (H3K9)启动子甲基化被认为是一种抑制性标记，也是与异染色质相关的标志性修饰之一(Peters et al. 2002)。
首先报道的含JMJC的去甲基酶是KDM2A / B（JHDM1A / B，FBX111 / 10）。当单甲基化（H3K36ME1 / 2）（Tsukada等人2006）时，这些催化组蛋白H3赖氨酸-37的去甲基化。发现它们含有先前涉及染色蛋白依赖性功能的JMJC催化结构域（Clissold＆Ponting 2001）。随后，已经鉴定出许多其他JMJC酶，并发现具有赖氨酸去甲基酶活性，具有不同的甲基化位点和状态特异性。
KDM3A/B (JHDM2A/B)对组蛋白H3 (H3K9Me1/2)上的单甲基或二甲基赖氨酸-10特异(Yamane et al. 2006, Kim et al. 2012)。KDM4A-C (JMJD2A-C/JHDM3A-C)催化赖氨酸-10 (H3K9Me2/3)二甲基化或三甲基化组蛋白H3的去甲基化(clos et al. 2006, Fodor et al. 2006)，对Me3有强烈的偏好(Whetstine et al. 2007)。KDM4D (JMJD2D)也催化H3K9Me2/3的去甲基化(Whetstine et al. 2007)。KDM4A-C (JHDM3A-C)还能催化组蛋白H3 (H3K36Me2/3)赖氨酸-37的去甲基化(Klose et al. 2006)。KDM5A-D (JARID1A-D)催化组蛋白H3 (H3K4Me2/3)二甲基或三甲基赖氨酸-5的去甲基化(Christensen et al. 2007, Klose et al. 2007, Lee et al. 2007, Secombe et al. 2007, Seward et al. 2007, Iwase et al. 2007)。KDM6A和KDM6B (UTX/JMJD3)催化组蛋白H3 (H3K27Me2/3)二甲基或三甲基赖氨酸-28的去甲基化(Agger et al. 2007, Cho et al. 2007, De Santra et al. 2007, Lan et al. 2007, Lee et al. 2007)。

KDM7A (KIAA1718/JHDM1D)催化组蛋白H3的单或二甲基赖氨酸-10 (H3K9Me1/2)和组蛋白H3的单或二甲基赖氨酸-28 (H3K27Me1/2)的去甲基化(Horton et al. 2010, Huang et al. 2010)。PHF8 (JHDM1E)催化作用脱甲基的单链不饱和脂肪或是di-methylated lysine-10的组蛋白H3 (H3K9Me1/2)和mono-methylated lysine-21的组蛋白H4 (H4K20Me1) (Loenarz et al . 2010年,霍顿et al . 2010年,冯et al . 2010年,Kleine-Kohlbrecher et al . 2010年,Fortschegger et al . 2010年,Qi et al . 2010年,刘et al . 2010年)。PHF2 (JHDM1E)催化组蛋白H3 (H3K9Me1/2)的单或二甲基赖氨酸-10的去甲基化(Wen et al.， 2010, Baba et al. 2011)。JMJD6最初被描述为一种精氨酸去甲基酶，它催化组蛋白H3 (H3R2Me1/2)的单甲基或二甲基精氨酸3和组蛋白H4的精氨酸4 (H4R3Me1/2)的去甲基化(Chang et al. 2007)，尽管后来它也被描述为赖氨酸羟化酶(Webby et al. 2009)。注意:此处表示和描述的翻译后修饰的坐标遵循UniProt标准做法，坐标指的是任何进一步加工前的翻译蛋白。组蛋白文献通常指的是去除起始蛋氨酸后的蛋白质坐标。因此，与文献相比，反应组数据库中的后翻译后残留物的坐标经常+1频繁。