时钟是控制昼夜节律的核心时钟机制的核心元素。它具有固有的组蛋白乙酰转移酶(HAT)活性，调节许多时钟控制基因的转录(Doi等人2006年，Hirayama等人2007年)。CLOCK的羧基末端区域与NCOA3 (ACTR)的羧基末端区域具有显著的序列同源性，而NCOA3 (ACTR)也具有固有的HAT活性(Chen et al. 1997)。CLOCK乙酰化组蛋白H3和H4，在H3K14处活性最大，在H3K9处活性较小，但不会乙酰化H2A和H2B (Doi等人2006年和Nakahata等人2007年)。