通过PPAR-α调节的一组基因在人体中不完全清楚，然而在小鼠中发现了许多实例。PPAR-α直接激活的基因在其启动子中含有过氧化物酶体增殖剂受体元素（PPRES），包括：
1）参与脂肪酸氧化和酮发生的基因（ACOX1，CYP4A，ACCM，HMGCS2）;
2）参与脂肪酸输送的基因（CD36，SLC27A1，FABP1，CPT1A，CPT2）;
3）涉及生产脂肪酸和非常低密度脂蛋白（ME1，SCD1）的基因;
4）编码载脂蛋白的基因（apoa1，apoa2，apoa5）;
5）参与甘油三酯间隙（Angptl4）的基因;
6）参与甘油代谢（小鼠GPD1）的基因;
7）参与葡萄糖代谢的基因（PDK4）;
8）参与过氧化物组织增殖的基因（Pex11a）;
9）参与脂质储存（PLIN，ADFP）的基因。
已知许多其他基因由PPAR-α调节，但仍有仍有待发现其调节是直接的或间接的。这些基因包括：Acaca，Fas，srebp1，FADS1，DGAT1，ABCA1，PLTP，ABCB4，UGT2B4，SULT2A1，PNPLA2，ACSL1，SLC27A4，许多录像带等（Rakhandehroo等，2010年审查）。