称为GP41的HIV蛋白是跨膜蛋白，其被认为是细胞外病毒融合到宿主中的靶细胞的主要介体。HIV GP120和GP41蛋白在病毒粒子表面上形成非共价连接的低聚物。低聚物的GP41亚基锚定在病毒膜中，并在其N-末端含有非极性融合肽。在CD4和受体结合时，GP120经历第二构象变化。构象变化暴露了GP41，其继续与宿主膜膜介导病毒包膜的融合。GP41蛋白的电子显微镜和圆形二色性测量表明具有高α-螺旋含量的棒状构象。虽然有些研究表明，GP41busust从GP120中解离GP120，以引起HIV封套和靶细胞血浆膜之间的融合，但对这一点的证据不是决定性的。