血液凝血的内在途径将激肽原(高分子量激肽原，HK)、前激肽rein (PK)和因子XII之间的相互作用连接起来，通过一系列独立于外在途径且不受TFPI抑制的反应来激活凝血因子X。因此，它对于凝血级联的延长是必不可少的:虽然外在途径的反应似乎足以启动凝血块的形成，但内在途径的反应则需要维持凝血块的形成(Broze 1995;戴维等人1991年;Monroe et al. 2002)。内在途径可分为三部分:1)激肽原、激肽前rein和因子XII相互作用导致因子XII激活的反应;2)因子XI、因子IX、因子VIII和von Willebrand因子(vWF)共同作用导致因子VIII和IX激活的反应;3)因子XIIa和激肽rein失活的反应。

激肽原、前激肽rein和因子XII最初被鉴定为体外全血暴露于带负电荷的表面时快速形成凝块所需的蛋白质。早期体外研究确定了几种可能的相互作用，其中少量的一个或多个蛋白质“自动激活”，然后催化更大量激活因子的形成。然而，随后的研究表明，这些因子在内皮细胞表面由C1q结合蛋白(C1q bp)介导形成复合物，第一个激活事件是前激肽酶被脯氨酸羧肽酶裂解，由此产生的激肽酶催化因子XII的激活(Schmaier 2004)。

第二组事件发生在体内活化的血小板表面(尽管大多数反应的生化特性最初是用溶液中的纯化蛋白完成的)。因子XI结合到血小板糖蛋白(GP) Ib:IX:V复合物，它可以被凝血酶(由共同途径的反应产生)或活化因子XII(由固有途径的第一部分产生)的裂解激活。活化因子XI反过来催化因子IX的活化。与此同时，与vWF结合的VIII因子被凝血酶裂解，激活并从vWF中释放。活化因子VIII和IX在血小板表面形成复合物，非常有效地将因子X转化为活化因子X(活化因子X和V然后形成复合物，有效地激活凝血酶)。

虽然这两组事件可以被视为形成了一个单一的功能通路(例如，Davie et al. 1991)，但人类临床遗传学数据对这一观点提出了质疑。缺乏激肽原、前激肽酶抑制剂或因子XII蛋白的个体在体内表现出正常的血凝块形成。相比之下，在某些条件下，因子XI的缺乏可能与凝血失败有关，而vWF、因子VIII或因子IX的缺乏会导致严重的异常——血管性血友病、A型血友病和B型血友病。这些数据表明，虽然第二组事件对体内正常血栓形成至关重要，但第一组事件具有不同的功能(例如，Schmaier 2004)。

最后，反应中和了在本征途径的第一部分被激活的蛋白质。Kallikrein与C1抑制剂(C1Inh)或α - 2-巨球蛋白形成稳定的复合物，而因子XIIa与C1Inh形成稳定的复合物。然而，这些中和事件与血凝调节的相关性尚不清楚。在缺乏C1Inh的个体中观察到的生理异常似乎完全是由于补体激活异常;血液凝固过程正常。这一观察结果与上述假设一致，即生理条件下XIIa因子在正常血凝中发挥的作用有限。