SARS-CoV-2产生9种亚基因组rna (sgRNAs)。N蛋白编码mRNA (mRNA9)的表达量最多，其次是S (mRNA2)、7a (mRNA7a)、3a (mRNA3)、8 (mRNA8)、M (mRNA5)、E (mRNA4)、6 (mRNA6)和7b (mRNA7b)的mRNA (Kim et al. 2020)。

SARS-CoV-1编码八个亚基因组rna, mRNA2到mRNA9。mRNA1对应于基因组RNA。mRNA2编码S蛋白。mRNA3是双反子的，编码蛋白质3a和3b。mRNA4编码E蛋白。mRNA5编码M蛋白。mRNA6编码蛋白质6。mRNA7, mRNA8 mRNA9 bicistronic, mRNA7编码蛋白质7 a和7 b, mRNA8编码蛋白质8 a和8 b,和9 mRNA 9编码蛋白质n的5’和3’末端subgenomic RNA是相同的,依照模板切换模型的冠状病毒RNA转录(Snijder et al . 2003年,希尔et al . 2003年,扬特et al . 2003年)。根据对与SARS-CoV-1密切相关的小鼠肝炎病毒(MHV)的研究，阳性病毒mrna的含量远远高于阴性病毒mrna (Irigoyen et al. 2016)。