NEIL3以5-胍内酯(Gh)的形式从端粒DNA中切割氧化损伤的鸟嘌呤，创建和基本(AP)位点。NEIL3在S期晚期表达最高，与端粒DNA合成重叠。在端粒上的NEIL3定位增加对氧化应激的反应。NEIL3敲除导致端粒功能障碍，这可能导致中期阻滞或后期DNA桥接增加。NEIL3与参与pcna依赖性AP位点长斑基切除修复(BER)的酶相互作用，但NEIL3介导的受损端粒DNA长斑基切除修复(BER)的确切机制尚未阐明(Zhou et al. 2017)。
除了端粒，NEIL3还在细胞周期S期的replisome中富集，与复制灶中的RPA共定位(Bjoras et al. 2017)。
NEIL3基因在S期的表达可能是由E2F转录因子诱导的，因为NEIL3启动子包含E2F结合元件(Neurauter et al. 2012)。
