PP2A C亚基的可逆甲基化是一种高度保守和基本的调节机制（Lee等人1996）。PP2A C的羧基末端的甲基化增强了PP2A核心对某些调节亚基的亲和力（xing等人。2008）。PP2A甲基化的变化似乎调节PP2A复合物的形成，并改变PP2A磷酸酶活性的特异性（Mumby 2001）。酵母中的PP2A甲基化导致一组表型，这与PP2A全酶的形成下降一致（Wu等人2000）。PP2a的可逆甲基化由两个高度保守的酶催化，38kDa亮氨酸羧基甲基转移酶（LCMT1）（De Baere等，1999，Lee＆Stock 1993）和42kDa甲基酯酶（PPME1）（Lee等人1996，食人魔等等。1999）。通过LCMT1的PP2A羧基 - 甲基化需要活性PP2A构象，并且由PP2A支架（或A）亚基（STANEVICH等人）显着促进（STANEVICH等，2011年Stanevich等，2014）。LCMT1还甲基化PP2A样磷酸酶PP4和PP6（Hwang等，2016）。PPME1催化除去甲基，从而逆转LCMT1的活性（Lee等人1996）。酵母PPME过表达导致与甲基转移酶基因损失相关的表型（Wu等人。2000）。

在哺乳动物细胞中，甲基化和去甲基化在空间上是分开的，因为LCMT1的大部分是细胞质，而PPME1主要位于细胞核(Longin et al. 2008)。在哺乳动物细胞中，LCMT1敲低会导致凋亡细胞死亡(Longin et al. 2007)。在小鼠中，LCMT1或PPME1敲除是致命的(Lee & Pallas 2007, Ortega-Gutiérrez et al. 2008)。PP2A的甲基化水平在细胞周期中发生变化，这表明甲基化在细胞周期调控中起着关键作用(Turowski et al. 1995, Lee & Pallas 2007)。LCMT1和PPME1调控PP2A甲基化在成神经细胞瘤细胞分化中起着关键作用(Sontag等，2010)。阿尔茨海默病和帕金森病患者PP2A甲基化降低导致PP2A失活和tau和α -synuclein磷酸化增加(Sontag & Sontag 2014, Park et al. 2016)。PPME1还可以通过隔离(Longin etal . 2004)和/或从PP2A活性位点逐出催化金属离子(Xing etal . 2008)来抑制PP2A。因此，PPME1表达的增加会抑制PP2A的抑癌功能，并促进多种癌症类型中致癌的MAPK/ERK和AKT通路活性(Kaur & Westermarck 2016)。PPME1还可能保护PP2A免受泛素/蛋白酶体降解(Yabe et al. 2015)。