NTPDase6 (CD39L2)由ENTPD6基因编码，是E-NTPDase家族中可分泌的外核苷酸磷酸酶(Yeung et al. 2000)。分泌过程涉及一种未知肽酶去除n端前77个氨基酸。分泌的NTPDase6分别水解核苷二磷酸GDP、IDP和低效率的UDP和CDP，生成单磷酸核苷GMP、IMP、UMP和CMP。分泌的ntpase 6可将ADP水解为AMP和核苷三磷酸GTP、ITP、UTP和CTP水解为相应的核苷二磷酸(Hicks-Berger et al. 2000, Yeung et al. 2000, Ivanenkov et al. 2003)。NTPDase6需要Ca2+或Mg2+的催化活性(Hicks-Berger et al. 2000, Ivanenkov et al. 2003)。

NTPDase6也可以作为膜结合酶发挥作用，但其催化率非常低，NTPDase6活性的10% (Hicks-Berger et al. 2000)。