后生动物特异的3型启动子，以人类U6启动子为例，募集一个不同的复合物，称为snRNA激活蛋白复合物(SNAPc) (Sadowski等人，1993)，PSE结合蛋白(PBP) (Waldschmidt等人，1991)，或PSE转录因子(PTF) (Murphy等人，1992)。该综合体包含五种类型的子单元并绑定到PSE。3型启动子还通过与SNAPc结合的蛋白-蛋白接触以及Brf2-TFIIIB的TBP组分与TATA盒的直接关联来招募Brf2-TFIIIB。这就允许RNA聚合酶III加入复合物。

3型启动子的下游元件(DSE)增强了核心启动子的转录，几乎总是包含一个八聚体序列和一个SPH元件(也称为NONOCT元件)(张et al.， 1993;Danzeiser等人，1993年;Kunkel et al.， 1996;Myslinski等人，1992)。八聚体序列招募POU结构域蛋白Oct-1 (Herr et al.， 1988;Sturm et al.， 1988)， SPH元素吸收一种锌指蛋白，称为Staf或SPH结合因子(SBF)，该蛋白已从人类中克隆(Myslinski et al.， 1998;Rincon等人，1998)。