TFIIIA含有9个C2H2锌指(Arakawa et al.， 1995)。它与5S RNA基因的ICR区域和5S RNA结合，形成7S存储核糖核蛋白颗粒(Pelham和Brown, 1980)。TFIIIA与5S基因结合后，TFIIIA锌指在ICR上对齐，c端锌指靠近ICR的5端，n端锌指靠近ICR的3端。锌指1-3接触ICR内的C区，有报道称它贡献了全长蛋白的大部分结合能量(Clemens et al.， 1992)。然而，含有锌指4-9的TFIIIA片段与ICR内的A块和中间元素结合，其亲和力接近全长蛋白。这一发现和其他观察结果表明，所有9个TFIIIA锌指同时结合需要在DNA、蛋白质或两者中进行能量上不利的扭曲(Kehres et al.， 1997)。