在组装完全RNA聚合酶II-后后络合物之后，下一步骤是分离两个DNA链。该异构化步骤称为封闭到开放的复合转变，并且在发起mRNA合成之前发生。在RNA聚合酶II系统中，该步骤需要将ATP或DATP的水解成PI和ADP或DADP（与其他RNA聚合体系形成对比），并且通过TFIIH的XPB亚基催化。促进剂的区域相对于转录开始部位从-10升至-10- + 2的区域。

在启动子区域中的阴性超录可能会诱导瞬态开放事件，并可缓解TFIIE，TFIIH和ATP水解的要求，用于开放复杂的形成。在该步骤中，TFIIH的CDK7-亚基也用于磷酸化RNA聚合酶II（RPB1）的最大亚基的庚烷末端的庚烷酯的庚烷末端（RPB1）的庚烷-2