U12型AT-AC内含子通过高度保守剪接信号的共识序列与主要U2型内含子不同。U12内含子具有5'S共识序列（G / A）TATCCTTT，分支序列TTTCCTTAact和3's（C / T）AG。关于AT-AC内含子的初始识别涉及U12 SNRNP与分支点序列和U11的相互作用。与主要的剪接途径不同，U11和U12在复合物中并同时与前mRNA相互作用，以ATP依赖性方式与DI-SNRNP复合物结合，并且可能桥接5秒和3个SS区域。

已经在U11 / U12 DI-SNRNP复合物中鉴定了20个蛋白质，其包括SNRNP SM蛋白B'，B，D3，D2，D1，E，F和G，其与主要剪接途径SM蛋白相同。U2SnRNP核心蛋白质复合物，SF3B也存在于U11 / U12 DI-SNRNP中，包括P14，与分支腺苷相互作用的蛋白质。

需要SR蛋白在AC剪接中形成复合物。涉及主要内含子的拼接的相同Sr蛋白在AT-AC内含子的剪接中也是活性的，但如在主要途径中，存在底物特异性。