NOD2以LRR结构域依赖的方式被MDP激活。基于对nlr相关支架Apaf-1的NOD1激活和结构数据的研究，认为LRR结构域对NOD2自联想有负向影响(Inohara et al. 2000, Riedl & Salvesen 2007);结合MDP被认为引起构象变化，释放NACHT结构域，允许其他蛋白质的齐聚和随后的结合。共免疫沉淀实验表明，NOD1可以通过NACHT结构域与自身相互作用(Inohara et al. 1999) (Inohara et al. 2000)。NACHT域是AAA+域家族的一部分。这个家族的成员形成六聚体或七聚体。基于这些观察，一般认为NOD2形成六聚体或七聚体(Martinon & Tschopp, 2005)。在转染NOD2的HEK293T细胞中观察到NOD2低聚(Zhao et al. 2007)。