在转录偶联核苷酸切除修复（TC-NER），以及在全球基因组核苷酸切除修复（GG-NER），受损的DNA的裂解段3' 到损伤部位由DNA进行核酸内切酶XPG（ERCC5）。虽然NER介导的DNA合成可以先于3' 发起切口（Staresincic等人，2009），切口复合物的组分可能从NER站点解离的DNA合成复杂的组装和3' 后不久切口（Overmeer在等人2011）。唯一的例外是异源三聚RPA，这是一个构成的NER后切口复杂的，并且还涂覆未受损的DNA链，从而保护其免受核酸内切裂解。RNA聚合酶II相关的因素也仍然结合了TC-NER网站。
