同源重组修复(HRR)过程中，链入侵和DNA修复合成后产生的d -环可以通过Holliday连接中间体分解。

D-loop可以被MUS81和EME1 (MUS81:EME1)或MUS81和EME2 (MUS81:EME2)复合物裂解并分解，而不形成双Holliday连接，产生交叉产物。这一过程涉及的所有步骤尚未阐明(Osman等人2003,Schwartz等人2012,Pepe和West 2014)。

或者，双Holliday连接可以通过连接交叉链中间体来实现。双Holliday连接可以通过被称为BTRR的BLM解旋酶复合物(BLM:TOP3A:RMI1:RMI2)的作用被分解(Wan et al. 2013, Bocquet et al. 2014)。blm介导的Holliday连接中间体的分解阻止了有丝分裂染色体之间的姐妹染色单体交换(SCE)并产生非交叉产物。有丝分裂的SCE可以导致杂合性缺失(LOH)，这可以使细胞纯合子产生有害的隐性突变(例如肿瘤抑制基因)(Wu和Hickson 2003)。双Holliday连接也可以通过裂解，由GEN1或SLX-MUS复合物(由SLX1A:SLX4异源二聚体和MUS81和EME1或可能是EME2的异源二聚体组成)介导。GEN1和SLX-MUS的分解活性主要导致交叉产品，与SCE (Fekairi et al. 2009, Wyatt et al. 2013, Sarbajna et al. 2014)。