Gli蛋白是双官能DNA结合蛋白，可在靶基因的启动子（Kinzler和Vogelstein，1990）中识别共有的Gli位点5'-Gaccaccc-3'。配体结合时的途径诱导将Gli蛋白转移，从加工/降解途径转移，所述加工/降解途径产生截短的阻遏物形式并促进全长转录激活物的形成（在2011年汇和昂昂斯审查; Briscoe和Therond，2013）。已经通过基于芯片的筛网识别出GLI依赖的靶基因，并且直接靶标包括许多HH途径成员，包括PTCH1，PTCH2，GLI1，HHIPE和BOC（LEE等，2010; Vokes等，2007; Vokes等，2008; Agen等，2004; Bai等，2004; Bai等，2002; Dai等，1999）。全长Gli蛋白在靶基因启动子下核心转录活化复合物的组装，但相互作用的伴侣的细节是不公知的。已显示Gli3的C-末端与许多转录激活剂相互作用，包括组蛋白乙酰转移酶CBP，介体组分MED12和塔塔箱识别蛋白TAF31，但是如何以及当这些结合合作伙伴相互作用的细节不知道（Dai等，1999;周等，2006; Yoon等，1998;在汇和昂热，2011年审查。已经显示每个GLI蛋白质与CDC 73结合，PAF复合物的组分，其在RNA聚合酶II介导的转录中具有作用（MOSIMANN等，2009;在TOMSON和ARNDT，2013年审查）。