许多肉豆蔻酰化蛋白以肉豆蔻酰和UNC119B:ARL3:RP2依赖的方式流向纤毛。这些包括纤毛蛋白肾囊肿蛋白3（NPHP3）和囊肿蛋白1（CYS1）（Wright等人，2011年；Schwarz等人，2012年综述）。ARL3效应子UNC119B的肉豆蔻酰结合是将肉豆蔻酰化物运输到纤毛的未知方式。在纤毛上，涉及ARF样小GTPase ARL3及其GAP蛋白RP2的GTPase循环促进肉豆蔻酰化蛋白释放到纤毛膜中，并促进UNC119B的循环和纤毛退出（Wright等人，2011年；Schwarz等人，2012年审查）。ARL3在纤毛中扮演着额外的角色，协调IFT A和IFT B复合物与驱动蛋白马达的关联（Li等人，2010年；Li等人，2012年审查）。