DNMT3L是DNMT3A和DNMT3B的非催化同源物，它结合组蛋白H3的未甲基化赖氨酸-4 (H3K4, Ooi et al. 2007)并招募DNMT3A-isoform2(生殖细胞特异性)(Chen et al. 2005, Kareta et al. 2006, Ooi et al. 2007)，在较小程度上，通过DNMT3L和DNMT3A的c端区域之间的相互作用，DNMT3A的其他亚型(Chen et al. 2005)。此外，DNMT3A结合组蛋白H3未修饰的尾部(Otani et al. 2009)。DNMT3L和DNMT3A形成四聚体(DNMT3L:DNMT3A:DNMT3A:DNMT3L)，结合位于eu染色质区域的DNA (Holz-Schietinger et al. 2011，也从小鼠中推断)。不含DNMT3L的DNMT3A形成位于异染色质中的低聚体。