多种EPHB受体直接参与树突棘的发育和形态发生。通过激活局灶粘附激酶(FAK)和Rho家族GTPases及其gef，它们更广泛地参与突触后发育。树突棘形态发生是中枢神经系统发育过程中突触形成和成熟过程的重要组成部分。树突棘形态发生的特征是丝状伪足缩短，随后形成成熟的蘑菇状棘(Moeller et al. 2006)。EPHBs通过调节肌动蛋白细胞骨架控制神经元的形态和运动。ephb控制树枝状丝状足的运动，使突触形成。EPHBs通过与鸟嘌呤交换因子(gef)如交联素和麒麟的相互作用发挥这些作用。交叉素- cdc42 -黄蜂-肌动蛋白和kalirin- rac - pak -肌动蛋白通路被认为可以调控培养海马和皮层神经元中EPHB受体介导的树突棘的形态发生和成熟(Irie & Yamaguchi 2002, Penzes et al. 2003)。EPHBs也通过FAK参与了树突棘形态的调控，FAK激活RHOA-ROCK-LIMK-1途径抑制cofilin活性，抑制cofilin介导的树突棘重塑(Shi et al. 2009)。