NEK9被CDK1-和PLK1介导的磷酸化激活，在丝氨酸残基S206上磷酸化NEK6，在丝氨酸残基S195上磷酸化NEK7。S206和S195分别位于NEK6和NEK7的激活回路中。NEK6的激活依赖于S206磷酸化，尽管苏氨酸T202的磷酸化可能增强NEK6激酶的活性。NEK7活性也取决于S195的磷酸化。NEK9在磷酸化后仍与NEK6（以及NEK7）紧密相关，并可能将NEK6/NEK7导向特定靶点（Belham et al.2003）。此外，无论磷酸化程度如何，NEK9的非催化C-末端与NEK7（以及NEK6）的结合可解除NEK7/NEK6的自抑制构象。NEK7的自抑制构象取决于酪氨酸Y97（NEK6中的酪氨酸Y108）和亮氨酸L180之间氢键的形成。这种涉及氢键的Y97可防止赖氨酸K63和NEK7的谷氨酸E82之间形成盐桥，这对催化至关重要。NEK9的结合被认为会破坏NEK7的Y97和L180之间的氢键（NEK6的Y108和L191），并允许NEK7/NEK6实现活性构象（Richards等人，2009）。