NEK9丝氨酸残基S29、S750和S869可能是CDK1的靶点:ccnb介导的有丝分裂磷酸化，PLK1磷酸化后可被polo-box结构域(PBD)识别。S869的磷酸化似乎对NEK9和PLK1的相互作用至关重要(Bertran et al. 2011)。PLK1在体外磷酸化NEK9的苏氨酸T210。T210位于NEK9的激酶激活环路中，T210的磷酸化对NEK9激酶的活性是必要的。虽然在体外T210可以被自磷酸化，但当NEK9在过量ATP和Mg2+的存在下孵育时(Roig et al. 2005)， T210的有丝分裂磷酸化需要CDK1和PLK1活性(Bertran et al. 2011)。